Material

Geräte

Autoclav:

Varioclav Typ 500

H+P Labortechnik, München

Cycler:

GeneAmp PCR System 9600

Perkin Elmer, Weiterstadt

Mastercycler gradient

Eppendorf, Hamburg

Elektronische Pipetten:

Acht-Kanal-Pipette Proline 5-100µl

Biohit, Köln

Acht-Kanal-Pipette PreCision 0,2-10µl

Biozym, Hessisch Oldendorf

Ein-Kanal-Pipette PreCision 20-500µl

Biozym, Hessisch Oldendorf

Elektrophoresekammern:

Horizon 58

Gibco BRL, Karlsruhe

BlueMarine 200/2

Boehringer, Ingelheim

Multigel-Long G 47

Biometra, Göttingen

Fluorimager:

FluorImager^TM SI

Molecular Dynamics, Krefeld

Geldokumentationsanlage:

Transilluminator TI3

Biometra, Göttingen

BioDoc-CCD-Camera

Biometra, Göttingen

Bedienpult BioDoc II

Biometra, Göttingen

Computer/Bildschirm

Biometra, Göttingen

Video Graphic Printer UP-890 CE

Sony, Tokio

Laborwaagen:

Typ 1712004

Sartorius, Göttingen

PG 5002 Delta Range

Mettler Toledo, Gießen

Magnetrührer:

MR 3001 K

Heidolph Instruments, Schwabach

Mikrowelle:

Micromat EEH 8733

AEG, Rothenburg

Photometer:

Lumat LB 9501

Berthold, Bad Wildbad

Pipettierhilfe:

Accu-Jet

Brand, Wertheim

Sequenzierer:

ABI Prism^TM 310 Genetic Analyzer

Perkin Elmer, Weiterstadt

Spannungsgeräte:

Power Supply EPS 200

Amersham Pharmacia, Freiburg

Power Supply ECPS 3000/150

Amersham Pharmacia, Freiburg

Power Supply PS 3002

Gibco BRL, Karlsruhe

Vortex:

REAX 2000

Heidolph Instruments, Schwabach

Wasserbad:

WB 7

Memmert, Schwabach

Zentrifugen:

Centrifuge PMC-060

Tomy Kogyo, Tokio

Centrifuge 5417 C

Eppendorf, Hamburg

Biofuge Primo

Heraeus Instruments, Hanau

Megafuge 1.0 R

Heraeus Instruments, Hanau

Chemikalien

DNA-Aufarbeitung:

Merck, Darmstadt:

Ammoniumchlorid, Chloroform, EDTA (Titriplex III), Kaliumhydrogencarbonat, Natriumchlorid, Natrium-Perchlorat-Monohydrat, Tris-HCl

Roth, Karlsruhe:

Ethanol, Isopropanol

Sigma, Taufkirchen:

SDS (Sodium-Dodecyl-Sulfate)

PCR:

Braun, Melsungen:

Aqua ad injectabilia

Gibco BRL, Karlsruhe:

dNTP-Set 100 mM, Magnesiumchlorid, PCR-Puffer, Taq-DNA-Polymerase (rekombinant)

InViTek, Berlin:

Primer (Tabelle 2 1 und Tabelle 2 2)

Sigma, Taufkirchen:

DMSO (Dimethylsulfoxid)

Agarosegel-Elektrophorese:

Amersham Pharmacia, Freiburg:

Ficoll 400

Biozym, Hess. Oldendorf:

BMA SeaKem LE Agarose

Gibco BRL, Karlsruhe:

100 bp-DNA-Ladder

Merck, Darmstadt:

Borsäure, Bromphenolblau, Titriplex III, Trisaminomethan

Sigma, Taufkirchen:

Ethidiumbromid

SSCP-Analyse:

Amresco, Ohio:

Acryl-40 Solution, Bis-2 Solution, Formamid

Merck, Darmstadt:

Ammoniumpersulfat

Molecular Probes, Eugene:

SYBR^®-Gold

Roth, Karlsruhe:

TEMED (N,N,N’N’-Tetramethylendiamin)

Sequenzierung:

Amersham Pharmacia, Freiburg:

Sephadex^TM G 50 Fine

Perkin Elmer, Weiterstadt:

