Maren Helwig: Transport von HIV-1 durch epitheliale Zellen Identifizierung einer neuen funktionalen Domäne auf gp120

Maren Helwig: Transport von HIV-1 durch epitheliale Zellen Identifizierung einer neuen funktionalen Domäne auf gp120
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Anhang

Tab. 28: Aminosäuresequenzen der Peptide ARP740

Peptid-Nummer	Aminosäursequenz	Peptid-Nummer	Aminosäursequenz
ARP740.1	ATEKLWVTVYYGVPVWKEATTT	ARP740.24	NGSLAEEEVVIRSVNFTDNA
ARP740.2	VPVWKEATTTLFCASDAKAY	ARP740.25	RSVNFTDNAKTIIVQLNTS
ARP740.3	LFCASDAKAYDTEVHNVWAT	ARP740.26	VQLNTSVEINCTR
ARP740.4	DTEVHNVWATHACVPTDPN	ARP740.27	VEINCTRPNNNTRKRIRIQ
ARP740.5	HACVPTDPNPQEVVLVNVTE	ARP740.28	NTRKRIRIQRGPGRAFVTIG
ARP740.6	PQEVVLVNVTENFDMWKNDMV	ARP740.29	RGPGRAFVTIGKIGNMRQA
ARP740.7	NFDMWKNDMVEQMHEDIISL	ARP740.30	KIGNMRQAHCNISRAKWNNT
ARP740.8	EQMHEDIISLWDQSLKPCVK	ARP740.31	HCNISRAKWNNTLKQIDSKL
ARP740.9	WDQSLKPCVKLTPLCVSLK	ARP740.32	LKQIDSKLREQFGNNKTIIF
ARP740.10	LTPLCVSLKCTDLKNDTNTN	ARP740.33	REQFGNNKTIIFKQSSGGDPE
ARP740.11	CTDLKNDTNTNSSSGRMIMEK	ARP740.34	KQSSGGDPEIVTHSFNCGGE
ARP740.12	SSSGRMIMEKGEIKNCSFNI	ARP740.35/6	GEFFYCNSTQLFNS
ARP740.13	GEIKNCSFNISTSIRGKVQK	ARP740.37	NSTWFNSTWSTEGSNNTEGS
ARP740.14	STSIRGKVQKEYAFFYKLDI	ARP740.38	TEGSNNTEGSDTITLPCRI
ARP740.15	EYAFFYKLDIIPIDNDTTSY	ARP740.39	DTITLPCRIKQIINMWQKVG
ARP740.16	IPIDNDTTSYSLTSCNTSVI	ARP740.40	KQIINMWQKVGKAMYAPPIS
ARP740.17	SLTSCNTSVITQACPKVSFE	ARP740.41	KAMYAPPISGQIRCSSNITG
ARP740.18	TQACPKVSFEPIPIHYCAPA	ARP740.42	GQIRCSSNITGLLLTRDGGNS
ARP740.19	PIPIHYCAPAGFAILKCNNK	ARP740.43	LLLTRDGGNSNNESEIFRLG
ARP740.20	GFAILKCNNKTFNGTGPCT	ARP740.44	NNESEIFRLGGGDMRDNWRS
ARP740.21	TFNGTGPCTNVSTVQCTHGI	ARP740.45	GGDMRDNWRSELYKYKVVKI
ARP740.22	VSTVQCTHGIRPVVSTQLLL	ARP740.46	ELYKYKVVKIEPLGVAPTKA
ARP740.23	RPVVSTQLLLNGSLAEEEVV	ARP740.47	EPLGVAPTKAKRRVVQREKR

Tab. 29: Ergebnisse der Transzytoseversuche mit unterschiedlichen Subtypen der HIV-1 Gruppe M und HIV-1 Gruppe O in Anwesenheit von Env362-420.

