Kuner, Ruprecht: Identifizierung differenziell exprimieter Gene bei Brust- und Ovarialkarzinomen in den chromosomalen Regionen 1q32-q41 und 11q12-q23

138

Anhang A. Anhang

A.1 Häufig verwendete Lösungen und Reagenzien

DNA-Gelladepuffer, 6x:

0,25% (w/v)Bromphenolblau BPB (low)

 

0,25% (w/v) Xylen-Cyanol (high)

 

30% (v/v) Glycerin

 

60mM EDTA in H2O bidest

 

 

GCS-Lösung:

100g Guadinium-Isothiocyanat (Serva, Heidelberg)

 

124,8ml H2O bidest

 

7ml Natriumcitrat ,0,75M, pH7,0

 

3ml Natrium-Lauroylsarkosin (Serva, Heidelberg)

 

lösen bei 65°C und abkühlen lassen.

 

 

Hybridisierungslösung:

50% Formamid (low conductivity)

(ISH)

0,75M NaCl

 

1x PE (10mM PIPES pH 6.8, 1mM EDTA pH 8.0)

 

0,1mg/ml tRNA

 

0,05% Heparin

 

0,1% BSA

 

1% SDS

 

in H2O bidest (DNAse/RNAse frei)

 

 

LB-Medium:

1% (w/v) Bacto-Tryptone

 

0,5% (w/v) Hefe-Extrakt

 

1% (w/v) NaCl

 

mit 1M NaOH auf pH 7,5 einstellen

 

 

Maleinsäure Puffer:

0,1M Maleinsäure

 

0,15M NaCl

 

in 1L in H2O , pH 7,5 mit 10N NaOH einstellen

 

 

Mops-Puffer, 10x:

200 mM 3 ( N-Morpholino )-Propansulfonsäure

 

50 mM Na-Acetat

 

10 mM EDTA

 

mit 10M NaOH auf pH 7.0 einstellen, lichtgeschützt

 

 

PBS-Puffer, 10x:

11,5g Na2HPO4

 

2g KH2PO4

 

80g NaCl

 

2g KCl

 

in 1L H2O bidest


139

SOC-Medium:

20g/L Bacto-Trypton

 

5g/L Hefeextrakt

 

0,5g/L NaCl

 

0,186g/L KCl

 

10mM MgCl2

 

 

SSC, 20x:

87,7g NaCl

 

44,1g Natriumcitrat

 

in 500ml H2O bidest mit HCl auf pH 7,2 einstellen

 

 

TBE-Puffer, 10x:

0,89M Tris-Base

 

0,89M Borsäure

 

0,02M EDTA (pH 8,3)

 

 

TBS-Puffer, 10x:

80g NaCl

 

2g KCl,

 

25ml 1M Tris-HCl

 

in 1L H2O bidest, pH7,4

 

 

TE-Puffer, 1x:

50mM Tris-HCl, pH 8,0

 

1mM EDTA

A.2 Weitere Informationen zu den Referenzen und zu den Kandidatengenen in 11q12-q23

Tab. 25: Referenzangaben zu Tab.1 (Kap.A.2.4) und zu Tab.19 (Kap.C.4).

Nr.

Referenz

Nr.

