| Finke, Kerstin: Untersuchung paraloger SEC61-Gene und -Proteine in Eukaryoten |
74
Es folgt eine Übersicht über die in dieser Arbeit verwendeten vorhandenen oder neu konstruierten Plasmide, Vektoren, Bakterien- und Hefestämme:
Als Wirtsstämme für Plasmidkonstrukte wurden entweder der E. coli-Stamm XL-1 blue (Stratagene) oder DH5
(Hanahan, 1983) verwendet. Für die in vitro Mutagenese wurde der Stamm JM109 (Promega) benutzt.
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Vektor |
Charakteristika |
Herkunft oder Referenz |
|
pSEY8 |
2µm, URA3, AmpR |
Emr, S.D. et al., 1986 |
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pALTERTM-1 |
TetR, ampS |
Altered SitesTM in vitro Mutagenesis System, Promega |
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pBluescript |
AmpR, lacZ mit MCS |
Stratagene |
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pUC19 |
AmpR, lacZ mit MCS |
GenBank # X02514 |
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pGEM-T |
AmpR, lacZ mit MCS, in der MCS linearisierter Vektor mit überhängenden T-Enden zur Klonierung von PCR-Produkten |
Promega |
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pRS414 |
ARS/CEN, TRP1, AmpR |
Sikorski und Hieter, 1989 |
|
pRS415 |
ARS/CEN, LEU2, AmpR |
Sikorski und Hieter, 1989 |
|
pRS416 |
ARS/CEN, URA3, AmpR |
Sikorski und Hieter, 1989 |
|
pRS424 |
2µm, TRP1, AmpR |
Sikorski und Hieter, 1989 |
|
pRS425 |
2µm, LEU2, AmpR |
Sikorski und Hieter, 1989 |
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pRS426 |
2µm, URA3, AmpR |
Sikorski und Hieter, 1989 |
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pF1 |
AmpR, GAL10 (1,5 kb-EcoRI Fragment mit dem GAL10-Promotor, kloniert in die EcoRI Schnittstelle des Vektors pUC19.) |
M. Manske |
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pF1M |
AmpR, GAL10 (Deletion eine 12 bp-PstI/XbaI_Fragmentes aus der MCS des Vektors pF1 resultiert in einer unikalen SalI-Schnittstelle des Vektors pF1M.) |
C. Volkwein T.A. Rapoport |
Plasmide, die eine ARS/CEN-Region oder einen 2µm-ori tragen, können als Shuttle Vektoren zwischen E. coli und Hefe eingesetzt werden. ARS/CEN-Plasmide liegen in einer Kopienzahl von 1 - 2 pro Zelle, 2µm-Plasmide in einer Kopienzahl von 2 - 100 pro Zelle vor.
75
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Plasmid |
Vektor |
Insert |
Wirts- stamm |
Herkunft oder Referenz |
|
pSEC61VII (später pSSH1) |
pSEY8 (2µm, URA3) |
3545 bp-Insert: SSH1-Gen aus Saccharomyces cerevisiae mit natürlichem Promotor |
|
isoliert aus genomi-scher pSEY8-Hefe-Bank; E.Hartmann |
|
pS61 |
pSEY8 (2µm, URA3) |
Klon 11/87, enthält das SBH2-Gen aus Saccharomyces cerevisiae |
|
isoliert aus genomi-scher pSEY8-Hefe-Bank; E.Hartmann, K.Finke |
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HCS12 |
pSEY8 |
SEC61-Gen aus Saccharomyces cerevisiae |
|
isoliert aus genomi-scher pSEY8-Hefe-Bank |
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bsHIS |
pBluescript |
BamHI-Fragment mit HIS3-Gen aus YEP6 |
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Dr. W. Seufert |
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pUC-HIS |
pUC18 |
SacI/SalI-Fragment mit HIS3-Gen aus bsHIS |
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Dr. W. Seufert |
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bsLEU |
pBluescript |
SmaI/PstI-Fragment mit LEU2-Gen aus pUC-LEU |
