Die Anwendung der Erkenntnisse über das Bindungsverhalten der SH3–Domänen könnte die therapeutische Unterbrechung der Interaktion zwischen Domäne und Ligand sein. So schalten z.B. pathogene Viren den Apoptose–mechanismus von humanen Zellen aus, indem ihre virenspezifischen Proteine an die SH3-Domäne der p58 Untereinheit der Phosphoinositol-3-Kinase (PI3K) binden. Infolgedessen wird der Second Messengers Phosphoinositoltriphosphat gebildet, der unter anderen eine Serin- Threoninkinase (Akt) aktiviert. Diese Kinase hat eine kontrollierende Funktion in der Apoptose. Das Heptitis-C-Virus nutzt diesen Signaltransduktionsweg über sein NS5A-Protein, um die Apoptose zu umgehen, dadurch kann sich der Virus in der betroffenen Zelle replizieren, ohne dass die infizierte Zelle vom Immunsystem zerstört wird. NSA5 ist ein Serinphosphoprotein, dessen Funktion nicht geklärt ist. Es wird vermutet, dass die ständige Aktivierung der PI3K über NS5A zu chronischer Leberzhirrose und später zum hepatozellulären Karzinom führen kann. Es wird nach einem Wirkstoff gesucht, der die Interaktion zwischen NS5A und der SH3-Domäne von p58 unterbricht (50)(51).

Ein anderer Ansatz für die Suche nach einem Wirkstoff ist z.B die Veränderung von Proteinen, die dann auf Grund ihrer Modifikation mit dem pathogenen Molekül reagieren, aber nicht mit physiologischen Zellbestandteilen. Ein solcher Therapieansatz wird durch die Mutation des RT-Loops in der SH3-Domäne verfolgt. Dadurch wurde die Affinität einer humanen SH3-Domäne zu dem Nef–Protein des Human Immunodeficiency Virus 1 (HIV1) stärk erhöht. Jetzt zielt man auf einen möglichen Wirkstoff ab, der eventuell ein Therapeutikum für die Behandlung von HIV-positiven Menschen sein könnte. Das Nef-Protein erniedrigt die Konzentration des Major Histokompatibilitäts Faktor 1 (MHC) und des CD4-Rezeptors. Damit kann das HIV die Wirtsabwehr umgehen und in der Zelle persistieren (52)(53).

Das Bestreben, eine Technologie stetig zu verbessern, zeigt sich unter anderem in der Einführung eines derivatisierten Glasträgers für die Untersuchung von Wechselwirkungen zwischen biologischen Verbindungen (54)(55).

Dazu werden mit Hilfe der SPOT-Synthese und der Fmoc-Strategie Spots auf einer derivatisierten Zellulosemembran erstellt. Die Schutzgruppen der Peptide werden abgespaltet. Danach werden die gesamten Peptide von der Membran gelöst und in einem Puffersystem (phosphatgepuffertes Salin mit 40 % Glycerol) in Mikrotiterplatten gelöst(54). Die Lösung dient als Reservoir für den Umschichtungsvorgang auf den Glasträger. Hierbei wird analog zur SPOT–Synthese die molekulare Bibliothek synthetisiert. So kann eine hohe Anzahl von Trägern entstehen, die alle mit demselben Peptidsatz bestückt sind. Das Bindungsmolekül ist ein aldehydgruppenhaltiges Silan. Über eine Schiffsche Base werden die Proteine bzw. Peptide an die Glasoberfläche gekoppelt (54). Mit dieser Methode können zurzeit keine Peptide Schritt für Schritt aus Aminosäuren synthetisiert werden. Es muss bisher immer wieder auf den aufwendigen Übertragungsschritt der Peptide zurückgegriffen werden. Die Konzentration der pro Spot gebundenen Peptide ist manchmal zu gering, so dass es zu Ungenauigkeiten in der Auswertung kommen kann. Die Peptidedichte ist auf dem Träger hingegen sehr hoch (1600 Spots/cm ²) (54).