| Schönemeyer, Annett: Charakterisierung der immunmodulierenden Wirkung eines Cysteinproteasen-Inhibitors der humanpathogenen Filarie Onchocerca volvulus |
93
|
Beta-counter |
Wallac, Finnland |
|
ELISA-Reader MRX |
Dynatech, Denkendorf |
|
ELISA-Waschgerät |
Dynatech, Denkendorf |
|
Lumineszenz Spektrophotometer |
Perkin Elmer, Langen |
|
Fluoroscan II |
Labsystems, Frankfurt |
|
Fluoreszenzphotometer SFM 25 |
BIO-TEK, Neufahrn |
|
Invers-Mikroskop |
Leica, Wetzlar |
|
Kühlzentrifuge 5415 C |
Eppendorf, Hamburg |
|
Kühlzentrifuge 5810 R |
Eppendorf, Hamburg |
|
Magnetrührer |
IKA Labortechnik, Staufen |
|
Mikroskop |
Zeiss, Oberkochen |
|
Neubauer-Zählkammer |
Migge, Heidelberg |
|
Peristaltische Pumpe |
BIORAD, München |
|
pH-Meter 526 |
WTW, Weilheim |
|
Präzisionspipetten |
Eppendorf, Hamburg |
|
Schüttelinkubator |
New Brunswick, Nürtingen |
|
Spektralphothometer Hitachi U 2000 |
Colora Meßtechnik, Lorch |
|
Thermocycler |
Eppendorf, Hamburg |
|
Thermocycler PCR System 9700 |
Perkin Elmer, Langen |
|
Tischzentrifuge 5415 C |
Eppendorf, Hamburg |
|
Ultraschallgerät HD 200 |
Heinemann, Schw. Gmünd |
|
Video-Dokumentationsgerät E.A.S.Y.RH |
Herolab, Wiesloch |
|
Wasserbad DC3 |
Haake, Karlsruhe |
|
Zell-Ernter |
Wallac, Finnland |
|
Dialyse-Schläuche |
Serva, Heidelberg |
|
Einwegkanülen |
Braun, Melsungen |
|
Einwegpasteurpipetten |
Greiner, Nürtingen |
|
Einwegspritzen |
Braun, Melsungen |
|
ELISA-Platten (Maxisorp) |
Nunc, Wiesbaden |
|
Gel-Blotting-Papier |
Schleicher & Schuell, Dassel |
|
Nitrozellulosemembran (0,2 µm) |
Pharmacia, Freiburg |
|
Petrischalen |
Greiner, Nürtingen |
|
Pipettenspitzen |
Greiner, Nürtingen |
|
Polypropylen-Röhrchen (12, 14, 50 ml) |
Greiner, Nürtingen |
|
Reaktionsgefäße (1,5 und 2,0 ml) |
Greiner, Nürtingen |
|
Reaktionsgefäße (0,2 und 0,5 ml) |
Biozym, Oldendorf |
|
Sterilfilter (0,2 - 0,45 µm) |
Schleicher & Schuell, Dassel |
|
VS+ Säulen |
Miltenyi Biotec, Bergisch Gladbach |
|
Zellkulturplatten |
Costar, Bodenheim |
94
|
3H-Thymidin |
ICN, Eschwege |
|
Acrylamid-Bisacrylamid-Lösung |
Roth, Karlsruhe |
|
Agarose |
Serva, Heidelberg |
|
Antibiotika |
AppliChem, Darmstadt |
|
Anti-CD3 Ak (Orthoclone-Okt3) |
Janssen-Cilag, Neuss |
|
Agar |
AppliChem, Darmstadt |
|
Beriglobin (OBAE 30) |
Centeon, |
|
Brij 35 |
Sigma, Deisenhofen |
|
BSA |
AppliChem, Darmstadt |
|
Chemikalien |
Roth, Karlsruhe |
|
DNA-Marker BioSizer II/V |
AGS, Heidelberg |
|
dNTP |
Roth, Karlsruhe |
|
E 64d |
Bachem, Heidelberg |
|
EDTA |
Roth, Karlsruhe |
|
EGTA |
Roth, Karlsruhe |
|
Eiweißcystatin |
Sigma, Deisenhofen |
|
Ethidiumbromid |
Roth, Karlsruhe |
|
FCS |
Biochrom KG, Berlin |
|
Ficoll Paque |
Pharmacia, Freiburg |
|
Fluoreszenzsubstrate |
Bachem, Heidelberg |
|
Glasfaserfilter |
Wallac, Finnland |
|
Hefeextrakt |
AppliChem, Darmstadt |
|
L-Glutamin |
Gibco BRL, Karlsruhe |
|
LPS (E. coli 0127 B8) |
Sigma, Deisenhofen |
|
b-Mercaptoethanol |
Roth, Karlsruhe |
|
Metofane (Metoxyfluran) |
Janssen-Cilag, Neuss |
|
Milchpulver |
Fluka, Deisenhofen |
|
MW-Standard (mid range) |
Promega, Mannheim |
|
MW-Standard vorgefärbt |