|
Dr. W. Seufert |
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pASZ11 |
pUC19 |
ARS-CEN-Plasmid mit ADE2-Gen |
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Stotz und Linder, 1990 |
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pKF1 |
pUC19 |
ca. 2,4 kb HindIII-Fragment aus HCS12 mit dem S.c. SEC61-Gen |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF2 |
pUC19 |
1671 bp-PstI/SnaBI-Fragment aus pSEC61VII mit dem vollständigen SSH1-Gen, kloniert in die PstI/SmaI-Schnittstelle von pUC19 |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF3 |
pBluescript |
1755 bp-NheI/SnaBI-Fragment aus pSEC61VII mit dem vollständigen SSH1-Gen, kloniert in die XbaI/EcoRV-Schnittstelle des pBluescript-Vektors |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF4 |
pUC19 |
1755 bp-NheI/SnaBI-Fragment aus pSEC61VII mit dem vollständigen SSH1-Gen, kloniert in die XbaI/SmaI-Schnittstelle von pUC19 |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF5 |
pBluescript |
knock-out-Allel des SSH1-Gens, hergestellt durch Deletion des größten Teiles der kodierenden Region (1171 bp-EcoRV/EcoRI-Fragment aus pKF3) und Insertion eines ca. 1,9 kb-SmaI/EcoRI-Fragmentes aus dem Plasmid pUC-HIS, resultierend in |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
76
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Plasmid |
Vektor |
Insert |
Wirts- stamm |
Herkunft oder Referenz |
|
pKF6 |
pUC19 |
Vorläuferkonstrukt für pKF7: Insertion eines BamHI-Linkers in die EcoRV-Schnittstelle von pKF4 |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF7 |
pBluescript |
knock-out-Allel des SSH1-Gens, hergestellt durch Deletion des größten Teiles der kodierenden Region (649 bp-BamHI/BglII-Fragment aus pKF6) und Insertion eines 2243 bp BglII-Fragmentes aus dem Plasmid pASZ11, resultierend in |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF8 |
pGEM-T |
PCR-Produkt 945/411: C-Terminus des SSH1-Gens (Nukleotide 1206 - 1484) mit Myc-Epitop (sequenziert) |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF9 |
pGEM-T |
PCR-Produkt 1264/411: C-Terminus des SSH1-Gens (Nukleotide 948 - 1484) mit Myc-Epitop (sequenziert) |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF10 |
pGEM-T |
PCR-Produkt 1263/411: C-Terminus des SSH1-Gens (Nukleotide 741 - 1484) mit Myc-Epitop (sequenziert) |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
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pKF11 |
pALTER |
ca. 1,2 kb-EcoRI-Fragment aus pSEC61VII, kloniert in pALTER für in-vitro-Mutagenese |
JM109 |
diese Arbeit |
|
pKF12 |
pALTER |
wie pKF11 mit KpnI-Schnittstelle 5´ vom Stopcodon des SSH1-Gens, eingeführt durch stumme Mutagenese |
JM109 |
diese Arbeit |
|
pKF13 |
pSEY8 (2µm, URA3) |
Substitution des 1,2 kb-EcoRI-Fragments in pSEC61VII durch das 1,2 kb-EcoRI-Fragment aus pKF12 mit der KpnI-Schnittstelle 5´ vom Stopcodon des SSH1-Gens |
DH5 |
diese Arbeit |
|
pKF14 |
pSEY8 (2µm, URA3) |
Insertion eines Linkers aus zwei komplementären Oligonukleotiden (1098 und 1099) in die neu-eingeführte KpnI-Schnittstelle von pKF13 resultierte in einem SSH1-Allel mit Myc-Epitop am C-Terminus: SSH1MYC |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF15 |
pRS414 (ARS/CEN TRP1) |
ca. 2,5 kb-SmaI/SalI-Fragment aus pKF14 mit SSH1MYC |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF16 |
pRS414 (ARS/CEN TRP1) |