Referenz

1

Karlseder et al. 1994

25

Tanigami et al. 1992

2

Szepetowski et al. 1992.A

26

Carter et al. 1994

3

Barbareschi et al. 1997

27

Gudmundsson et al. 1995

4

Fantl et al. 1990

28

Hampton et al. 1994

5

Schuuring et al. 1992

29

Koreth et al. 1997

6

Seshadri et al. 1996

30

Shen et al. 2000

7

Szepetowski et al. 1992.B

31

Negrini et al. 1995

8

Theillet et al. 1990

32

Schmutzler et al. 1996

9

Berns et al. 1992

33

Laake et al. 1997

10

Champeme et al. 1995

34

Laake et al. 1999

11

Driouch et al. 1997

35

Hampl et al. 19999

12

Hui et al. 1997

36

di Iasio et al. 1999

13

Borg et al. 1991

37

Rebbeck et al. 1996

14

Lammie et al. 1991

38

Launonen et al. 1999

15

Paterson et al. 1991

39

Windqvist et al. 1995

16

Tsuda et al. 1989

40

Schmitt et al. 1996

17

Adnane et al. 1989

41

Weitzel et al.1994

18

Henry et al. 1993

42

Gabra et al.1995

19

Lidereau et al. 1988

43

Gabra et al. 1996

20

Machotka et al. 1989

44

Wu et al. 1999

21

Meyers et al. 1990

45

Launonen et al.1998

22

Roux-Dosseto et al. 1992

46

Saretzki et al. 1997

23

Schmitt et al. 1996

47

Davis et al.1996

24

Tang et al. 1990

 

 


140

Tab. 26: Weitere Angaben zu in-silico Kandidatengenen und STS-Markern aus LOH- und Amplifikationsstudien. Name der Gene und Marker mit geläufigen Abkürzungen, Genbankeintrag des ESTs repräsentierend für das Assembly, Genbankeintrag der BAC-Sequenz auf dem das Gen bzw. der Marker lokalisiert ist und Ergebnisse des elektronischen Northern einschließlich des P-Wertes.

Nr.

Gen / STS-Marker

Gen /
STS-Marker

Assembly ID

BAC ID

e-Northern in Brustgewebe

Hits N

Hits T

Ratio T/N

P-Wert

1

Lipophilin B

LPHB

gi4107230

AC074200

14

24

2,86

0.00212

2

Mammaglobin 1

MGB1

gi1199595

AC074200

51

98

3,13

6.43e-12

3

Desmoyokin

AHNAK

gi819017

AP001363

60

15

0,45

0.00364

4

Transcobalamin 1

TCN1

gi307478

AC021809

1

6

11,11

0.0104

5

CD 20 like precursor

LOC64166

gi1012431

AP001257

14

1

0,12

0.0138

6

Lipophilin A

LPHA

gi4107228

AC021454

0

4

n.d.

0.0203

7

Nuclear RNA export factor 1

NXF1

gi616703

AC015703

18

3

0,30

0.0411

8

Solute carrier family 3, member 2

SLC3A2

gi182864

AP000438

4

14

6,25

0.000354

9

Retinoic acid receptor responder 3

RARRES3

gi1332058

AP002337

10

21

3,70

0.00048

10

Cytochrome c oxidase subunit VIII

COX 8

gi691455

AC023920

2

7

6,25

0.013

11

FLJ22711

FLJ22711

gi2060804

AC005848

1

6

11,11

0.0104

12

Fau

Fau

gi690466

AC051660

4

11

5,00

0.00483

13

Heat shock protein 90

HSP90

gi728277

AP000769

232

102

0,72

0.00662

14

Alpha gene sequence

alpha

gi1342157

AP000769

105

35

0,60

0.00794

15

Protein kinase MLK-3

MLK-3

gi464027

AP000803

1

6

11,11

0.0104

16

Non-muscle type cofilin 1

CFL1

gi1692050

AC009470

9

19

3,70

0.000648

17

FLJ21749

FLJ21749

gi917650

AC005849

0

5

n.d.

0.00595

18

FLJ20853

FLJ20853

gi659758

AC005849

1

5

9,09

0.025

19

Glutathione S-transferase pi 1

GSTP1

gi6552334

AC021987

-

-

-

-

20

Deleted in oral cancer-related 1

DOC-1R

gi1396893

AC021987

3

9

5,26

0.0116

21

Aldehyde dehydrogenase 8

ALDH8

gi1578881

AC021987

5

14

5,00

0.00111

22

D11S97

D11S97

gi36374

AC019124

-

-

-

-

23

Cyclin D1 (PRAD1)