		Transzytose (%)	Inhibierung (%)
HIV-1 Gruppe M Subtyp A Referenzisolat 11562/96
Viruskontrolle	6,6 x 10⁵	—	—
Kontrollversuch	2,0 x 10⁴	100	0
Peptid	6,5 x 10³	33	67
HIV-1 Gruppe M Subtyp C Referenzisolat 484/97
Viruskontrolle	2,5 x 10⁶	—	—
Kontrollversuch	1,0 x 10⁵	100	0
Peptid	2,3 x 10⁴	23	77
HIV-1 Gruppe M Subtyp DI Referenzisolat 3971/95
Viruskontrolle	7,1 x 10⁶	—	—
Kontrollversuch	1,2 x 10⁴	100	0
Peptid	7,8 x 10³	65	35
HIV-1 Gruppe M Subtyp DII Referenzisolat 92UG024
Viruskontrolle	2,5 x 10⁷	—	—
Kontrollversuch	5,2 x 10²	100	0
Peptid	2,2 x 10²	42	58
HIV-1 Gruppe M Subtyp F Referenzisolat 93BR020
Viruskontrolle	8,0 x 10⁵	—	—
Kontrollversuch	4,2 x 10⁴	100	0
Peptid	9,6 x 10³	23	77
HIV-1 Gruppe M Subtyp G Referenzisolat ARP/173 RU570
Viruskontrolle	1,3 x 10³	—	—
Kontrollversuch	2,3 x 10¹	100	0
Peptid	0	<43	>57
HIV-1 Gruppe O Referenzisolat HIV-1 CA-9
Viruskontrolle	4,3 x 10⁶	—	—
Kontrollversuch	5,6 x 10¹	100	0
Peptid	2,0 x 10¹	36	64

Mittelwerte von mindestens drei Versuchen, Auswertung über HIV-1 Gruppe M und HIV-1 Gruppe O env-TaqMan™-PCR.

Tab. 30: Abkürzungsverzeichnis der Aminosäuren

Name	Dreibuchstabencode	Einbuchstabencode
Glycin	Gly	G
Alanin	Ala	A
Valin	Val	V
Leucin	Leu	L
Isoleucin	Ile	I
Cystein	Cys	C
Methionin	Met	M
Phenylalanin	Phe	F
Tyrosin	Tyr	Y
Tryptophan	Trp	W
Prolin	Pro	P
Serin	Ser	S
Threonin	Thr	T
Asparagin	Asn	N
Glutamin	Gln	Q
Asparaginsäure	Asp	D
Glutaminsäure	Glu	E
Histidin	His	H
Lysin	Lys	K
Arginin	Arg	R

Tab. 31: Studienkollektiv Verlaufsseren.

Studien-kollektiv	Patient	Extinktion im Peptid-ELISA	IgG-Konzentration [g/l]	Korrekturfaktor	Korrigierte Extinktion
AIDS		0,558	22,7	0,7	0,391
	A	0,483	21,0	0,76	0,367
		0,441	21,3	0,75	0,331
		0,495	26,0	0,62	0,307
	B	0,492	26,0	0,62	0,305
		0,49	20,0	0,80	0,392
		0,059	14,0	1,14	0,067
	F	0	13,0	1,23	0
		0,095	16,0	1,00	0,095
		0,578	42,1	0,38	0,219
	G	0,784	29,6	0,40	0,314
		1,305	46,8	0,34	0,444
		0,47	21,0	0,76	0,357
	O	0,615	23,0	0,70	0,431
		0,523	21,0	0,76	0,398
		0,295	14,9	1,07	0,316
	P	0,39	18,1	0,88	0,343
		0,261	17,4	0,92	0,240
		0,399	18,0	0,88	0,351
	Q	0,483	19,0	0,84	0,406
		0,515	22,0	0,73	0,376
		0,278
	U	0,671	35,0	0,46	0,309
		1,017	34,0	0,47	0,478
		0,356	24,0	0,67	0,239
	V	0,763	18,1	0,88	0,671
		0,591	19,1	0,84	0,496
		0,806	24,3	0,66	0,532
	b	0,486	23,7	0,68	0,331
		0,720	22,9	0,67	0,482
Stadien-progression		0,203
	C	0,520	32,1	0,50	0,260
		0,888	62,0	0,26	0,231
		0,149	15,8	1,01	0,150
	E	0,458	17,9	0,89	0,408
			15,2	1,05
		0,38	22,0	0,72	0,274
	H	0,198	24,0	0,67	0,133
		0,564	29,0	0,55	0,310
		0,590	25,1	0,64	0,378
	I	0,638	36,9	0,43	0,274
		0,432	29,2	0,55	0,238
		0,62	20,0	0,80	0,496
	M	0,322	21,0	0,76	0,245
		0,404	25,0	0,64	0,259
		0,513	23,0	0,69	0,354
	W	0,360	19,0	0,84	0,302
		0,255	22,0	0,73	0,186
		0,027	18,5	0,86	0,023
	Z	0,540	22,6	0,71	0,383
		0,018	16,1	1,00	0,018
		0,077	27,0	0,59	0,045
	a	0,491	30,0	0,53	0,260
		0,540	27,0	0,59	0,319
		1,350	23,0	0,70	0,945
	c	0,783	20,0	0,80	0,626
		0,117	19,0	0,84	0,098
Latenz		0,119	17,6	0,90	0,107
	N	0,546	26,7	0,60	0,328
		0,404	22,8	0,70	0,283
		0,332	15,4	1,04	0,345
	R	0,372	15,2	1,05	0,391
		0,109	15,8	1,01	0,110
Latenz		0,285	25,0	0,64	0,182
	Y	0,206
		0,206	9,4	1,70	0,650
		0,099	21,0	0,76	0,075
	e	0,765	23,0	0,67	0,507
		0,441	25,3	0,63	0,278
LAS/ARC		0,177
	K	0,657	25,0	0,64	0,420
		0,748	25,0	0,64	0,479
		0,642	29,6	0,54	0,347
	L	0,644	30,0	0,53	0,341
		0,736	31,0	0,52	0,382
		0,407	23,3	0,67	0,273
	X	0,254	18,1	0,88	0,224
		0,723	21,2	0,75	0,542

