v. Wintzingerode-Knorr, Friedrich Wasmuth Lotar: Untersuchungen zur mikrobiellen Diversität einer anaeroben, Trichlorbenzol-dechlorierenden Mischkultur

104

Anhang A. ANHANG

Anhang 1 Sequenzalignment zweier repräsentativer Vertreter der Klonfamilie SJA-19. Gezeigt ist der Bereich zwischen E. coli 16S rRNA Position 1-123, in dem Klon SJA-19 eine 84 bp große Insertion besitzt. EscColi: E. coli; DebRe: Dehalobacter restrictus Stamm TEA.

 

1

49

 

|

|

EscColi

AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGC-GGCCUA 

 

SJA-19

-------AGA GUUUGAUCCU GGCUCAGGAC GAACGCUGGC GGCGUGCCUA 

 

DebRe

---------- ---------- ---------- ---------- ---GUGCCUA 

 

SJB-100

-------AGA GUUUGAUCCU GGCUCAGGAC GAACGCUGGC GGCGUGCCUA 

 

 

50

70

 

|

|

EscColi

ACACAUGCAA GUCGAACG-G UAACAG---- ---------- ----GAAGA-  

 

SJA-19 

ACACAUGCAA GUCGAACGGA G--CUACGCC UGACACCGAG UGCUUUGCNA  

 

DebRe

ACACAUGCAA GUCGAACGGA G--AUAGUUA ---------- ----------  

 

SJB-100

ACACAUGCAA GUCGAACGGA G--AUAGUUA ---------- ----------  

 

 

80

 

 

|

 

EscColi

AG-------- ---------- ---------- ---------- ---------- 

 

SJA-19  

UAGAUAUGUG GAGCAAGCGA GUGCGCGAAC GAAGAGAGcG CACCACGCAU 

 

DebRe

---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 

 

SJB-100

---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 

 

 

 

86

 

 

|

EscColi  

----CUU-G- ---------- ---------- ---------- ---------C 

 

SJA-19  

UAAAUAAGUG CCAACACAUA UUGAGUAUGA AGG------- --------AA 

 

DebRe

---------- ---------- ---------- ---UUGAAGC UUGCGAUU-- 

 

SJB-100  

---------- ---------- ---------- ---AUGAAGC UUGCGAUU-- 

 

 

87

123

 

|

|

EscColi 

UUCUUU---- ---------G CUGACGAGUG GCGGACGGGU GAGUAAUGUC  

 

SJA-19 

AAGCACUGGG UGUCAGGUG- GAGCUUAGUG GCGAACGGGU GAGUAACGCG   

 

DebRe

---------- -----UAGC- UAUCUUAGUG GCGAACGGGU GAGUAACGCG  

 

SJB-100   

---------- -----UAGC- UAUCUUAGUG GCGAACGGGU GAGUAACGCG  

 


105

Anhang 2 Sequenzalignment der von PCR-amplifizierten nifH-Genfragmenten abgeleiteten Proteinsequenzen (SN-Sequenzen). Die konservierten Cysteine Cys-39, Cys-86 und Cys-98 sowie das konservierte Arginin-101 sind rot markiert (Azotobacter vinelandii [P00459] NifH-Nummerierung). AzoVi1, Azotobacter vinelandii NifH1; MetBa2, Methanosarcina barkeri NifH2; MetBa1, M. barkeri NifH1; MetTh1, Methanococcus thermolithotrophicus NifH1; DesGig, Desulfovibrio gigas; FraSpe, Frankia sp. strain FAC1; KlePne, Klebsiella pneumoniae; RhiLeg, Rhizobium leguminosarum; PleBof, Plectonema boryanum Chlorophyll Eisen Protein frxC; MetTh2, Methanococcus thermolithotrophicus NifH2; AzoTol, Azoarcus tolulyticus Stamm Td-1; MetJan, Methanococcus jannaschii; TKY1, PCR-Klon TKY1 (Ohkuma et al., 1996); TKY19, PCR-Klon TKY19 (Ohkuma et al., 1996), MetIva, Methanobacterium ivanovii.