CCND1

gi717688

AP001888

-

-

-

-

24

CCND1 / FGF3

CCND1 / FGF3

 

 

-

-

-

-

25

Fibroblast growth factor 4

FGF4 (HST1)

gi186785

AP001888

-

-

-

-

26

FGF4 / FGF3

FGF4 / FGF3

 

 

-

-

-

-

27

Fibroblast growth factor 3

FGF3 (INT-2)

gi4885232

AP000850

-

-

-

-

28

Fibroblast growth factor 3

FGF3 (INT-2)

 

 

-

-

-

-

29

Amplaxin

EMS1

gi182086

AP000405

-

-

-

-

30

Protein phosphatase methylesterase-1

PME-1

gi661684

AC006595

1

5

9,09

0.025

31

ELBT

ELBT

gi722841

AC021221

24

3

0,22

0.00772

32

Death associated protein 4

DAP4

gi9886758

AC022183

10

0

n.d.

0.017

33

GARP

GARP

gi439295

AP001189

-

-

-

-

34

Chloride channel regulatory protein 1A

CLNS1A

gi26528

AP000609

18

22

2,17

0.0197

35

D11S901

D11S901

gi23036

AC019134

-

-

-

-

36

Unbekannt

unbekannt

gi562404

AP000446

0

3

n.d.

0.0462

37

Clathrin assembly protein

CLTH

gi560235

AC055755

25

4

0,29

0.0115

38

Frizzled 4

FZD4

gi6912383

AP001528

14

1

0,12

0.0138

39

D11S4175

D11S4175

gi1232530

AP001875

-

-

-

-

40

D11S1342

D11S1342

gi394374

AP000651

-

-

-

-

41

D11S873

D11S873

gi484167

AP000722

-

-

-

-

42

D11S29

D11S29

gi484158

AP001154

-

-

-

-

43

Hypothetical protein HSPC148

HSPC148

gi986447

AP001152

0

3

n.d.

0.0462

44

D11S35

D11S35

gi30382

AP001533

-

-

-

-

45

D11S940

D11S940

gi23830

AP000776

-

-

-

-

46

Yes-associated protein

YAP65

gi395507

AC009765

26

6

0,41

0.0437

47

Matrix metalloproteinase 7

MMP7

gi35802

AC067795

18

3

0,30

0.0411

48

D11S2000

D11S2000

gi939413

AC016517

-

-

-

-

49

D11S1325

D11S1325

gi394028

AP000641

-

-

-

-

50

D11S1778

D11S1778

gi1232912

AC012383

-

-

-

-

51

D11S1294

D11S1294

gi308720

AP000871

-

-

-

-

52

D11S927

D11S927

gi23633

AP000901

-

-

-

-

53

D11S1391

D11S1391

gi939425

AC027539

-

-

-

-

54

D11S1347

D11S1347

gi394564

AC010815

-

-

-

-

55

D11S897

D11S897

gi488112

AP000802

-

-

-

-

56

D11S528

D11S528

gi30386

AP000774

-

-

-

-

57

Apolipoprotein C-III

APOC3

gi13641496

AP001480

-

-

-

-

58

D11S976

D11S976

kein Eintrag

AP000665

-

-

-

-

59

CD3D antigen

CD3D

gi11440313

AP002792

-

-

-

-

60

D11S925

D11S925

gi23602

AP001929

-

-

-

-


141

A.3 Referenzen zu Aberrationsstudien bei gynäkologischen Tumoren in Bezug auf das gesamte Genom

Tab. 27: Auswahl an Referenzen für Aberrationen (LOH, Amplifikation) in Brusttumoren mit Angabe von Kandidatengenen und Assoziationen bestimmter Aberrationen zur Histologie und Progression der Tumore. Referenzen dienten als Grundlage des Progressionsmodells (Kapitel A.2.1, Abb.2) und zur Gegenüberstellung von Aberrationsdaten mit den 330 kartierten in-silico Kandidatengenen (Kapitel C.2, Abb.11.1/.2).