Angabe der ermittelten Extinktionen im Peptid-ELISA, der IgG-Konzentration im Serum, der errechneten Korrekturfaktoren (bezogen auf 16g/l IgG) und der korrigierten Extinktionen. Daten entnommen aus Hardt 2000.

Tab. 32: Studienkollektiv dokumentierte Serokonversionen.

Patient	Proben-nummer	Abnahme nach x Wochen	Western Blot				ELISA		Stadium	Reaktivität im Peptid-ELISA
Patient	Proben-nummer	Abnahme nach x Wochen	p24 Ak	gp41 Ak	gp120 Ak	gp160 Ak	1.	2.
A-E	A	0	(+)	-	-	-	-	-	I-II	-
	B	2	+	-	-	-	-	-	II-III	-
	C	3	+	(+)	(+)	(+)	+	+	III	-
	D	7	+	(+)	-	-	+	+	IV	-
	E	8	+	(+)	(+)	+	+	+	IV-V	-
a	1	0	+	-	(+)	+	+	+	IV	-
	2	2	+	(+)	+	+	+	+	V	-
	3	9	+	+	+	+	+	+	VI	-
	4	15	+	+	+	+	+	+	VI	-
	5	17	+	+	+	+	+	+	VI	-
	6	22	+	+	+	+	+	+	VI	-
b	1	0	-	-	-	-	-	+	III	+
	2	2	-	-	-	(+)	+	+	III	nb
	3	4	(+)	-	(+)	+	+	+	IV	-
	4	11	+	(+)	+	+	+	+	V-VI	+
	5	17	+	+	+	+	+	+	V-VI	+
	6	21	+	+	+	+	+	+	V-VI	(+)
	7	25	+	+	+	+	+	+	V-VI	-
c	1	0	-	-	-	-	?	?	II-III	+
	2	2	(+)	-	-	(+)	+	+	III	-
	3	4	(+)	?	(+)	+	+	+	III-IV	-
	4	8	+	-	+	+	+	+	IV	-
	5	11	+	(+)	+	+	+	+	V	-
	6	15	+	+	+	+	+	+	VI	-
	7	19	+	+	+	+	+	+	VI	-
d	1	0	+	(+)	(+)	+	+	+	IV	(+)
	2	2	+	(+)	+	+	+	+	V	+
	3	9	+	(+)	+	+	+	+	V	-
	4	13	+	(+)	+	+	+	+	V	-
	5	18	+	+	+	+	+	+	VI	-
d	6	20	+	+	+	+	+	+	VI	-
d	7	28	+	+	+	+	+	+	VI	-
e	1	0	(+)	-	(+)	+	+	+	IV	+
	2	2	(+)	-	(+)	+	+	+	IV	-
	3	4	(+)	(+)	(+)	+	+	+	IV-V	-
	4	9	+	+	+	+	+	+	V	+
	5	14	+	+	+	+	+	+	V-VI	(+)
	6	16	+	+	+	+	+	+	V-VI	+
	7	18	+	+	+	+	+	+	V-VI	+
f	1	0	+	(+)	+	+	+	+	V-VI	-
	2	2	+	+	+	+	+	+	V-VI	+
	3	4	+	+	+	+	+	+	V-VI	-
	4	10	+	+	+	+	+	+	VI	+
	5	12	+	+	+	+	+	+	VI	+
	6	14	+	+	+	+	+	+	VI	nb
	7	16	+	+	+	+	+	+	VI	+

Angabe der Abnahmezeitpunkte, Ergebnisse der Western Blot- (Genelab^® HIV-1 Western Blot) und ELISA- (1. BioRad HIV-ELISA, 2. Murex HIV-ELISA) Untersuchungen, Stadiumeinteilung nach Fiebig [Fiebig et al. 2003] und Reaktivität im Peptid-ELISA

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