BigDye^TM Terminator Cycle Sequencing Ready Reaction Kit, 310 Genetic Analyzer Buffer with EDTA

RFLP-Analyse:

MBI Fermentas, St. Leon-Rot:

Hin6 I

New England BioLabs, Frankfurt:

Bsg I, Dde I, Hga I, PflM I, Taq I, TspR I

Methoden

Experimentelle Strategie

Die systematische Mutationssuche im β-MHC- und Troponin T-Gen umfasste 46 nicht verwandte Patienten mit dilatativer Kardiomyopathie. Das Troponin T-Gen wurde im gesamten kodierenden Bereich (Exon 2-16), das β-MHC-Gen ausschließlich im für den Kopfteil des Proteins kodierenden Bereich (Exon 3-23) untersucht.
Die DNA der Patienten wurde aus Leukozyten isoliert, anschließend eine PCR durchgeführt.Die Primer waren so gewählt, dass sowohl die einzelnen Exone als auch die sie umgebenden Intronbereiche amplifiziert werden konnten. So wurden die Spleiß-Konsensus-Sequenzen zusätzlich erfasst. Im Anschluss daran erfolgte eine SSCP-Analyse der einzelnen Fragmente bei Raumtemperatur und 4° C. Nach SYBR^®-Gold-Färbung wurden die Gele auf Laufmusterabweichungen hin untersucht.
Proben mit abweichendem Bandenmuster wurden nach der Methode von Sanger sequenziert. Als zusätzliche Bestätigung der Varianten wurde entweder eine Restriktions-Fragment-Längen-Polymorphismen-Analyse, eine Heteroduplexanalyse oder eine erneute Sequenzierung eines unabhängigen PCR-Produkts angewandt.

Isolierung und Aufarbeitung menschlicher DNA

Die genomische DNA wurde aus Leukozyten von frischem oder eingefrorenem EDTA-Blut isoliert. Die Aufarbeitung der DNA wurde nach folgendem Standardprotokoll, modifiziert nach Miller, durchgeführt [83].

10 ml Blut wurden mit 30 ml Frischlysispuffer (155 mM Natrium-Perchlorat-Monohydrat + 10 mM Kaliumhydrogencarbonat + 0,1 mM EDTA) gemischt, 15 Minuten auf Eis lysiert und 10 Minuten bei 3.000 rpm und 4° C zentrifugiert.
Der Überstand wurde vorsichtig abgegossen, das entstandene Leukozytenpellet mit 2 ml Frischlysispuffer gespült und in 8 ml Lösung B (400 mM Tris-HCl + 60 mM EDTA + 150 mM Natriumchlorid + 1 % SDS) vollständig gelöst.
2,7 ml Lösung C (3,6 M Na-Perchlorat) wurden mit dem gelösten Pellet gemischt und nach Zugabe von 8 ml Chloroform 5 Minuten bei 3.000 rpm zentrifugiert.
Nach Abnehmen der oberen Phase wurde die gewonnene Lösung zur Präzipitation der DNA mit 1 Volumen gekühltem Isopropanol überschichtet.
Im Anschluss wurde der DNA-Faden entnommen, in 70 %igem Ethanol gewaschen und in 400 µl TE-Puffer (10 mM Tris + 1 mM EDTA) gelöst.
Die Bestimmung der Konzentration und der Reinheit der isolierten DNA erfolgte durch photometrische Messung bei Wellenlängen von 260 nm und 280 nm.

