104

Anhang A. ANHANG

Anhang 1 Sequenzalignment zweier repräsentativer Vertreter der Klonfamilie SJA-19. Gezeigt ist der Bereich zwischen E. coli 16S rRNA Position 1-123, in dem Klon SJA-19 eine 84 bp große Insertion besitzt. EscColi: E. coli; DebRe: Dehalobacter restrictus Stamm TEA.

	1	49
	|	|
EscColi	AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGC-GGCCUA
SJA-19	-------AGA GUUUGAUCCU GGCUCAGGAC GAACGCUGGC GGCGUGCCUA
DebRe	---------- ---------- ---------- ---------- ---GUGCCUA
SJB-100	-------AGA GUUUGAUCCU GGCUCAGGAC GAACGCUGGC GGCGUGCCUA

	50	70
	|	|
EscColi	ACACAUGCAA GUCGAACG-G UAACAG---- ---------- ----GAAGA-
SJA-19	ACACAUGCAA GUCGAACGGA G--CUACGCC UGACACCGAG UGCUUUGCNA
DebRe	ACACAUGCAA GUCGAACGGA G--AUAGUUA ---------- ----------
SJB-100	ACACAUGCAA GUCGAACGGA G--AUAGUUA ---------- ----------

	80
	|
EscColi	AG-------- ---------- ---------- ---------- ----------
SJA-19	UAGAUAUGUG GAGCAAGCGA GUGCGCGAAC GAAGAGAGcG CACCACGCAU
DebRe	---------- ---------- ---------- ---------- ----------
SJB-100	---------- ---------- ---------- ---------- ----------

		86
		|
EscColi	----CUU-G- ---------- ---------- ---------- ---------C
SJA-19	UAAAUAAGUG CCAACACAUA UUGAGUAUGA AGG------- --------AA
DebRe	---------- ---------- ---------- ---UUGAAGC UUGCGAUU--
SJB-100	---------- ---------- ---------- ---AUGAAGC UUGCGAUU--

	87	123
	|	|
EscColi	UUCUUU---- ---------G CUGACGAGUG GCGGACGGGU GAGUAAUGUC
SJA-19	AAGCACUGGG UGUCAGGUG- GAGCUUAGUG GCGAACGGGU GAGUAACGCG
DebRe	---------- -----UAGC- UAUCUUAGUG GCGAACGGGU GAGUAACGCG
SJB-100	---------- -----UAGC- UAUCUUAGUG GCGAACGGGU GAGUAACGCG

105

		50
		|
AzoVi1	AMRQCAIYGK GGIGKSTTTQ NLVAALAEM- GKKVMIVGCD PKADSTRLIL
SN-2	-----AFYGK GGIGKSTTTQ NLTAALATM- GNKILLVGCD PKADSTRMLL
SN-4	-----AFYGK GGIGKSTTTQ NLTAALATM- GNKILLVGCD PKADSTRMLL
SN-8	-----AIYGK GGIGKSTISA NLSAALADL- KKRVLQVGCD PKHDST-RLL
SN-10	-----AIYGK GGIGKSTISA NLSAALADL- KKRVLQVGCD PKHDST-RLL
SN-12	-----AFYGK GGIGKSTVSS NVAAALAEM- GKKVMQVGCD PKADCT-RNL
SN-13	-----AIYGK GGIGKSSTAS NVAAACAET- GKKVMIIGCD PKSDSS-ITL
SN-16	-----AFYGK GGIGKSTTTQ NLTAALATM- GNKILLVGCD PKADSTRMLL
SN-17	-----AIYGK GGIGKSTTTQ NTVAALAEM- GKKIMIVGCD PKADSTRLIL
SN-33	-----AIYGK GGIGKSTTSS NLSAALSDL- GLTVMQIGCD PKSDST-NNL
SN-40	-----AFYGK GGIGKSTTQQ NTAAAMAYFH GKKVFIHGCD PKADCTRLVL
SN-42	---------- GGIGKSTISA NLSAALADL- KKRVLQVGCD PKHDST-RLL
MetBa2	-MRQIAIYGK GGIGKSTTTQ NLTASLSTM- GNKIMLVGCD PKADSTRMLL
MetBa1	MTRKIAFYGK GGIGKSTTQQ NTAAAMAYYH GKKIFIHGCD PKADCTRLVL
MetTh1	DAKKVAIYGK GGIGKSTTTQ NTAAALAYFF DKKVMIHGCD PKADSTRMIL
DesGig	-MRKIAIYGK GGIGKSTTTQ NTVAGLAEM- GKRVMVVGCD PKADSTRLLL
FraSpe	-MRQIAFYGK GGIGKSTTQQ NTMAAMAEM- GKKVMIVGCD PKADSTRLIL
KlePne	TMRQCAIYGK GGIGKSTTTQ NLVAALAEM- GKKVMIVGCD PKADSTRLIL
RhiLeg	ALRQIAFYGK GGIGKSTTSQ NTLAALVEL- GQKILIVGCD PKADSTRLIL
PleBof	--MKLAVYGK GGIGKSTTSC NISVALAKR- GKKVLQIGCD PKHDSTFTLT
MetTh2	-MKQIAFYGK GGIGKSTTVC NIAAALADQ- GKKVMVVGCD PKHDCT-SNL
AzoTol	---------- -----STTSQ NTLAALAEM- GQKILIVGCD PKADSIRLIL
MetJan	-MRKFCVYGK GGIGKSTTVS NIAAALAED- GKKVLVVGCD PKADTT-RNL
TKY1	---------- -----STTTS NLSAALSKL- GYKVMQFGCD PKSDST-NTL
TKY19	---------- -----STISA NIAAVLGRR- GKKVLQIGCD PKHDST-RLL
MetIva	MSKRIAIYGK GGIGKSTIVS NIAAAYSKD- -YNVLVIGCD PKADTT-RTL