 

 

50

 

 

|

AzoVi1

AMRQCAIYGK GGIGKSTTTQ NLVAALAEM- GKKVMIVGCD PKADSTRLIL

 

SN-2

-----AFYGK GGIGKSTTTQ NLTAALATM- GNKILLVGCD PKADSTRMLL

 

SN-4

-----AFYGK GGIGKSTTTQ NLTAALATM- GNKILLVGCD PKADSTRMLL

 

SN-8

-----AIYGK GGIGKSTISA NLSAALADL- KKRVLQVGCD PKHDST-RLL

 

SN-10

-----AIYGK GGIGKSTISA NLSAALADL- KKRVLQVGCD PKHDST-RLL

 

SN-12

-----AFYGK GGIGKSTVSS NVAAALAEM- GKKVMQVGCD PKADCT-RNL

 

SN-13

-----AIYGK GGIGKSSTAS NVAAACAET- GKKVMIIGCD PKSDSS-ITL

 

SN-16

-----AFYGK GGIGKSTTTQ NLTAALATM- GNKILLVGCD PKADSTRMLL

 

SN-17

-----AIYGK GGIGKSTTTQ NTVAALAEM- GKKIMIVGCD PKADSTRLIL

 

SN-33

-----AIYGK GGIGKSTTSS NLSAALSDL- GLTVMQIGCD PKSDST-NNL

 

SN-40

-----AFYGK GGIGKSTTQQ NTAAAMAYFH GKKVFIHGCD PKADCTRLVL

 

SN-42

---------- GGIGKSTISA NLSAALADL- KKRVLQVGCD PKHDST-RLL

 

MetBa2

-MRQIAIYGK GGIGKSTTTQ NLTASLSTM- GNKIMLVGCD PKADSTRMLL

 

MetBa1

MTRKIAFYGK GGIGKSTTQQ NTAAAMAYYH GKKIFIHGCD PKADCTRLVL

 

MetTh1

DAKKVAIYGK GGIGKSTTTQ NTAAALAYFF DKKVMIHGCD PKADSTRMIL

 

DesGig

-MRKIAIYGK GGIGKSTTTQ NTVAGLAEM- GKRVMVVGCD PKADSTRLLL

 

FraSpe

-MRQIAFYGK GGIGKSTTQQ NTMAAMAEM- GKKVMIVGCD PKADSTRLIL

 

KlePne

TMRQCAIYGK GGIGKSTTTQ NLVAALAEM- GKKVMIVGCD PKADSTRLIL

 

RhiLeg

ALRQIAFYGK GGIGKSTTSQ NTLAALVEL- GQKILIVGCD PKADSTRLIL

 

PleBof

--MKLAVYGK GGIGKSTTSC NISVALAKR- GKKVLQIGCD PKHDSTFTLT

 

MetTh2

-MKQIAFYGK GGIGKSTTVC NIAAALADQ- GKKVMVVGCD PKHDCT-SNL

 

AzoTol

---------- -----STTSQ NTLAALAEM- GQKILIVGCD PKADSIRLIL

 

MetJan

-MRKFCVYGK GGIGKSTTVS NIAAALAED- GKKVLVVGCD PKADTT-RNL

 

TKY1

---------- -----STTTS NLSAALSKL- GYKVMQFGCD PKSDST-NTL

 

TKY19

---------- -----STISA NIAAVLGRR- GKKVLQIGCD PKHDST-RLL

 

MetIva

MSKRIAIYGK GGIGKSTIVS NIAAAYSKD- -YNVLVIGCD PKADTT-RTL

 





106

 

51

89

 

|

|

AzoVi1

HSKAQNTIME MAAEAGTV-- ---------E DLELEDVLKA GYGGVKCVES

 

SN-2

GGLNQKTILD TLRSEGD--- ---------E GVNLDVVVQP GFGNIKCVES

 

SN-4

GGLNQKTILD ALRSEGD--- ---------E GVNLDVVVQP GFGNIKCVES

 

