Stefanie Märschenz: Funktionelle Analyse von komplexen Hepatitis-B-Virus-Varianten, assoziiert mit Leberzirrhose bei Immunsupprimierten

Stefanie Märschenz: Funktionelle Analyse von komplexen Hepatitis-B-Virus-Varianten, assoziiert mit Leberzirrhose bei Immunsupprimierten
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Anhang

Tabelle A.1: Mutationen der analysierten HBV-Klone des Patienten A.

Klon

Datum

Mutationen

VarTyp

Cp/EnhII, nt 1611–1741

BCP,
nt 1742–1849

S1p,
nt 2716–2806

S2/Sp,
nt 2989–3216

EnhI,
nt 957–1361

Core,
AS 1–185

präS1,
AS 1–119

präS2,
AS 120–174

S,
AS 1–226

X,
AS 1–154

Polymerase,
AS 1–845

alle Klone des Patienten

1790 C>T

3004 G>C, 3021 C>T, 3066 C>T

1092 C>T, 1320 G>A

P171Q (GtD)

V48I, D51H, R66G

T130A

S210R

H36N (GtD), I71V (GtD), L125F, R230H, R233P, P239Q, S240G (GtD), K248R, R254W, N312S, L344I (GtD), S402T, S567A, S601V (GtD)

A-S1

07/92

3212 T>C

1059 T>C

E77Q, V93M (GtD), S178T

präS2-Start M>T, F127V, L141F (GtD)

L91P

D42E, S203P, L309R, S323F (GtD)

A-S4

07/92

1762 A>T, 1764 G>A

3123 A>G, 3203 C>T

1059 T>C

E46H, R160G

P117L

Del 140–141

T114A

n.a.

A-S7

01/93

NRE: 1633 A>G

1753 T>C, 1762 A>T, 1764 G>A

1059 T>C

Del 140–141; N152S

V96G

n.a.

A-S15k

11/93

1762 A>T, 1764 G>A,

3084 G>A

1059 T>C

fsh ab AS 36, T62*

P19L, W77*

Del 140–141; P171H

L109P

K130M, V131I

F8L, L45F, S203P, E260K, P261T, Del 322–323, S324A, I401V, S800Y

A-S18k

11/95

Ins 1776/77

3084 G>A

1059 T>C, 1135 A>C, 1221 A>C

Del 77–106; E46G, N74D, C107G, L143P, S180F

P19L, W77*

Del 140–141

W74G, L216*

X-Start M>L

F8L, L45F, T120I, E260K, Del 322–323, S324A, I401F, L430R, M477V, M684L (GtD), T769A (GtD)

A-S19k

11/95

1753 T>C, 1762 A>T, 1764 G>A

2783 A>C

n.a.

Del 77–106; C107G, L143P

Del 140–141; I174S

L216 *

n.a.

A-S22k

05/96

Ins 1776/77

3207 G>T, neues ATG

n.a.

Del 77–106; Y38H, H51R, C107G

N39S, Q119H

Del 140–141

G119S

n.a.

A-S23k

05/96

1753 T>C, 1762 A>T, 1764 G>A

3084 G>A

n.a.

Del 77–106; C107G

W77*

Del 140–141

R73H, G185R, I213V, L216*

n.a.

A-S24k

05/96

1753 T>C, 1762 A>T, 1764 G>A; 1767T>C

3084 G>A, 3087 C>A

1034 A>G, 1059 T>C, 1258 C>T

Del 77–106; E46G, C107G, I59T, E76G, L143P, S180F

P19L; W77*

Del 140–141

R79H, L216*

I127T, K130M, V131I, F132L

F8L, L45F, S203P, E260K, P261T, Del 322–323, S324A, I401V, M477V, Q650R, S800Y, V824A

A-L1k

07/96

Ins 1776/77

1306 C>T

Del 77–106; Y38H, W71G, C107G, L143P, S180 F

Del 140–141

Y6C (GtD), G135V, G136N, C137H, R138*

F8L, L45F, S203P, Del 322–323, S324A, I401V, M477V, R741W, T769A (GtD), S800Y,

A-L2k

07/96

Del 1763–1770

3084 G>A

n.a.

Del 77–106, C107G, W125C, L143P, Q179R

P19L, D42N, W77*

Del 140–141

n.a.