106

	51	89
	|	|
AzoVi1	HSKAQNTIME MAAEAGTV-- ---------E DLELEDVLKA GYGGVKCVES
SN-2	GGLNQKTILD TLRSEGD--- ---------E GVNLDVVVQP GFGNIKCVES
SN-4	GGLNQKTILD ALRSEGD--- ---------E GVNLDVVVQP GFGNIKCVES
SN-8	HGGAEITTVL DYLHETPQ-- ---------E VQQLEALVFE GYGGTACVEA
SN-10	HGGAEIPTVL GYLHETPQ-- ---------E VQQLEALVFE GYGGTACVEA
SN-12	RGDREIPTIL DVMREKGGDK LELTEMGKGK SIELDEVVFS GFKGVLCVEA
SN-13	LGGRRIPTIL DLLREGV--- ---------D VKE-KDVVFE GYAGVKCVEA
SN-16	GGLNQKTILD TLRSEGD--- ---------E GVNLEVVVQP GFGNIKCVES
SN-17	NIKAQTTVMD MARDKGSV-- ---------E DIELYDILYT GYGDVRCAES
SN-33	RGGKSIPSVL DALRSG---- ---------K RIEISDIVYE GFNRILCVEA
SN-40	GGVPQTTIMD TLRDLGE--- ---------E SVTTENVVNT GFQGIQCVES
SN-42	HGGAEIPTVL DYLHETPQ-- ---------E VQQLEALVFE GYGGTACVEA
MetBa2	GGLNQKTVLD TLRSEGD--- ---------E GVDLDVVMQR GFGDIKCVES
MetBa1	GGVAQTTIMD TLRELGE--- ---------D AVTAENVINT GFDGIKCVES
MetTh1	HGKPQDTVMD VLREEGE--- ---------E AVTLEKVRKI GFKDILCVES
DesGig	GGLSQRTVLD TLREEG---- ---------E DVDLDDIVSP GFANTLCTES
FraSpe	HSKAQTSVIQ LAAEKGSV-- ---------E DLELDEVLVE GQWGIKCVES
KlePne	HAKAQNTIME MAAEVGSV-- ---------E DLELEDVLQI GYGDVRCAES
RhiLeg	NSKAQGTVLD LAATKGSV-- ---------E DLELGDVLKT GYGGIKCVES
PleBof	GFLIPTIIDT LQEKDYHY-- ---------E DVWAEDVIYK GYGGVDCVEA
MetTh2	RGGQEIPTVL DILREKGLDK LGLETIIEKE MIEINDIIYE GYNGIYCVEA
AzoTol	HAKAQDTVLS LAADAGSV-- ---------E DLELEDVLRV GYRDIRCVES
MetJan	VGRKIPTVLD VFRKKGA--- ---------E NMKLEDIVFE GFGGVYCVES
TKY1	RDGTYIPTVL DTLREK---- ---------N QVNAHEVIYK GFNGIYCVEA
TKY19	LHGERITTVL DYLKVTGP-- ---------D RCVLSDLVHE GAFGVHCVEA
MetIva	IGKRLPTILD IVKKK----- ---------K NASIEEVLFE GYGNVKCVES