Brusttumor

LOH

Kandidatengene

Histologie und Progression

Literatur

1p32-p36

p73

-

Ragnarsson et al., 1999; Bieche et al., 1999; Tsukamoto et al., 1998

1p22-p31

-

Tumorgröße, Metastasierung

Ragnarsson et al., 1999; Tsukamoto et al., 1998

3p22-p25

-

höheres Rezidivrisiko

Hirano et al., 2001; Matsumoto et al., 1997

3p14

FHIT

höheres Rezidivrisiko; PR-negativ

Driouch et al., 1998; Matsumoto et al., 1997

4q12-q13

-

höheres Grading

Burger et al.1998

6q24-q27

-

höheres Grading, PR-negativ

Noviello et al., 1996; Sheng et al., 1996

7q31

MET

schlechte Prognose

Bieche et al., 1997; Lin et al., 1996

8p12-p22

-

höheres Rezidivrisiko

Hirano et al., 2001, Dahiya et al., 1998

9p21-p22

CDKN2/p16

DCIS

Marsh et al., 1998; Eiriksdottir et al., 1995

9q22/ 9q33

-

Metastasierung

Minobe et al. 1998

10q23

PTEN

ER-negativ; schlechte Prognose

Bose et al., 1998; Feilotter et al., 1999

11p15

TSG101

schlechte Prognose

Karnik et al., Lichy et al., 1999

11q22-qter

ATM

höheres Grading, schlechte Prognose

Gentile et al., 1999; Driouch et al., 1998

13q12-q14

Rb, BRCA2

höheres Rezidivrisiko, ER-negativ

Eiriksdottir et al., 1998; Schmutzler et al., 1997

15q

-

Metastasierung

Driouch et al., 1998; Wick et al., 1996

16q22-q23

E-Cadherin

ILC, Fernmetastasen

Huiping et al., 1999 ; Driouch et al., 1998

16q23-q24

-

DCIS, bessere Prognose

Hansen et al., 1998; Chen et al., 1996

17p13.1-p13.3

TP53

höheres Rezidivrisiko, ER-negativ

Hirano et al., 2001; Schmutzler et al., 1997

17q21-q24

BRCA1

höheres Grading, ER-negativ

Phelan et al., 1998; Plummer et al., 1997

18q21-q22

DCC

PR-negativ

Huiping et al., 1998; Yokota et al., 1997

22q13

NF2

höheres Rezidivrisiko

Hirano et al., 2001; Iida et al., 1998

 

 

 

 

Amplifikation

Kandidatengene

Histologie und Progression

Literatur

1q31-q32

ELF3, MDM

-

Tirkkonen et al., 1998 ; Benitez et al., 1997

8p11-p12

FGFR1

ILC, ER-positiv

Courjal et al., 1997; Dib et al., 1995

8q24

MYC

IDC, ER-negativ, schlechte Prognose

Hermsen et al., 1998; Courjal et al., 1997

11q13

CCND1, FGF3

ILC, ER-positiv, schlechte Prognose

Hermsen et al., 1998; Courjal et al., 1997

12q13-q15

MDM2

-

Aubele et al., 1999; Bueso-Ramos et al., 1996

17q11-q12

ERBB2/ HER-2

IDC, ER-negativ; schlechte Prognose

Hermsen et al., 1998; Courjal et al., 1997

20q13

-

schlechte Prognose

Hermsen et al., 1998; Tanner et al., 1996


142

Tab. 28: Auswahl an Referenzen für Aberrationen (LOH, Amplifikation) in Ovarialtumoren und endometrialen Tumoren mit Angabe von Kandidatengenen und Assoziationen bestimmter Aberrationen zur Histologie und Progression der Tumore. Referenzen dienten als Grundlage des Progressionsmodells (Kapitel A.2.2, Abb.3) und zur Gegenüberstellung von Aberrationsdaten mit den 330 kartierten in-silico Kandidatengenen (Kapitel C.2, Abb.11.1/.2).