Polymerase-Ketten-Reaktion

Durch die Polymerase-Ketten-Reaktion (PCR) nach Mullis können Nukleotidsequenzen in vitro exponentiell vervielfältigt werden und so weiteren molekulargenetischen Methoden zugänglich gemacht werden [84]. Bei diesem zyklischen Verfahren lässt sich ein beliebiger DNA-Abschnitt von bis zu 20.000 Basenpaaren amplifizieren, wobei ca. 10⁷ Kopien der DNA-Zielsequenz entstehen [85]. Man benötigt dafür zwei Oligonukleotide (Primer), die die DNA-Fragmente einrahmen und zum gegenüberliegenden Einzelstrang jeweils komplementär sind. Eine thermostabile Taq-DNA-Polymerase vervollständigt die benachbarten Einzelstränge durch Einbau von Nukleotiden (dNTPs).
Aus den veröffentlichten Sequenzen des β-MHC- und Troponin T-Gens wurden die Primer mittels des Programms „Primer“ (Version 5.0) ausgewählt. Zum Zeitpunkt des Primer-Designs lag die genomische DNA über die gesamte Länge des Gens nur für das β-MHC-Gen vor (GenBank Accession Number M57965.1). Für das Troponin T-Gen waren lediglich die Sequenzen der Exone und der angrenzenden Intronbereiche bekannt (GenBank Accession Number AF004409.1 - AF004422.1).
Die Primer wurden so gewählt, dass Spleiß-Stellen mit erfasst waren und PCR-Fragmente von 150 bis 300 bp Länge als optimale Fragmentgröße für die SSCP-Analyse entstehen. Deshalb wurden die Exone 16 und 22 des β-MHC-Gens in zwei überlappenden Fragmenten und die Exone 8 und 9 im β-MHC-Gen und die Exone 3 und 4 im Troponin T-Gen jeweils in einem Fragment amplifiziert. Als weitere Optimalwerte wurden eine geringe Sekundärstrukturbildung und 3’-Selbst-Komplementarität, eine Schmelztemperatur von 57 bis 63° C, eine Primerlänge von 18 bis 23 Nukleotiden und ein GC-Gehalt von 40 bis 60 % angestrebt.
Im Troponin T-Gen wurde nicht mit allen nach der Sequenz von Gerull et al. (GenBank Accession Number AF004409.1 - AF004422.1) synthetisierten Primern ein optimales Amplifikat erzielt. Die Sequenzen für die Primer 10R, 11R, 13R und 14F wurden durch Sequenzierung von drei Fragmenten bestimmt, die durch die Amplifikation mit den Primern 13F und 14R, 11F und 12R und anschließend 10F und 11R gewonnen wurden.

Die Nukleotidposition gibt die Position des Primers auf der von Jaenicke et al. [51] publizierten DNA-Sequenz des β-MHC-Gens an (GenBank Accession Number M57965.1). F = forward, R = reverse.
Exon

Primer-Sequenz

Nukleotidposition

Fragmentlänge

Annealing-Temperatur

3

F

5’-CCAGGGAGGGAAGGGAAGA-3’

5654-5672

313 bp

62° C

R

5’-TGTACAGGTGGCCAGGGTGGA-3’

5946-5966

4

F

5’-AACCCTCTTGAGGAAGGAGG-3’

6161-6180

259 bp

62° C

R

5’-TGGATGGAGCAAGAACAGAG-3’

6400-6419

5

F

5’-CTCTAACTCCCAAAATCACC-3’

6587-6606

268 bp

60° C

R

5’-TATCCCAGTTCCCTTCAGGAA-3’

6834-6854

6

F

5’-GCATCCTGTGCAGCTCCT-3’

6898-6915

226 bp

60° C

R

5’-GGGTCAGGGTAATGGTCAGA-3’

7104-7123

7

F

5’-GGTCTCCAGTAGTATTGTTC-3’

7533-7552

207 bp

60° C

R

5’-TCTTCTCCCTCCCTTTCTGCG-3’

7720-7739

8/9

F

5’-TGTACCGCAGAAGGGAGGG-3’

7715-7733

357 bp

61° C

R

5’-GGTGAGCTTAGGCTGAGCCT-3’

8052-8071

10

F

5’-TCTGCCTTTTGCTTGCTACA-3’

8358-8377

240 bp

60° C

R

5’-ACCAGGTTGCCATGGAGATA-3’

8578-8597

11

F

5’-GCTTGTGTCCCACCCTAA-3’

8752-8769

188 bp

61° C

R

5’-CCTCACTGCCAATCCTCCC-3’

8921-8939

12

F

5’-TACCCATCATACTTCTTTTTCTG-3’

9486-9508

226 bp

60° C

R

5’-TGACTTGACAGCTGCCCCCA-3’

9694-9711

13

F

5’-CCAGCAGTCATCTCTTTACC-3’

10047-10066

218 bp

60° C

R

5’-ATGCCAGTCTCCCTACCCT-3’

10246-10264

14

F

5’-CCTGCTCAATATGGGTCTCTC-3’