107

	90	135
	|	|
AzoVi1	GGPEPGVGCA GRGVITAINF LEEEGAYED- -DLDFVFYDV LGDVVCGG
SN-2	GGPEPGVGCA GRGIITSIGL LENLGAYTD- -DLDYVFYDV LGDVVCGG
SN-4	GGPEPGVGCA GRGIITSIGL LENLGAYTD- -DLDYVFYDV LGDVVCGG
SN-8	GGPKPGIGCA GRGILSSFEA LKRLGLRDS- -SFDVVIYDV LGDVVCGG
SN-10	GGPKPGIGCA GRGILSNFEA LKRLGLRDS- -SFDVVIYDV LGDVVCGG
SN-12	GGPEPAVGCA GRGIKVAVEL LRRLGVYRS- -GLDVVIYDV LGDVVCGG
SN-13	GGPEPGIGCA GRGIIVAIQK LKSISGDLLK -EQDLIIYDV PGDVVCGG
SN-16	GGPEPGVGCA GRGIITSIGL LENLGAYTD- -DLDYVFYDV LGDVVCGG
SN-17	GGPEPGVGCA GRGVITAINF LEENGAYTP- -DLDYVFYDV LGDVVCGG
SN-33	GGPEPGVGCA GRGIITAIEL LRQKNVFDEF -KPDVVIYDV LGDVVCGG
SN-40	GGPEPGVGCA GRGVITAINL MEELGAYSE- -DLDFIHFDV LGDVVCGG
SN-42	GGPKPGIGCA GRGILSSFEA LKRLGLRDS- -SFDVVIYDV LGDVVCGG
MetBa2	GGPEPGVGCA GRGIITSIGL LENLGAYTD- -DLDYVFYDV LGDVVCGG
MetBa1	GGPEPGVGCA GRGVITAINL MEEMGAYSE- -DLDFIHFDV LGDVVCGG
MetTh1	GGPEPGVGCA GRGVITAVDM MRELEGYPD- -DLDNLFFDV LGDVVCGG
DesGig	GGPEPGVGCA GRGIITSINL LEQLGAFKEE KKLDYTFYDV LGDVVCGG
FraSpe	GGPEPAVGCA GRGVITSINY LEEAGAYE-- -DLDFVTYDV LGDVVCGG
KlePne	GGPEPGVGCA GRGVITAINF LEEEGAYED- -DLDFVFYDV LGDVVCGG
RhiLeg	GGPEPGVGCA GRGVITSINF LEENGAYD-- -DVDYVSYDV LGDVVCGG
PleBof	GGPPAGAGCG GYVVGETVKL LKELNAFD-- -EYDVILFDV LGDVVCGG
MetTh2	GGPKPGYGCA GRGVIVVIDL LKKMNLYKDL -KLDIVLYDV LGDVVCGG
AzoTol	GGPEPGVGCA GRGVITAINF LEENGAYD-- -GVDYVSYDV LG------
MetJan	GGPEPGVGCA GRGVITAVDM LNRLGAFEEL -KPDVVIYDI LGDVVCGG
TKY1	GGPAPGVGCA GRGIITAVEL FKQQRIFEEL -DLDFVIYDV LGDVVCGG
TKY19	GGPEPGVGCA GRGILTTFEL LERLGIKQN- -NYDTIIYDV LGDVVCGG
MetIva	GGPEPGVGCA GRGVIVAMGL LDKLGTFSD- -DIDIIIYDV LGDVVCGG

108

Anhang 3: Anaerobes Wachstum des selenatreduzierenden Isolats Se-34 in SNS04-Medium. X-Achse: Zelldichte gemessen als OD₆₀₀ Y-Achse: Menge gebildeten Selens in µg/g Zellmasse.