ca. 2,5 kb-SmaI/SalI-Fragment aus pSEC61VII mit dem SSH1-Gen |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
77
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Plasmid |
Vektor |
Insert |
Wirts- stamm |
Herkunft oder Referenz |
|
pKF17 |
pGEM-T |
PCR-Produkt 1763/1764: ein 232 bp-Fragment der 5´ flankierenden Region des SBH2-Gens (Nukleotide -215 bis +17) mit einer XbaI-Schnittstelle am 5´-Ende und einer BamHI-Schnittstelle am 3´-Ende (sequenziert) |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF18 |
pGEM-T |
PCR-Produkt 1765/1766: ein 411 bp-Fragment der 3´ flankierenden Region des SBH2-Gens (Nukleotide +227 bis +637) mit einer BamHI-Schnittstelle am 5´-Ende und einer EcoRI-Schnittstelle am 3´-Ende (sequenziert) |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF19 |
pBluescript |
das 232 bp-Fragment aus pKF17 und das 411 bp-Fragment aus pKF18, kloniert in die XbaI/EcoRI-Schnittstelle des pBluescript-Vektors |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF20 |
pBluescript |
Insertion eines 2,2 kb-BglII-Fragmentes aus pASZ11 in die BamHI-Schnittstelle von pKF19, resultierend in |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF21 |
pBluescript |
Insertion eines 1,7 kb-BamHI-Fragmentes aus pUC-HIS in die BamHI-Schnittstelle von pKF19, resultierend in |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF22 |
pGEM-T |
PCR-Produkt 401/404: C-Terminus des S.c. SEC61-Gens (Nukleotide 1192 bis 1765) mit Myc-Epitop vor dem Stop-Codon (sequenziert) |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
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pKF23 |
pUC19 |
Substitution des 363 bp- StyI/AflII-Fragments in pKF1 durch das 392 bp StyI/AflII-Fragment aus pKF22, resultierend in einem SEC61-Allel mit Myc-Epitop am C-Terminus: SEC61MYC |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF24 |
pGEM-T |
PCR-Produkt 94/95: ein 410 bp-Fragment der 5´ flankierenden Region des SBH1-Gens (Nukleotide -387 bis +23) mit einer XbaI-Schnittstelle am 5´-Ende und einer BamHI-Schnittstelle am 3´-Ende (sequenziert) |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF25 |
pGEM-T |
PCR-Produkt 154/97: ein 361 bp-Fragment der 3´ flankierenden Region des SBH1-Gens (Nukleotide +224 bis + 584) mit einer BamHI-Schnittstelle am 5´-Ende und einer EcoRI-Schnittstelle am 3´-Ende (sequenziert) |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
78
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Plasmid |
Vektor |
Insert |
Wirts- stamm |
Herkunft oder Referenz |
|
pKF26 |
pGEM-T |
PCR-Produkt 94/97: das 971 bp-Fragment enthält das SBH1-Gen (Nukleotide -387 bis + 584) mit einer XbaI -Schnittstelle am 5´-Ende und einer EcoRI-Schnittstelle am 3´-Ende (2 Klone (15 und 21), teil-sequenziert) |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF27 |
pGEM-T |
PCR-Produkt 140/141: das 359 bp-Fragment enthält den kodierenden Bereich des SBH2-Gens (Nukleotide +1 bis + 359) flankiert durch eine SalI- und eine NcoI-Schnittstelle am 5´-Ende und eine KpnI-Schnittstelle am 3´-Ende (sequenziert) |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF28 |
pGEM-T |
PCR-Produkt 142/143: das 374 bp-Fragment enthält den kodierenden Bereich des SBH1-Gens (Nukleotide +1 bis + 374) flankiert durch eine SalI-Schnittstelle am 5´-Ende und eine KpnI-Schnittstelle am 3´-Ende (sequenziert) |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF29 |