10304-10324

237 bp

60° C

R

5’-AATGTGGGAGCGAGTGAGTG-3’

10521-10540

15

F

5’-CCACTCACACCCACTTTCTG-3’

10723-10742

259 bp

62° C

R

5’-TGTGCAGGGAGAATTCAGGT-3’

10962-10981

16a

F

5’-CCTGTGTGAAGGACACTCAG-3’

11503-11522

216 bp

60° C

R

5’-CGGCATAGTGGATCAGGGAG-3’

11699-11718

16b

F

5’-TGTTTGACAACCACCTGGGC-3’

11623-11642

296 bp

62° C

R

5’-CTGGCTCAGAACCTTGGCAGA-3’

11898-11918

17

F

5’-CCTACCTCCCCACACTGATG-3’

12080-12099

147 bp

60° C

R

5’-GCCAAGTTGGCTGGGGCTGTGTC-3’

12204-12226

18

F

5’-CAGGGCCCCTTCATCTCT-3’

12440-12457

257 bp

60° C

R

5’-TATGCCCAGCAGTGGGTT-3’

12679-12696

19

F

5’-CTCACAGACTCCTCCTACTT-3’

13318-13337

219 bp

60° C

R

5’-ATCCCATTCCCATCAGGGCA-3’

13517-13536

20

F

5’-CAGAGCAGATCACTGCAGAGC-3’

13564-13584

229 bp

62° C

R

5’-GGAGTCAATGGAAAAGAGATGTC-3’

13770-13792

21

F

5’-CCATCTCTTTCCCTCGTACC-3’

13958-13977

245 bp

62° C

R

5’-AACCAGCCTGGGCCTCAGAGAA-3’

14181-14202

22a

F

5’-ACCTCAGGTAGGAAGGAGGC-3’

14353-14372

215 bp

62° C

R

5’-CTCTTTGAGGCGTGTGAACT-3’

14548-14567

22b

F

5’-GAAGAGTGCAGAAAGAGAGAA-3’

14504-14524

221 bp

60° C

R

5’-GGGTCTGTGGGAAGTGAAGG-3’

14706-14724

23

F

5’-CCTGCAAGAATGGAGGACCT-3’

15225-15243

336 bp

63° C

R

5’-AGACCCGGGCTGGAGCCAAA-3’

15541-15560

Tabelle 2-1: Primerpaare für die Mutationssuche im β-MHC-Gen

Die angegebene Nukleotidposition gibt die Position des Primers auf der DNA-Sequenz des Troponin T-Gens nach Gerull et al. an (Exon 2 - 16: GenBank Accession Number AF004409.1 - AF004422.1). Die Primer 10R, 11R, 13R und 14F wurden anhand eigener Sequenzierung bestimmt. F = forward, R = reverse.
Exon

Primer-Sequenz

Nukleotidposition

Fragmentlänge

Annealing-Temperatur

2

F

5’-TTCTGAGGAAGGCAGGCTTC-3’

120-139

143 bp

58° C

R

5’-CCCCACTCAGGCAAGATG-3’

245-262

3/4

F

5’-ATGTGCTGTGTGCGAGCTAC-3’

94-113

261 bp

60° C

R

5’-GACAGATGAGCTGCTTTCCC-3’

335-354

5

F

5’-TGGTTCTGCCTGATAGCATG-3’

31-50

236 bp

60° C

R

5’-GTCAGGTGCACATGGGAAG-3’

248-266

6

F

5’-CAGGGGAATGTGTGTGTGAG-3’

111-130

268 bp

60° C

R

5’-TGTGGGATTCTCCTCCAAAG-3’

359-378

7

F

5’-ATGGGGAAATGGAAATCCAC-3’

174-193

180 bp

62° C

R

5’-CTCTCCTAGGCCTCTGCTCC-3’

334-353

8

F

5’-TGCCATTGTTGACGTCAG-3’

44-61

243 bp

59° C

R

5’-GGCCTACTCAACCCACAG-3’

269-286

9

F

5’-GTGTCTAGCCCACCCATCTC-3’

40-59

241 bp

62° C

R

5’-TGAGACAGACTGGCCATCAG-3’

258-277

10

F

5’-GGAGGCCGGGCACCATTG-3’