Ovarialtumor

LOH

Kandidatengene

Histologie und Progression

Literatur

1p36

-

-

Ragnarsson et al., 1999

2q21-q22

-

-

Saretzki et al., 1997; Cliby et al., 1993

3p14

FHIT

niedriges Grading

Lounis et al., 1998; Arnold et al., 1996

5q21-q22

APC

niedriges Grading

Saretzki et al., 1997; Tavassoli et al., 1996

6p

-

niedriges Grading

Link et al., 1996; Weitzel et al., 1994

6q22-q27

-

-

Suzuki et al., 1998; Colitti et al., 1998

7q21-q31

-

-

Huang et al., 1999; Kerr et al.1996

8p12-p23

-

-

Wright et al, 1998

9p21-pter

CDKN2, p16

niedriges Grading

Saretzki et al., 1997; Campbell et al., 1995

10q23

PTEN

-

Obata et al., 2000

11p15

HRAS

höheres Grading

Link et al., 1996; Weitzel et al., 1994

11q22-qter

ATM

niedriges Grading

Launonen et al., 1998; Davis et al., 1996

13q

RB

höheres Grading

Liu et al., 1994 ; Dodson et al., 1993

15q

-

höheres Grading

Link et al., 1996

17p11-p13

TP53

niederes Grading

Watson et al., 1996; Eccles et al., 1992

17q21-q24

BRCA1

höheres Grading

Saretzki et al., 1997; Eccles et al., 1992

18q21-q22

DCC

höheres Grading

Saretzki et al., 1997; Arnold et al., 1996

22q

NF2

-

Bryan et al., 1996; Link et al., 1996

 

Amplifikation

Kandidatengen

Histologie und Progression

Literatur

1q32

-

-

Tapper et al., 1997; Sonoda et al., 1997

3q26.3-qter

PIK3CA

höheres Grading

Sonoda et al., 1997; Arnold et al., 1996;
Iwabuchi et al., 1995

8q23-qter

MYC

höheres Grading

Sonoda et al., 1997; Arnold et al., 1996

12p

KRAS

niedriges Grading

Sonoda et al., 1997; Arnold et al., 1996

17q11-q12

ERBB2/ HER-2

niedriges Grading

Lynch et al., 1998

19q

-

-

Lynch et al., 1998; Sonoda et al., 1997

20q

MYBL2

höheres Grading

Arnold et al., 1996; Iwabuchi et al., 1995

 

Endometrium-Tumor

LOH

Kandidatengene

Histologie und Progression

Literatur

1p

-

-

Ragnarsson et al. 1999

7q11.23

-

-

Fujino et al. 1994

10q23-q26

-

-

Kurose et al. 1998; Nagase et al. 1996

16q

E-Cadherin

-

Kihana et al, 1996

17p, 17q

-

Östrogen-unabhängig

Tritz et al., 1997

 

Amplifikation

Kandidatengen

Histologie und Progression

Literatur

1q

-

-

Suzuki et al, 1997

8q

-

-

Suzuki et al, 1998


143

A.4 Nukleinsäure-und Proteinsequenz von ELBT


144

A.5 Aminosäuren

A

Ala

Alanin

B

Asx

Asparagin / Asparaginsäure

C

Cys

Cystein

D

Asp

Asparaginsäure

E

Glu

Glutaminsäure

F

Phe

Phenylalanin

G

Gly

Glycin

H

His

Histidin

I

Ile

Isoleucin

K

Lys

Lysin

L

Leu

Leucin

M

Met

Methionin

N

Asn

Asparagin

P

Pro

Prolin

Q

Gln

Glutamin

R

Arg

Arginin

S

Ser

Serin

T

Thr

Threonin

V

Val

Valin

W

Trp

Tryptophan

Y

Tyr

Tyrosin

Z

Glx

Glutamin / Glutaminsäure


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Thu Jan 30 14:01:20 2003