pBluescript |
das 410 bp-Fragment aus pKF24 und das 361 bp-Fragment aus pKF25, kloniert in die XbaI/EcoRI-Schnittstelle des pBluescript-Vektors |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF30 |
pBluescript |
Insertion eines 1,7 kb-BamHI-Fragmentes aus pUC-HIS in die BamHI-Schnittstelle von pKF29, resultierend in |
XL-1 blue |
diese Arbeit |
|
pKF31 |
pRS415 (ARS/CEN LEU2) |
ca. 1,8 kb-BamHI/HindIII-Fragment aus pEKF4 mit dem SSS1-Gen unter Kontrolle des induzierbaren GAL-Promotors: GAL-SSS1. |
XL-1 blue |
K. Finke |
|
pKF32 |
pRS416 (ARS/CEN URA3) |
ca. 2,5 kb-HindIII-Fragment aus pKF23 mit SEC61MYC. |
XL-1 blue |
K. Finke |
|
pKF33 |
pRS426 (2µm, URA3) |
ca. 2,5 kb-HindIII-Fragment aus pKF23 mit SEC61MYC. |
XL-1 blue |
K. Finke |
|
pTX73 |
pUC19 |
knock-out-Allel des SSH1-Gens, hergestellt durch Deletion des größten Teiles der kodierenden Region (649 bp EcoRV/BglII-Fragment aus pKF4) und Insertion eines ca. 2,2 kb-BamHI/SmaI-Fragmentes aus bsLEU, resultierend in |
XL-1 blue |
C. Volkwein K. Finke |
79
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Plasmid |
Vektor |
Insert |
Wirts- stamm |
Herkunft oder Referenz |
|
pTAR1 |
pGEM5Z |
1521 bp EcoRV/SnaBI-Fragment aus pSEC61VII, das bis auf die ersten 24 Nukleotide die gesamte kodierende Region des SSH1-Gens beinhaltete, kloniert in die EcoRV-Schnittstelle des Vektors pGEM5Z. |
|
C. Volkwein T.A. Rapoport |
|
pTAR2 |
pGEM5Z |
Insertion eines Linkers aus zwei komplementären Oligonukleotiden (1379/1380) in das mit SalI und EcoRV aufgeschnittene Plasmid pTAR1. Rekonstitution derStartregion des SSH1-Gens durch den Linker unter Einführung einer SalI-Schnittstelle unmittelbar vor dem Startcodon und Zerstörung der EcoRV-Schnittstelle durch stumme Mutagenese. |
|
C. Volkwein T.A. Rapoport |
|
pTX75 |
pF1M |
1588 bp ApaI/SalI-Fragment aus pTAR2 kloniert in die SalI-Schnittstelle des Vektors pF1M, so daß das SSH1-Gen unter Kontrolle des GAL10-Promotors war: GAL-SSH1. |
|
C. Volkwein T.A. Rapoport |
|
pTX88 |
pRS416 (ARS/CEN URA3) |
2792 bp-EcoRV/BamHI-Fragment aus pTX75 mit GAL10-SSH1-Fusion, kloniert in den SmaI/BamHI-geschnittenen Hefevektor pRS416. |
|
C. Volkwein T.A. Rapoport |
|
Stamm |
Genotyp |
Bemerkungen |
Herkunft oder Referenz |
|
YFP338 |
mat |
|
Rose et al., 1989 |
|
YTX69 |
mat a/ |
|
Hartmann et al., 1994 |
|
YTX77 |
mat a/ |
entstanden aus YTX69 |
Hartmann et al., 1994 |
|
YTX80 |
mat a, |
entstanden aus YTX77 durch Transformation mit pGALSEC61 |
Hartmann et al., 1994 |
80
|
Stamm |
Genotyp |
Bemerkungen |
Herkunft oder Referenz |
|
YTX 83 |
mat a/ |
entstanden aus YTX69 durch Transformation mit pTX73 |
T.Sommer C.Volkwein |
|
YTX 84 |
mat |
entstanden aus YTX83 durch Tetradendissektion |
T.Sommer C.Volkwein |
|
YTX 85 |
mat a, |
entstanden aus YTX83 durch Tetradendissektion |
T.Sommer C.Volkwein |
|
YTX86 |
mat a, his 3-11,-15, leu 2-3,-112, trp 1-1, ura 3-1, ade 2-1, can 1-100 |
entstanden aus YTX83 durch Tetradendissektion |
T.Sommer C.Volkwein |
|
YTX87 |
mat |
entstanden aus YTX83 durch Tetradendissektion |
T.Sommer C.Volkwein |
|
YKF5 |
mat |
entstanden aus YFP338 durch Transformation mit pKF7 |
K.Finke |
|
YKF6 |
mat a/ |
entstanden durch Kreuzung von YTX84 und YTX85 |
K.Finke |
|
YKF7 |
mat a/ |
entstanden aus YTX69 durch Transformation mit pKF20 und pKF30 |
K.Finke |
|
YKF8 |
