Sequentielle Genotypisierung von Pseudomonas aeruginosa-Isolaten und Übereinstimmung von bakteriologischen Proben aus dem oberen und unteren Respirationstrakt von Patienten mit Cystischer FibroseAndreas Jung1 Einleitung1.1 Stand der Forschung1.1.1 Cystische Fibrose: Historisches11.1.2 Pathophysiologie der Atemwege21.1.3 Pulmonale Infektion mit P. aeruginosa 1.1.4 Mikrobiologische Probengewinnung1.1.5 Typisierung von P. aeruginosa 31.2 Aufgabenstellung42 Material und Methoden2.1 Patientenkollektiv, Ein- und Ausschlusskriterien42.2 Probenentnahme2.2.1 Untersuchungszeitpunkte, Art der Proben52.2.2 Bronchiallavage2.2.3 Mikrobiologische Anzucht und Identifizierung62.3 Genotypisierung (Genetisches Fingerprinting)2.3.1 Phenol-Chlorophorm-Extraktion der genomischen DNA2.3.2 Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)-Analyse72.3.3 DNA-Makrorestriktion und Pulsfeld-Gelelektrophorese82.4 Auswertung der Ergebnisse und Biometrie93 Ergebnisse3.1 Mikrobiologische Kulturen und Lungenfunktionsdaten910113.2 Vorhersagewerte der Atemwegsproben123.3 Vergleich der Typisierungsmethoden13605#6573.4Pseudomonas-Stämme und Subtypen1415605#6671617605#6794 Diskussion174.1 Diagnostische Wertigkeit von mikrobiologischen Kulturen18194.2 Methoden der Genotypisierung204.3 Intraindividuelle und longitudinale Variabilität der Pseudomonas-Genotypen21225 Zusammenfassung2223AbkürzungsverzeichnisLiteraturverzeichnisDanksagungLebenslaufPublikationenEidesstattliche ErklärungdeInhaltsverzeichnisHilfe Abkürzungsverzeichnis

AP-PCR

Arbitrarily Primed PCR

B. cepacia

Burkholderia cepacia

BAL

Bronchiallavage

CF

Cystische Fibrose

CFTR

Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator

CFU

Colony forming units, Kolonie bildende Einheiten

DNA

Desoxyribonucleic Acid, Desoxyribonucleinsäure

dNTP’s

Desoxynukleotidtriphosphate

FEV1

Forciertes expiratorisches Volumen in der ersten Sekunde

kb

Kilobasen

MgCl2

Magnesiumchlorid

P. aeruginosa

Pseudomonas aeruginosa

PCR

Polymerase Chain Reaction, Polymerasekettenreaktion

PFGE

Pulsed Field Gel Electrophoresis,

Pulsfeld-Gelelektrophorese

RAPD

Random Amplified Polymorphic DNA Analysis

RFLP

Restriction Fragment Length Polymorhism, Restriktionsfragment-Längenpolymorphismus

rpm

Rounds per minute, Umdrehungen pro Minute