A-L3k

07/96

Ins 1776/77

3085 A>G, 3158 G>A

n.a.

Del 77–106; S21F, C107G, T142P, L143P, S180V

S78G, G102E

Del 124–141

E2G, Q30P, N40S, T125M (GtD)

n.a.

A-L6k

07/96

1753 T>C, 1762 A>T, 1764 G>A

3066 C!, Del 3214–57, 3212 T>C

n.a.

Del 77–106; C107G, A131V, L143P, T162P

präS2-Start M>T; Del 121–142

n.a.

A-L7k

07/96

Ins 1776/77

3084 G>A, 3212 T>C

n.a.

Del 77–106; Y38P, C107G, S180F

P19L, W77*

präS2-Start M>T; Del 140–141

G130S

n.a.

A-L8k

07/96

1753 T>C, 1762 A>T, 1764 G>A

Del 3045–3089, 3090 T>C, 3155 C>A, 3163 C>A, Del 3176–5

n.a.

Del 77–106, C107G, L143P, S180F

P19L, N37H, Del 65–79, S101*, Del 108–119

Del 120–124, Del 140–141

n.a.

Mutationen sind im Vergleich zur Sequenz des Referenz-Wt-Genoms des Genotyps A (Valenzuela, GenBank-Nr. X02763) angegeben. Die nt wurden von der einzigen EcoRI-Schnittstelle des HBV-Genoms, die AS jeweils vom Core-, präS1-, S-, X- und Polymerase-Startkodon gezählt. Grau hinterlegte Klone wurden für die detaillierten Analysen verwendet. Keines der Genome hatte Mutationen im präC-Bereich. Abkürzungen: * = Stoppkodon, AS = Aminosäure, BCP = basaler Core-Promotor, Cp = Core-Promotor, Del = Deletion, fsh = frameshift, Enh = Enhancer, GtD = Mutationen, die dem Genotyp D-Wt-Genom (Galibert, V01460) entsprechen, Ins = Insertion, n.a. = nicht analysiert, nt, Nukleotide, S1p = S1-Promotor, S2/Sp = präS2/S-Promotor

Tabelle A.2: Mutationen der analysierten HBV-Klone des Patienten B.

Klon

Datum

Mutationen

Var Typ

Cp/ EnhII,
nt 1611–1741

BCP,
nt 1742–1849

S1p,
nt 2716–2806

S2/Sp,
nt 2989–3216

EnhI,
nt 957–1361

Core,
AS 1–185

präS1,
AS 1–119

präS2,
AS 120–174

S,
AS 1–226

X,
AS 1–154

Polymerase,
AS 1–845

alle Klone des Patienten

2790C>A (GtD)

2995 G>A (GtD), 3004 G>C, 3024 A>G (GtD), 3049 A>G (GtD)

P171Q (GtD)

I48V, D51H, R66G (GtD)

T130A

H36N (GtD), S203P, R230H, R233P, N312S, S240G (GtD), K248R, S402T

B-S1

05/93

1753 T>C

3141 C>A

969 G>A, 1083 A>G (GtD), 1350 C>T

G63V, V93M (GtD)

L141F (GtD)

V14G, P108H, T189I, S204R

I127T

H279Y, S323F (GtD), K560T, V830D (GtD)

B-S2

05/93

1753 T>C

969 G>A, 1083 A>G (GtD), 1301 G>A, 1350 C>T

G63V, V93M (GtD)

L141F (GtD)

V14G, T189I, S204R

I127T

K189E, S323F (GtD), K560T, R739H V830D (GtD)

B-S3

05/93

1753 T>C

969 G>A, 1083 A>G (GtD), 1221 A>C, 1350 C>T

G63V, V93M (GtD)

L141F (GtD)

R79H, I208T, P214L

L89P, I127T

S323F (GtD), V830D (GtD)

B-S4k

12/95

1753 T>C; 1762 A>T, Del 1763–70

n.a.

Del 77–93, L143P

n.a.

I127T, K130?, V131I, F132R, V133R, G135* (aus Cp, Rest n.a.)

n.a.

B-S5k

12/95

1753 T>C, 1762 A>T, 1764 G>A

n.a.

ab nt 1230 sequenziert:
1350 C>T

L19S, Del 77–93, L143P

n.a.