50-67

244 bp

68° C

R

5’-ATGGGCCTGGGCTAGGGG-3’

-

11

F

5’-CAATCCTTTCCCCTAATTTGC-3’

97-117

227 bp

60° C

R

5’-CTGCAGTGGACACCTCATTC-3’

-

12

F

5’-CTCTTCCATGTCTCTCCTTGC-3’

22-42

150 bp

54° C

R

5’-GGGGAGGAAGAAGGCTTGAG-3’

152-171

13

F

5’-GTGGCAGTTTACTCTGCTTCC-3’

125-145

232 bp

60° C

R

5’-TGGTGGCTCACAGCAAGAAG-3’

-

14

F

5’-AGGGCCCTTTCTTACTGGAC-3’

-

191 bp

60° C

R

5’-CCAGGAGGAGTGTGAGATGG-3’

186-205

15

F

5’-TGCACTCACCCCCTTCTC-3’

72-89

193 bp

60° C

R

5’-CTGGAAGGTAGGGAAGGAGG-3’

245-264

16

F

5’-CCATGTCACTGCGTCCTG-3’

40-57

189 bp

60° C

R

5’-CCCCATTTCCAAACAGGAG-3’

209-228

Tabelle 2-2: Primerpaare für die Mutationssuche im Troponin T-Gen

Der PCR-Standardansatz mit einem Gesamtvolumen von 25 µl enthielt folgende Reagenzien:

10 x PCR-Puffer

2,5 µl

MgCl₂ (50 mM)

0,75 µl

dNTPs (jeweils 1,25 mM dATP, dCTP, dGTP, dTTP)

4,0 µl

Taq-DNA-Polymerase (5 U/µl)

0,2 µl

Forward-Primer (10 pmol/µl)

0,5-1 µl

Reverse-Primer (10 pmol/µl)

0,5-1 µl

DNA (20 ng/µl)

1-5 µl

Aqua ad injectabilia

ad 25 µl

Die PCR-Reaktion erfolgte standardisiert nach dem in Tabelle 2-3 aufgeführten Thermoprofil in einem Thermocycler des Typs GeneAmp 9600 von Perkin Elmer.

Dauer

Temperatur

Funktion

Zyklen

I

5 Min

94° C

Initiale Denaturierung des Doppelstrangs

1

II

20 Sek

94° C

Denaturierung

35

20 Sek

siehe Tabelle 2 1 und Tabelle 2 2

Primer-Annealing

20 Sek

72° C

Primer-Extension

III

10 Min

72° C

Finaler Verlängerungsschritt

1

Tabelle 2-3: Standard-Protokoll für die PCR-Reaktion

Für ein optimales PCR-Ergebnis wurde die Annealing-Temperatur der einzelnen Primerpaare in einem Gradientencycler systematisch variiert, die optimalen Temperaturen sind in Tabelle 2 1 und Tabelle 2 2. Zur Optimierung des Fragments „Troponin T-Exon 12“ war ein Zusatz von 3 %igem DMSO notwendig. DMSO führt zu einer Unterbrechung der Wasserstoffbrückenbindungen des Doppelstranges, wodurch die anschließende Primerhybridisierung erleichtert wird. Um Kontaminationen auszuschließen, wurde stets eine Negativkontrolle (Aqua ad injectabilia statt DNA) amplifiziert.

Agarosegel-Elektrophorese

Zum Nachweis von Spezifität und Quantität der PCR-Produkte wurden diese auf einem Agarosegel in einer Gibco BRL Horizon 58 Elektrophoresekammer aufgetrennt. Das eingesetzte Gel war 1,14 %ig: 0,4 g Agarose, 35 ml 1-fach TBE (0,1 M Tris Base + 0,1 M Borsäure + 0,002 M Titriplex III), 2 µl Ethidiumbromid (0,7 µg/µl).
4 µl des Amplifikats wurden mit 2 µl Agaroseladepuffer (20 ml 5-fach TBE [0,5 M Tris Base, 0,5 M Borsäure, 0,01 M Titriplex III] + 40 ml Ficoll 400 (20 %) + 10 ml Bromphenolblau (0,1 %) + 30 ml Aqua destillata) versetzt und zusammen mit einem 100 bp DNA-Längenstandard aufgetragen. Die Proben wurden in einem Spannungsfeld von 120 Volt und einer Laufzeit von 20 Minuten elektrophoretisch aufgetrennt. Als Laufpuffer diente 1-fach TBE (0,1 M Tris Base + 0,1 M Borsäure + 0,002 M Titriplex III). Das mit Ethidiumbromid gefärbte Amplifikat wurde durch Fluoreszenz in ultraviolettem Licht sichtbar gemacht und mittels einer Videodokumentationsanlage der Firma Biometra dokumentiert.

