Finke, Kerstin: Untersuchung paraloger SEC61-Gene und -Proteine in Eukaryoten

Abkürzungsverzeichnis

ADE2

Selektionsmarker für die Hefe

AmpR

Ampicillin-Resistenzgen, Selektionsmarker für E. coli

ATP

Adenosin-Triphosphat

BiP

„binding to immunoglobulin precursors“, Protein der Hsp70-Familie

bp

Basenpaare

CF-1, -2

= CF-SEC61alpha-I bzw. CF-SEC61alpha-II, bezeichnet die SEC61alpha-Gene aus dem Hund (Canis familiaris)

DAPI

4´,6-di-Amidino-2-Phenyl-Indoldihydrochlorid

dH2O

destilliertes Wasser

DMSO

Dimethylsulfoxid

dNTP

Desoxyribonukleotid-5´-Triphosphat

DTT

Dithiothreitol

E. coli

Escherichia coli, gram-negatives Enterobacterium

EDTA

Ethylendiamintetraessigsäure

eq

1 Äquivalent (eq) an Membranen ist definiert als 1 ml einer Membran-suspension mit einer Absorption von 50 bei 280 nm (OD280nm = 50)

ER

Endoplasmatisches Retikulum

EST

„expressed sequence tags“, meist im Rahmen von Genom-Sequenzierungs-projekten erhaltene cDNA-Fragmente, deren Sequenzen in Datenbanken (z.B. der NCBI-GenBank) gesammelt werden

FITC

Fluoresceinisothiocyanat

GAPs

GTPase-aktivierende Proteine

GTP

Guanosin-Triphosphat

Hepes

N-(2-Hydroxyethyl)piperazin-N´-(2-ethansulfonsäure)

HIS3

Selektionsmarker für die Hefe

HPRT

Hypoxanthin-Guanin-Phosphoribosyltransferase, konstitutiv exprimiertes Gen, hier eingesetzt als Referenzgen zum Vergleich der RNA-Mengen unterschiedlicher Präparationen

HS-1, -2

= HS-SEC61alpha-I bzw. HS-SEC61alpha-II, bezeichnet die humanen SEC61alpha-Gene

Hsp70

70 kD-Hitzeschockprotein, Proteinfamilie mit Chaperon-Funktion; Vertreter dieser Familie sind beispielsweise DnaK und Kar2p/BiP

IP

Immunpräzipitation

Kar2p

Genprodukt des Karyogamie-Gens 2 in der Hefe; luminales ER-Protein und Mitglied der Hsp70-Proteinfamilie, Hefehomologes von BiP/GRP78, Homologie zu DnaK aus E. coli

kb

Kilobasenpaare

LEU2

Selektionsmarker für die Hefe

MM-1, -2

= MM-SEC61alpha-I bzw. MM-SEC61alpha-II, bezeichnet die SEC61alpha-Gene aus der Maus (Mus musculus)

MCS

multi cloning site

NCBI

National Center for Biotechnology Information

nt

Nukleotid(e)

ODxy nm

Optische Dichte bzw. Absorption einer Lösung bei Wellenlänge xy nm.

OD600nm

Optische Dichte bei 600 nm; hier teilweise als Mengenangabe verwendet: 1 OD600nm Hefen entsprach bei dem verwendeten Photometer 1 x 107 haploiden Hefezellen

ORF

„open reading frame“, offenes Leseraster, kodierender Bereich eines Gens

PBS

„phosphate buffered saline“, Phosphat-gepufferte Salzlösung

PCR

„polymerase chain reaction“, Polymerase-Kettenreaktion

PEG

Polyethylenglykol

PI

Proteaseinhibitor, verwendet wurde ein Gemisch aus Leupeptin, PepstatinA und Chymostatin

PMSF

Phenylmethylsulfonsäurefluorid, Inhibitor von Serinproteasen

ppalphaF

Präpro-alpha-Faktor, Sexualhormon aus S. cerevisiae, bestehend aus der prä-Sequenz (Signalsequenz), einem pro-Teil und vier identischen Kassetten, die den reifen alpha-Faktor enthalten.

ProOmpA

Vorläufer des Bakterienproteins A der äußeren Membran (precursor of outer membrane protein A), kein Membranprotein !

Q-Sepharose

Anionenaustauscher, modifiziert mit quartären Aminoethylgruppen

race

rapid amplification of cDNA ends, PCR-Methode zur Amplifizierung von 3´- oder 5´-Bereichen eines Gens

RN-1, -2

= RN-SEC61alpha-I bzw. RN-SEC61alpha-II, bezeichnet die SEC61alpha-Gene aus der Ratte (Rattus norwegicus)

RT

Reverse Transkription

S

Svedberg-Einheit; Maß der Sedimentationsgeschwindigkeit eines Partikels im Gravitationsfeld

S. cerevisiae

Saccharomyces cerevisiae, eine einzellig wachsende Hefe

SDS

Natriumdodecylsulfat; ein Detergens, das stark an Proteine bindet und sie dabei denaturiert; Verwendung bei der Elektrophorese von Proteinen

SDS-PAGE

SDS-Polyacrylamid-Gelelektrophorese; Verfahren zur Auftrennung von Proteinen nach ihrer Molmasse

Sec

Sec-Proteine bzw. Sec-Mutanten wurden in genetischen Screens auf Mutanten mit Defekten in der Sekretion gefunden

SP-Sepharose

Kationenaustauscher mit einer Sulfopropylgruppe

SR

SRP-Rezeptor, auch „docking protein“ genannt

SRP

Signalsequenz-Erkennungspartikel (signal recognition particle), Ribonucleoproteinkomplex

TCA

Trichloressigsäure

TE

Tris-EDTA

TetR

Tetracyclin-Resistenzgen, Selektionsmarker für E. coli

TRAM

„translocating chain associated membrane protein“, translokations-assoziiertes Membranprotein

Triton X-100

t-Oktylphenoxypolyethanol

Tris

Tris-(hydroxymethyl)-aminomethan

TRP1

Selektionsmarker für die Hefe

ts-

temperatur-sensitiv; ts-Mutanten zeigen erst oberhalb einer für die jeweilige Mutation charakteristischen Temperatur einen vom Wildtyp abweichenden Phänotyp

URA3

Selektionsmarker für die Hefe

wt

Wildtyp


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Thu Sep 14 11:45:05 2000