SN-8

HGGAEITTVL DYLHETPQ-- ---------E VQQLEALVFE GYGGTACVEA

 

SN-10

HGGAEIPTVL GYLHETPQ-- ---------E VQQLEALVFE GYGGTACVEA

 

SN-12

RGDREIPTIL DVMREKGGDK LELTEMGKGK SIELDEVVFS GFKGVLCVEA

 

SN-13

LGGRRIPTIL DLLREGV--- ---------D VKE-KDVVFE GYAGVKCVEA

 

SN-16

GGLNQKTILD TLRSEGD--- ---------E GVNLEVVVQP GFGNIKCVES

 

SN-17

NIKAQTTVMD MARDKGSV-- ---------E DIELYDILYT GYGDVRCAES

 

SN-33

RGGKSIPSVL DALRSG---- ---------K RIEISDIVYE GFNRILCVEA

 

SN-40

GGVPQTTIMD TLRDLGE--- ---------E SVTTENVVNT GFQGIQCVES

 

SN-42

HGGAEIPTVL DYLHETPQ-- ---------E VQQLEALVFE GYGGTACVEA

 

MetBa2

GGLNQKTVLD TLRSEGD--- ---------E GVDLDVVMQR GFGDIKCVES

 

MetBa1

GGVAQTTIMD TLRELGE--- ---------D AVTAENVINT GFDGIKCVES

 

MetTh1

HGKPQDTVMD VLREEGE--- ---------E AVTLEKVRKI GFKDILCVES

 

DesGig

GGLSQRTVLD TLREEG---- ---------E DVDLDDIVSP GFANTLCTES

 

FraSpe

HSKAQTSVIQ LAAEKGSV-- ---------E DLELDEVLVE GQWGIKCVES

 

KlePne

HAKAQNTIME MAAEVGSV-- ---------E DLELEDVLQI GYGDVRCAES

 

RhiLeg

NSKAQGTVLD LAATKGSV-- ---------E DLELGDVLKT GYGGIKCVES

 

PleBof

GFLIPTIIDT LQEKDYHY-- ---------E DVWAEDVIYK GYGGVDCVEA

 

MetTh2

RGGQEIPTVL DILREKGLDK LGLETIIEKE MIEINDIIYE GYNGIYCVEA

 

AzoTol

HAKAQDTVLS LAADAGSV-- ---------E DLELEDVLRV GYRDIRCVES

 

MetJan

VGRKIPTVLD VFRKKGA--- ---------E NMKLEDIVFE GFGGVYCVES

 

TKY1

RDGTYIPTVL DTLREK---- ---------N QVNAHEVIYK GFNGIYCVEA

 

TKY19

LHGERITTVL DYLKVTGP-- ---------D RCVLSDLVHE GAFGVHCVEA

 

MetIva

IGKRLPTILD IVKKK----- ---------K NASIEEVLFE GYGNVKCVES

 





107

 

90

135

 

|

|

AzoVi1

GGPEPGVGCA GRGVITAINF LEEEGAYED- -DLDFVFYDV LGDVVCGG 

 

SN-2

GGPEPGVGCA GRGIITSIGL LENLGAYTD- -DLDYVFYDV LGDVVCGG

 

SN-4

GGPEPGVGCA GRGIITSIGL LENLGAYTD- -DLDYVFYDV LGDVVCGG

 

SN-8

GGPKPGIGCA GRGILSSFEA LKRLGLRDS- -SFDVVIYDV LGDVVCGG

 

SN-10

GGPKPGIGCA GRGILSNFEA LKRLGLRDS- -SFDVVIYDV LGDVVCGG

 

SN-12

GGPEPAVGCA GRGIKVAVEL LRRLGVYRS- -GLDVVIYDV LGDVVCGG

 

SN-13

GGPEPGIGCA GRGIIVAIQK LKSISGDLLK -EQDLIIYDV PGDVVCGG

 

SN-16

GGPEPGVGCA GRGIITSIGL LENLGAYTD- -DLDYVFYDV LGDVVCGG

 