Single-Strand-Conformation-Polymorphism-Analyse (SSCP-Analyse)

Die SSCP-Analyse beruht auf der Beobachtung, dass einzelsträngige DNA-Fragmente eine sequenzspezifische Konformation einnehmen und bei elektrophoretischer Auftrennung in einem nicht-denaturierenden Gel ein spezifisches Laufverhalten aufweisen. Bereits bei einem Austausch von nur einer Base ändert sich die Laufgeschwindigkeit des Einzelstrangs, da die DNA durch ihre veränderte Basensequenz eine andere Sekundärstruktur einnimmt [86,87,88,89].
Der entscheidende Vorteil der SSCP-Analyse gegenüber anderen Mutationsdetektionsverfahren liegt in der schnellen, einfachen und kostengünstigen Durchführung. Einschränkend ist die Länge der Fragmente, jedoch lassen sich bei einer Fragmentlänge von 150 bis 300 bp unter Einsatz geeigneter Elektrophoresebedingungen Detektionsraten von 70 bis 90 % der Mutationen erreichen [90,91]. Jedes PCR-Amplifikat wurde unter zwei verschiedenen Elektrophoresebedingungen aufgetrennt, um eine möglichst hohe Sensitivität zu erreichen. Die Analyse erfolgte sowohl bei Raumtemperatur und einer Spannung von 60 Volt als auch bei 4° C und 70 Volt. Die Laufzeit der Gele betrug jeweils ca. 16 Stunden.

Durchführung der SSCP-Analyse:

1. Die durch PCR gewonnenen DNA-Fragmente wurden auf 10 %igem Polyacrylamidgel aufgetrennt (Acrylamid : Bisacrylamid, 49 : 1). Durch die Zugabe von Tetramethylendiam (TEMED) wurde die Polymerisation der Gele katalysiert und durch Ammoniumpersulfat (APS) gestartet. Die verwendete Polyacrylamid-Lösung für ein Gel wurde wie folgt hergestellt:

40 %iges Acrylamid

245 ml

2 %iges Bisacrylamid

100 ml

10-fach TBE (1M Tris Base + 1 M Borsäure + 0,02 M Titriplex III)

50 ml

TEMED

1000 µl

Aqua destillata

ad 1000 ml

2. Für jedes Gel wurden 20 ml Polyacrylamid-Lösung mit 300 µl einer 10 %igen APS-Lösung gemischt und in das Glasplattensystem Multigel-Long der Firma Biometra gegossen. Nach ca. 20 Minuten war die Polymerisation der Gele abgeschlossen.

3. 8 µl des PCR-Produkts wurden mit 12 µl eines Gelladepuffers gemischt. Dieser SSCP-Ladepuffer bestand im Verhältnis 7 : 1 aus Formamid und Agaroseladepuffer (20 ml 5-fach TBE [0,5 M Tris Base, 0,5 M Borsäure, 0,01 M Titriplex III] + 40 ml Ficoll 400 (20 %) + 10 ml Bromphenolblau (0,1 %) + 30 ml Aqua destillata). Die Proben wurden 5 Minuten bei 95° C denaturiert und anschließend auf Eis gelagert, um eine Renaturierung zu verhindern. Jeweils 8 µl wurden auf die Gele aufgetragen.