I127T, K130M, V131I (aus Cp, Rest n.a.)

n.a.

B-S6k

12/95

1753 T>C; Del 1763–70

969 G>A, 1083 A>G (GtD), 1350 C>T

Del 77–93, P134L, L143P

L141F (GtD)

W74*

I127T, K130N, V131I, F132R, V133R, G135*

F8L, I71V, S323F (GtD), I451T, S800Y, V830D (GtD)

B-S7k

12/95

1753 T>C; Del 1763–70

969 G>A, 1083 A>G (GtD), 1227 T>C, 1229 A>G 1350 C>T

Del 77–93, L143P

L141F (GtD)

W74*

I127T, K130N, V131I, F132R, V133R, G135*

F8L, I71V, S323F (GtD), Q715R, S800Y, V830D (GtD)

B-S8k

12/95

1731 T>C,

1753 T>C; Del 1763–70

3160 A>C

969 G>A, 1059 T>A, 1083 A>G (GtD), 1227 T>C, 1350 C>T

Del 77–93, A137D, L143P

A126P, L141F (GtD)

W74*

W120R, I127T, K130N, V131I, F132R, V133R, G135*

P2T, F8L, K285T, C308S, S323F (GtD), E338K, V830D (GtD)

B-S9

02/96

Alpha-Box:1659 A>G, Ins 1759/60 (28 nt); Beta-Box: 1703 C>T

Del 1763–70

2765T>G

Del 2945–3139, 3177 C>T

P4T, V27I, L31V, Y38H, L60V, V93M, T147A, Q184*

S6P, Del 31–95, S96A

T173A

S45A, L95*

R96G, G99A, L100Q, P101C, A102L, M103T, S104*

Y118H, I188T, Del 214-278, L291F, D355G, I401S, V539I, S800Y

B-S11k

02/96

1753 T>C; Del 1763–70

969 G>A, 1083 A>G (GtD), 1236 G>A, 1293 T>C, 1350 C>T

Del 77–93, P134L, L143P

L141F (GtD), I161T

W74*

I127T, K130N, V131I, F132R, V133R, G135*

F8P, L127I, P174L, M717I, S800Y, V830D (GtD)

Mutationen sind im Vergleich zur Sequenz des Referenz-Wt-Genoms des Genotyps A (Valenzuela, GenBank-Nr. X02763) angegeben. Die nt wurden von der einzigen EcoRI-Schnittstelle des HBV-Genoms, die AS jeweils vom Core-, präS1-, S-, X- und Polymerase-Startkodon gezählt. Grau hinterlegte Klone wurden für die detaillierten Analysen verwendet. Keines der Genome hatte AS-Austausche im präC-Bereich. Abkürzungen: * = Stoppkodon, AS = Aminosäure, BCP = basaler Core-Promotor, Cp = Core-Promotor, Del = Deletion, fsh = frameshift, Enh = Enhancer, GtD = Mutationen, die dem Genotyp D-Wt-Genom (Galibert, V01460) entsprechen, Ins = Insertion, n.a. = nicht analysiert, nt, Nukleotide, S1p = S1-Promotor, S2/Sp = präS2/S-Promotor

Abbildung A.1: Darstellung der Mutationen auf der pgRNA analysierter HBV-Genome.

Oben sind die Nukleotidpositionen als Lineal, die ORFs und die regulatorischen Bereiche des HBV-Genoms (Genotyp A) schematisch dargestellt. Die Zählung beginnt an der einzigen EcoRI-Schnittstelle des HBV-Genoms. Die pgRNA diverser analysierter HBV-Genome der Patienten A–E ist als horizontale Linie gezeigt. Die Nukleotidaustausche (Strich), Insertionen (Dreieck) und Deletionen (Rechteck) sind im Vergleich zur Sequenz des Wt-Genoms des Genotyps A (Valenzuela, X02763) mit ihren Positionen auf dem Genom angegeben. Aus Gründen der Übersichtlichkeit sind Austausche, die bei allen Klonen eines Patienten auftraten und mit der Sequenz des Referenz-Wt-Genoms des Genotyps D (Galibert, V01460) identisch waren, nicht aufgeführt.

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DiML DTD Version 4.0	Zertifizierter Dokumentenserver der Humboldt-Universität zu Berlin	HTML-Version erstellt am: 14.11.2006