Anhang A. Publikationen

von Wintzingerode, F., B. Selent, W. Hegemann und U.B. Göbel (1999) Phylogenetic analysis of an anaerobic, trichlorobenzene-transforming microbial consortium. Appl. Environ. Microbiol. 65:283-286.

Diehl, A., F. von Wintzingerode und H. Görisch (1998) Quinoprotein ethanol dehydrogenase of Pseudomonas aeruginosa: Sequence of the gene and deduced structural properties of the enzyme. Eur. J. Biochem. 257:409-419.

Engelen, B., K. Meinken, F. von Wintzingerode, H. Heuer, H.-P. Malkomes und H. Backhaus (1998) Monitoring impact of a pesticide treatment on bacterial soil communities by metabolic and genetic fingerprinting in addition to conventional testing procedures. Appl. Environ. Microbiol. 64:2814-2821.

von Wintzingerode, F., U.B. Göbel und E. Stackebrandt (1997) Determination of microbial diversity in environmental samples: pitfalls of PCR-based rRNA analysis. FEMS Microbiol. Rev. 21:213-229.

von Wintzingerode, F., F.A. Rainey, R.M. Kroppenstedt und E. Stackebrandt (1997) Identification of environmental strains of Bacillus mycoides by fatty acid analysis and species-specific 16S rDNA oligonucleotide probe. FEMS Microbiol. Ecol. 24:201-209.

von Wintzingerode, F., O. Landt, A. Ehrlich und U.B. Göbel Peptide nucleic acid (PNA) mediated PCR-clamping as a novel tool in determination of microbial diversity by 16S rRNA gene analysis. Eingereicht zur Veröffentlichung

von Wintzingerode, F., U. Rösick, R. Siddiqui, P. Schumann, M. Rhode, E. Stackebrandt und U.B. Göbel Candidatus candidatus, gen. nov., sp. nov., a facultatively anaerobic bacterium, belonging to the Micrococcinaea within the class Actinobacteria. In Vorbereitung

von Wintzingerode, F., A. Klein, U. Rösick, R. Siddiqui, R. Gross und U.B. Göbel Bordetella petrii sp. nov., a novel facultatively anaerobic Bordetella species isolated from the environment. In Vorbereitung

Schlötelburg, C., F. von Wintzingerode, R. Hauck, W. Hegemann und U.B. Göbel Bacteria of an anaerobic, 1,2-dichloropropane dechlorinating mixed culture are phylogenetically closely related to those of other anaerobic dechlorinating consortia. Eingereicht zur Veröffentlichung.

Abd El Haleem, D., F. von Wintzingerode und U.B. Göbel, Detection of Nitrosospira-like bacteria in the rhizosphere of a constructed wetland system for treatment of municipal wastewaters. In Vorbereitung

Beiträge zu Tagungen (1997-1999)

von Wintzingerode, F., B. Selent, W. Hegemann und U.B. Göbel Molecular diversity of a methanogenic mixed culture continously degrading trichlorobenzene in a fluidized bed reactor. 49. Kongreß der Deutschen Gesellschaft für Hygiene und Mikrobiologie (DGHM), Jena, 5.-9.10.1997. Kurzvortrag

von Wintzingerode, F., C. Schlötelburg, D. Abd El Haleem und U.B. Göbel A new rapid screening method for environmental 16S rDNA clone libraries. Methodische Entwicklungen in der mikrobiologischen Nukleinsäure-Diagnostik, Berlin, 24.-25.4.1998. Posterpräsentation

Schlötelburg, C., F. von Wintzingerode und U.B. Göbel Molecular characterization of anaerobic 1,2-dichloropropane transforming enrichment cultures. Körber Symposium on Molecular and Microsensor Studies of Microbial Communities, Bremen, 7.-11.9.1998. Posterpräsentation

Heinz, M., F. von Wintzingerode, A. Moter, E. Halle und U.B. Göbel Identification of a clinical Pediococcus acidilactici isolate by a polyphasic approach. Methodische Entwicklungen in der mikrobiologischen Nukleinsäure-Diagnostik, Berlin, 3.-5.6.1999. Posterpräsentation

von Wintzingerode, F., O. Landt, A. Ehrlich und U.B. Göbel PNA mediated PCR-clamping for selective recovery of novel phylogenetic groups from complex microbial consortia. ASM Conference on Microbial Biodiversity, Chicago IL, 5.-8.8.1999. Posterpräsentation

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