4. Als Elektrophorese-Laufpuffer diente 0,5-fach TBE (0,05 M Tris Base + 0,05 M Borsäure + 0,001 M Titriplex III).

SYBR^®-Gold-Färbung

Zur Visualisierung der aufgetrennten Einzelstränge aus der SSCP-Analyse wurden die Polyacrylamidgele mit SYBR^®-Gold gefärbt. Dieses interkaliert in DNA-Fragmente und hat fluoreszierende Eigenschaften. Nach der elektrophoretischen Auftrennung der Einzelstränge wurde jedes Gel mit 3 bis 5 ml SYBR^®-Gold-Lösung (5 µl SYBR^®-Gold ad 50 ml Aqua destillata) gleichmäßig benetzt und 10 bis 20 Minuten inkubiert.
Das fluoreszenzgefärbte Gel wurde in einem FluorImager^TM SI System mit ultraviolettem Licht bestrahlt und dadurch zur langwelligen Sekundärstrahlung angeregt. Im FluorImager^TM SI System wurde diese Sekundärstrahlung gefiltert (530 nm), quantitativ erfasst und Punkt für Punkt zu einem Bild umgesetzt.

DNA-Sequenzierung

Auffällige DNA-Proben aus der SSCP-Analyse wurden in einem ABI Prism^TM 310 Kapillarsequenzer nach der enzymatischen Methode von Sanger sequenziert [92].
Bei dieser Methode wird einzelsträngige DNA von einem Startpunkt aus mit Hilfe einer DNA-Polymerase durch einen komplementären Strang zum Doppelstrang ergänzt. Neben den üblicherweise verwendeten Desoxy-Nukleotidtriphosphaten (dNTP) werden auch 2’,3’-Didesoxy-Nukleotidtriphosphate (ddNTP) zugegeben, die zusätzlich am 3’-Ende der Desoxyribose desoxygeniert sind, so dass die Elongation beim Einbau der ddNTP abbricht. Zusätzlich ist jedes ddNTP mit einem unterschiedlichen Fluoreszenzfarbstoff markiert, der ein spezifisches Emissions- und Absorptionsspektrum besitzt. Bei der Synthese der Doppelstränge entstehen auf diese Weise unterschiedlich lange DNA-Fragmente in einem Größenbereich von einem bis mehreren hundert Nukleotiden.
Nach elektrophoretischer Auftrennung der Fragmente in einer Gelkapillare werden die unterschiedlichen, basenspezifischen Fluoreszenzfarbstoffe mittels Laser zur Sekundärstrahlung angeregt. Anhand des Fluoreszenzmusters wird die Nukleotidsequenz des DNA-Produkts durch das ABI Prism^TM Sequencing System analysiert und in einem Elektropherogramm dargestellt.

Aufreinigung der PCR-Produkte:
Das zu sequenzierende PCR-Produkt wurde zuvor mit dem Invisorb Spin PCRapid Kit von InViTek nach Herstellerangaben aufgereinigt. Mit diesem Kit werden PCR-Amplifikate von Puffer, Salzen, Nukleotiden, Primern und Polymerasen gereinigt.

Durchführung der Sequenzierung:
Die Sequenzierungsreaktion wurde mit einem BigDye^TM Terminator Cycle Sequencing Ready Reaction Kit der Firma Perkin Elmer durchgeführt und enthielt pro Ansatz:

Terminationsmix (dNTPs, ddNTPs, Ampli-Taq-DNA-Polymerase)

3 µl

Primer (1 pmol/µl)

2 µl

aufgereinigte DNA

500 ng

Aqua ad injectabilia

ad 10 µl

Die Reaktion erfolgte in einem Thermocycler GeneAmp 9600 der Firma Perkin Elmer nach folgendem Thermoprofil.

Dauer

Temperatur

Funktion

Zyklen

I

60 Sek

96° C

Initiale Denaturierung des Doppelstrangs

1

II

10 Sek

96° C

Denaturierung

25

10 Sek

50° C

Primer-Annealing

4 Min

60° C

Primer-Extension

III

∞

4° C

Abkühlung

Tabelle 2-4: Standard-Protokoll für die Sequenzierungsreaktion

Anschließend wurde das Produkt in einer Sephadex^TM G-50 Säule gereinigt, um überschüssige ddNTPs zu entfernen, da diese durch ihre Fluoreszenzmarkierung zu einer Verfälschung des Signalbildes führen würden. In einem ABI Prism^TM 310 Kapillarsequenzer wurden die entstandenen Fragmente elektrophoretisch aufgetrennt, und anhand des unterschiedlichen Fluoreszenzmusters konnte nun die genaue Sequenz des DNA-Abschnitts ermittelt werden.