mat |
entstanden aus YKF7 durch Tetradendissektion |
K.Finke |
|
YKF9 |
mat |
entstanden aus YKF7 durch Tetradendissektion |
K.Finke |
|
YKF10 |
mat a, |
entstanden aus YKF7 durch Tetradendissektion |
K.Finke |
|
YKF11 |
mat a, |
entstanden aus YTX69 durch Transformation mit pKF21 und nachfolgender Tetradendissektion |
K.Finke |
|
YKF12 |
mat |
entstanden aus YTX69 durch Transformation mit pKF21 und nachfolgender Tetradendissektion |
K.Finke |
|
YKF13 |
mat a, |
entstanden aus YTX86 durch Transformation mit pKF30 |
K.Finke |
81
|
Stamm |
Genotyp |
Bemerkungen |
Herkunft oder Referenz |
|
YKF14 |
mat a, |
entstanden aus YKF7 durch Tetradendissektion |
K.Finke |
|
YKF15 |
mat a, |
entstanden aus YKF7 durch Tetradendissektion |
K.Finke |
|
YKF16 |
mat |
entstanden aus YKF7 durch Tetradendissektion |
K.Finke |
|
YKF17 |
mat a/ |
entstanden durch Kreuzung von YTX84 und YKF11 |
K.Finke |
|
YKF18 |
mat a/ |
entstanden durch Kreuzung von YTX85 und YKF12 |
K.Finke |
|
YKF19 |
mat |
entstanden aus YTX84 durch Transformation mit pKF21 |
K.Finke |
|
YKF20 |
mat a/ |
entstanden durch Kreuzung von YTX85 und YKF8 |
K.Finke |
|
YKF21 |
mat a/ |
entstanden durch Kreuzung von YTX85 und YKF9 |
K.Finke |
|
YKF22 |
mat a/ |
entstanden durch Kreuzung von YTX85 und YKF10 |
K.Finke |
|
YKF23 |
mat a/ |
entstanden durch Kreuzung von YKF25 und YKF10 |
K.Finke |
|
YKF24 |
mat a, |
entstanden aus YKF20 durch Tetradendissektion |
K.Finke |
|
YKF25 |
mat |
entstanden aus YKF20 durch Tetradendissektion |
K.Finke |
82
-Gene in SäugerzellenIm folgenden werden die Nukleotidsequenzen der beiden SEC61
-Gene aus vier Säugerspezies miteinander verglichen. Die Sequenzen der beiden humanen Gene HS-SEC61
-I und -II (HS-1 und HS-2) stammen aus dem Screening einer cDNA-Bank aus HeLa-Zellen, die Sequenzen der Gene RN-SEC61
-I und -II (RN-1 und RN-2) aus dem Screening einer cDNA-Bank aus Ratten-Leber und die Sequenzen der Gene CF-SEC61
-I und -II (CF-1 und CF-2) aus dem Screening einer cDNA-Bank aus MDCK-Zellen (Madin-Darby-canine kidney-Zellen). Die Sequenzen der beiden Maus-Gene MM-SEC61
-I und -II (MM-1 und MM-2) wurden im Zuge der in dieser Arbeit vorgestellten RT-PCR-Experimente ermittelt. Ergänzt werden sie durch Sequenzinformation aus ESTs (markiert durch Unterstreichung mit einer Wellenlinie), die in der GenBank des NCBI veröffentlicht sind (Marra, M. et al., Mouse EST Project; für MM-1: Acc.No. AA410008 und AA245328; für MM-2: Acc.No. AI006571).
Die Nukleinsäurereste der Sequenzen sind grundsätzlich in Großbuchstaben angegeben. Kleine Buchstaben markieren Basen, die nicht vollkommen eindeutig zu lesen waren; mit x sind einzelne Basen bezeichnet, die nicht gelesen werden konnten. Fehlt die Sequenzinformation für mehrere Basen hintereinander, so wird dies durch eine Lücke in der Sequenz angezeigt.
Die Sequenzen sind so angeordnet, daß die vier SEC61
-I-Gene bzw. die SEC61
-II-Gene jeweils übereinander stehen und verglichen werden können (soweit die Sequenzen bekannt sind). Positionen, die in allen vier SEC61
-I-Genen identisch sind, sind grün unterlegt. Positionen, die in allen vier SEC61
-II-Genen identisch sind, sind pink unterlegt. Positionen mit identischen Basen in allen aufgeführten Sequenzen, schließlich, sind grau unterlegt.

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HTML - Version erstellt am: Thu Sep 14 11:45:05 2000 |