SN-17

GGPEPGVGCA GRGVITAINF LEENGAYTP- -DLDYVFYDV LGDVVCGG

 

SN-33

GGPEPGVGCA GRGIITAIEL LRQKNVFDEF -KPDVVIYDV LGDVVCGG

 

SN-40

GGPEPGVGCA GRGVITAINL MEELGAYSE- -DLDFIHFDV LGDVVCGG

 

SN-42

GGPKPGIGCA GRGILSSFEA LKRLGLRDS- -SFDVVIYDV LGDVVCGG

 

MetBa2

GGPEPGVGCA GRGIITSIGL LENLGAYTD- -DLDYVFYDV LGDVVCGG

 

MetBa1

GGPEPGVGCA GRGVITAINL MEEMGAYSE- -DLDFIHFDV LGDVVCGG

 

MetTh1

GGPEPGVGCA GRGVITAVDM MRELEGYPD- -DLDNLFFDV LGDVVCGG

 

DesGig

GGPEPGVGCA GRGIITSINL LEQLGAFKEE KKLDYTFYDV LGDVVCGG

 

FraSpe

GGPEPAVGCA GRGVITSINY LEEAGAYE-- -DLDFVTYDV LGDVVCGG

 

KlePne

GGPEPGVGCA GRGVITAINF LEEEGAYED- -DLDFVFYDV LGDVVCGG

 

RhiLeg

GGPEPGVGCA GRGVITSINF LEENGAYD-- -DVDYVSYDV LGDVVCGG

 

PleBof

GGPPAGAGCG GYVVGETVKL LKELNAFD-- -EYDVILFDV LGDVVCGG

 

MetTh2

GGPKPGYGCA GRGVIVVIDL LKKMNLYKDL -KLDIVLYDV LGDVVCGG

 

AzoTol

GGPEPGVGCA GRGVITAINF LEENGAYD-- -GVDYVSYDV LG------

 

MetJan

GGPEPGVGCA GRGVITAVDM LNRLGAFEEL -KPDVVIYDI LGDVVCGG

 

TKY1

GGPAPGVGCA GRGIITAVEL FKQQRIFEEL -DLDFVIYDV LGDVVCGG

 

TKY19

GGPEPGVGCA GRGILTTFEL LERLGIKQN- -NYDTIIYDV LGDVVCGG

 

MetIva

GGPEPGVGCA GRGVIVAMGL LDKLGTFSD- -DIDIIIYDV LGDVVCGG

 


108

Anhang 3: Anaerobes Wachstum des selenatreduzierenden Isolats Se-34 in SNS04-Medium. X-Achse: Zelldichte gemessen als OD600 Y-Achse: Menge gebildeten Selens in µg/g Zellmasse.

Anhang A. Publikationen

von Wintzingerode, F., B. Selent, W. Hegemann und U.B. Göbel (1999) Phylogenetic analysis of an anaerobic, trichlorobenzene-transforming microbial consortium. Appl. Environ. Microbiol. 65:283-286.

Diehl, A., F. von Wintzingerode und H. Görisch (1998) Quinoprotein ethanol dehydrogenase of Pseudomonas aeruginosa: Sequence of the gene and deduced structural properties of the enzyme. Eur. J. Biochem. 257:409-419.

Engelen, B., K. Meinken, F. von Wintzingerode, H. Heuer, H.-P. Malkomes und H. Backhaus (1998) Monitoring impact of a pesticide treatment on bacterial soil communities by metabolic and genetic fingerprinting in addition to conventional testing procedures. Appl. Environ. Microbiol. 64:2814-2821.

von Wintzingerode, F., U.B. Göbel und E. Stackebrandt (1997) Determination of microbial diversity in environmental samples: pitfalls of PCR-based rRNA analysis. FEMS Microbiol. Rev. 21:213-229.

von Wintzingerode, F., F.A. Rainey, R.M. Kroppenstedt und E. Stackebrandt (1997) Identification of environmental strains of Bacillus mycoides by fatty acid analysis and species-specific 16S rDNA oligonucleotide probe. FEMS Microbiol. Ecol. 24:201-209.