Restriktions-Fragment-Längen-Polymorphismen-Analyse (RFLP-Analyse)

Nach der Identifikation einer Variante in SSCP-Analyse und Sequenzierung lässt sich diese sicher und schnell durch eine RFLP-Analyse unabhängig bestätigen [93].
Grundlage dieser Methode ist die Tatsache, dass durch eine Variante eine Erkennungssequenz einer Restriktionsendonuklease neu entsteht oder zerstört wird. Restriktionsendonukleasen schneiden doppelsträngige DNA an einer bestimmten Stelle innerhalb einer spezifischen Erkennungssequenz oder in einem bestimmten Abstand zu ihr. Je nach Vorhandensein der Variante ändert sich das Schnittmuster, was zu Restriktionsfragmenten unterschiedlicher Länge führt. Die Auswahl möglicher Restriktionsenzyme erfolgte mit Hilfe der Datenbank Webcutter 2.0 [94].

Ansatz für den Restriktionsverdau:

Puffer (vom Hersteller mitgeliefert)

2 µl

Restriktionsenzym

5-10 U

PCR-Produkt

2,5-5 µl

Aqua ad injectabilia

ad 20 µl

Je nach Herstellerangaben wurden zusätzlich S-adenosylmethionin oder bovines Serumalbumin (BSA) in der entsprechenden Menge dazu gegeben. Der Reaktionsansatz wurde gemischt und bei optimaler Temperatur ca. 16 Stunden im Wasserbad inkubiert (Tab. 2-5). Die verschiedenen Restriktionsfragmente wurden über 2 Stunden bei 120 Volt auf einem 10 %igen Polyacrylamidgel elektrophoretisch aufgetrennt und durch SYBR^®-Gold-Färbung sichtbar gemacht. Anhand des Bandenmusters konnte der Genotyp jeder Probe bestimmt werden.

Gen

Exon / Intron

Restriktionsendonuklease

Erkennungssequenz
und Schnittstelle

Temperatur

MYH7

Intron 2

Bsg I

5’…GTGCAG(N)₁₆ ^▼…3’
3’…CACGTC(N)_14▲…5’

37° C

Exon 3

Dde I

5’…C^▼TNAG…3’
3’…GANT_▲C…5’

37° C

Exon 12

Hin6 I

5’…G^▼CGC…3’
3’…CGC_▲G…5’

37° C

TNNT2

Exon 9

Taq I

5’…T^▼CGA…3’
3’…AGC_▲T…5’

65° C

Intron 14

TspR I

5’…NNCAGTGNN^▼…3’
3’…_▲NNGTCACNN…5’

65° C

Tabelle 2-5: Restriktionsendonukleasen für die RFLP-Analyse

Heteroduplexanalyse

Durch die Heteroduplexanalyse können kleinere Deletionen, Insertionen und Einzelbasenaustausche identifiziert werden [95,96]. Dabei wird ein DNA-Doppelstrang durch Erhitzung in seine Einzelstränge aufgetrennt. Durch langsamen Temperaturabfall bis auf Raumtemperatur renaturieren die Einzelstränge wieder zu Doppelsträngen, hierbei entstehen bei heterozygoten Varianten Heteroduplexe, d.h. das mutierte Allel hybridisiert mit dem Wildtyp-Allel. Der neu entstandene Doppelstrang ist nicht mehr komplementär. Bei elektrophoretischer Auftrennung zeigen die Heteroduplexe aufgrund einer veränderten Sekundärstruktur ein anderes Laufverhalten.

Durchführung der Heteroduplexanalyse:
4 µl des PCR-Produkts wurden 5 Minuten bei 95° C denaturiert und anschließend langsam auf Raumtemperatur abgekühlt. Jede Probe wurde mit 5 µl Agaroseladepuffer (20 ml 5-fach TBE [0,5 M Tris Base, 0,5 M Borsäure, 0,01 M Titriplex III] + 40 ml Ficoll 400 (20 %) + 10 ml Bromphenolblau (0,1 %) + 30 ml Aqua destillata) gemischt und auf ein 10 %iges Polyacrylamidgel aufgetragen. Nach der Auftrennung bei 120 Volt über 3 bis 4 Stunden wurden die Gele mit SYBR^®-Gold gefärbt.