Papadopoulos, Sarantos: Untersuchungen genomischer Veränderungen von Mammakarzinomzellen mittels Random Amplified Polymorphic DNA

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Kapitel 6. Ausblick

Wie in der Einleitung beschrieben, können als Genomunterschiede zwischen gesundem und Tumorgewebe Deletionen, Insertionen und Amplifikationen vorkommen und mit der RAPD nachgewiesen werden. Die Banden, die den Unterschied zwischen den entsprechenden Bandenmuster ausmachen, werden sequenziert. Die erhaltenen Sequenzen können mit den bestehenden Daten in den Genbanken auf Homologie verglichen werden. Wenn die Sequenzsuche negativ verläuft, könnten mittels Computeranalyse mögliche kodierende Regionen auf den Sequenzen festgestellt werden.

Sind die Sequenzen in den Genbanken nicht vorhanden, erfolgt die Chromosomenlokalisation. Dazu bieten sich Methoden an:

1. Methode: Die in situ Hybridisierung bei der markierte Fragmente DNA oder RNA gegen humane Chromosome hybridisiert werden.

2. Methode: Als zweite Möglichkeit kommt die Sonthern-Technik in Betracht. Hierzu wird die DNA käuflich erworbener Mensch/Hamster-Fusionszellen, die mindestens ein menschliches Chromosomen erhalten, isoliert und mit Restritionsendonucleasen gespalten.

Einzelbasensubstitutionen sind jedoch mit der RAPD-Methode nicht detektierbar. Im Prinzip könnten die Einzelbasensubstitutionen, die in den RAPD-Banden vorhanden sind, mit der Single Strand Conformational Polymorphism (SSCP) Analyse festgestellt werden. Wenn man aber in Betracht zieht, dass die SSCP Sensitivität über 50 % bei Molekülen kleiner als 500 Gp beträgt und dass je grösser das Fragment desto schlechter die Auflösung ist, muss man feststellen, dass Erkenntnisse nur über einen kleinen Bereich des Bandenspektrums gewannen werden können.


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Wed Sep 5 16:50:29 2001