von Wintzingerode, F., O. Landt, A. Ehrlich und U.B. Göbel Peptide nucleic acid (PNA) mediated PCR-clamping as a novel tool in determination of microbial diversity by 16S rRNA gene analysis. Eingereicht zur Veröffentlichung

von Wintzingerode, F., U. Rösick, R. Siddiqui, P. Schumann, M. Rhode, E. Stackebrandt und U.B. Göbel Candidatus candidatus, gen. nov., sp. nov., a facultatively anaerobic bacterium, belonging to the Micrococcinaea within the class Actinobacteria. In Vorbereitung

von Wintzingerode, F., A. Klein, U. Rösick, R. Siddiqui, R. Gross und U.B. Göbel Bordetella petrii sp. nov., a novel facultatively anaerobic Bordetella species isolated from the environment. In Vorbereitung

Schlötelburg, C., F. von Wintzingerode, R. Hauck, W. Hegemann und U.B. Göbel Bacteria of an anaerobic, 1,2-dichloropropane dechlorinating mixed culture are phylogenetically closely related to those of other anaerobic dechlorinating consortia. Eingereicht zur Veröffentlichung.

Abd El Haleem, D., F. von Wintzingerode und U.B. Göbel, Detection of Nitrosospira-like bacteria in the rhizosphere of a constructed wetland system for treatment of municipal wastewaters. In Vorbereitung

Beiträge zu Tagungen (1997-1999)

von Wintzingerode, F., B. Selent, W. Hegemann und U.B. Göbel Molecular diversity of a methanogenic mixed culture continously degrading trichlorobenzene in a fluidized bed reactor. 49. Kongreß der Deutschen Gesellschaft für Hygiene und Mikrobiologie (DGHM), Jena, 5.-9.10.1997. Kurzvortrag

von Wintzingerode, F., C. Schlötelburg, D. Abd El Haleem und U.B. Göbel A new rapid screening method for environmental 16S rDNA clone libraries. Methodische Entwicklungen in der mikrobiologischen Nukleinsäure-Diagnostik, Berlin, 24.-25.4.1998. Posterpräsentation

Schlötelburg, C., F. von Wintzingerode und U.B. Göbel Molecular characterization of anaerobic 1,2-dichloropropane transforming enrichment cultures. Körber Symposium on Molecular and Microsensor Studies of Microbial Communities, Bremen, 7.-11.9.1998. Posterpräsentation

Heinz, M., F. von Wintzingerode, A. Moter, E. Halle und U.B. Göbel Identification of a clinical Pediococcus acidilactici isolate by a polyphasic approach. Methodische Entwicklungen in der mikrobiologischen Nukleinsäure-Diagnostik, Berlin, 3.-5.6.1999. Posterpräsentation

von Wintzingerode, F., O. Landt, A. Ehrlich und U.B. Göbel PNA mediated PCR-clamping for selective recovery of novel phylogenetic groups from complex microbial consortia. ASM Conference on Microbial Biodiversity, Chicago IL, 5.-8.8.1999. Posterpräsentation


[Titelseite] [Danksagung] [Abkürzungsverzeichnis] [1] [2] [3] [4] [Bibliographie] [Anhang] [Selbständigkeitserklärung] [Lebenslauf]

© Die inhaltliche Zusammenstellung und Aufmachung dieser Publikation sowie die elektronische Verarbeitung sind urheberrechtlich geschützt. Jede Verwertung, die nicht ausdrücklich vom Urheberrechtsgesetz zugelassen ist, bedarf der vorherigen Zustimmung. Das gilt insbesondere für die Vervielfältigung, die Bearbeitung und Einspeicherung und Verarbeitung in elektronische Systeme.

DiDi DTD Version 1.1
a subset from ETD-ML Version 1.1
Zertifizierter Dokumentenserver
der Humboldt-Universität zu Berlin
HTML - Version erstellt am:
Fri Nov 5 18:12:08 1999