Sigma, Deisenhofen |
|
Ni-NTA-Agarose |
Quiagen, Hilden |
|
Oligonukleotide (Primer) |
Roth, Karlsruhe |
|
Oligonukleotide (Primer) |
TIBMOL BIOL, Berli |
|
Organische Lösungsmittel |
Merck, Darmstadt |
|
Penicillin-Streptomycin-Stammlösung |
Gibco BRL, Karlruhe |
|
PHA |
Pharmacia, Freiburg |
|
Protein-Marker |
Pharmacia, Freiburg |
|
Quenching Reagenz |
OPREGEN Pharma, Heidelberg |
|
RPMI 1640 |
Gibco BRL, Karlsruhe |
|
RPMI (VLE) 1640 |
Biochrom KG, Berlin |
|
Squalan |
Fluka, Deisenhofen |
|
Synperonic L101 |
Serva, Heidelberg |
|
Szintillationsmembran |
Wallac, Finnland |
|
TMB-Substrat |
Sigma, Deisenhofen |
|
Triton X-100 |
Serva, Heidelberg |
|
Trypanblau |
Sigma, Deisenhofen |
|
Trypton |
AppliChem, Darmstadt |
|
Tween |
Serva, Heidelberg |
|
DNase, RNase |
Boehringer Mannheim, Mannheim |
|
T4 DNA-Ligase |
New England Biolab, USA |
|
DNA-Restriktionsenzyme |
AGS, Heidelberg |
|
Taq-Polymerase |
Gibco BRL, Karlsruhe |
|
Lysozym |
Sigma, Deisenhofen |
|
Papain |
Sigma, Deisenhofen |
95
|
Humanes Cathepsin L |
CALBIOCHEM, Bad Soden |
|
Humanes Cathepsin B |
Sigma, Deisenhofen |
|
Humanes Cathepsin S |
Prof. Wiederanders, Institut für Biochemie Universitätsklinik Jena |
|
Gel-Extraktionskit QUIAEXII |
Quiagen, Hilden |
|
Plasmid-Mini-Kit |
Quiagen, Hilden |
|
Plasmid-Midi-Kit |
Quiagen, Hilden |
|
Duoset (IFN- |
R & D System, Wiesbaden-Nordenstadt |
|
IL-10-Kit |
R & D System, Wiesbaden-Nordenstadt |
|
OptEIATM (IL-10, IL-l2, IL-12p40, IFN- |
Pharmingen, Hamburg |
|
BCA-Test |
-Pierce, USA |
|
pGEM T-Easy |
Promega, Mannheim |
|
Quantitativer Chromogener LAL-Test |
BioWhittaker, Verviers, Belgien |
|
Ov17 |
|
|
|
forward (Ov17 Start): |
5' -GTTCAGTTGCAAGGAGCC- 3'- |
|
|
reverse (Ov17 Ende) |
5' -TCATACTTCTTTTGTTCCC- 3'- |
|
|
|
|
|
|
Ov33 |
|
|
|
forward (33 f 5`) |
5' -CCATGGAGCTCGGTGTAGTAAAAAGGTACAATAAACGT- |
3' |
|
reverse (33 f 3`) |
5' -CACCCGTCGACCATAGATTGCGACGCAGAAATG- |
3' |
|
10x TBE |
1M |
Tris-HCl |
|
|
1M |
Borsäure |
|
|
20 mM |
EDTA (pH 8,0) |
|
|
|
|
|
10x TAE |
400 mM |
Tris-Ac |
|
|
10 mM |
EDTA (pH 8,0) |
|
|
1,14% |
Eisessig |
|
|
|
|
|
TE-Puffer |
10 mM |
Tris-HCl |
|
|
10 mM |
EDTA (pH 8,0) |
|
|
|
|
|
6x Probenpuffer |
0,25% |
Bromphenolblau |
|
|
0,25% |
Xylen-Cyanol FF |
|
|
30% |
Glycerol |
|
|
in H2O |
|
|
|
|
|
|
EtBr-Lösung |
10 mg/ml in H2O |
|
|
Lysispuffer |
10 mM 1 mM 100 mM 0,5% 0,5 mg/ml |
Tris EDTA NaOH SDS RNase (frisch zusetzen) |
|
Kaliumazetat/Essigsäure |
3 M |
Kaliumazetat, pH 6,0 |
96
|
E. coli Stämme |
|
|
DH5 |
Stratagen, Heidelberg |
|
XL-1 Blue |
Stratagen, Heidelberg |
|
BL21 (DE3) |
Novabiochem, Bad Soden |
|
BL21 (DE3) pLys S |
Novabiochem, Bad Soden |
|
|
|
|
Plasmide |
|
|
pBlueskript (SK+) |
Stratagen, Heidelberg |
|
pET 28 |
Novabiochem, Bad Soden |
|
Ov33-pGEX |
Thomas Pogonka, HU-Berlin |
|
|
|
|
cDNA |
|
|
L3 cDNA-Bank |
Dr. St. A. Williams, Northampton |
|
LB-Medium |
10 g |
NaCl |
|
|
10 g |
Trypton |
|
|
5 g |
Hefeextrakt |
|
|
ad 1l mit H2O, pH 7,5 |
|
|
|
autoklavieren |
|
|
|
|
|
|
LB-Platten |
LB-Medium |
|
|
|
1,5 % Agar |
|
|
|
autoklavieren |
|
|
|
|
|
|
SOB-Medium |
20 g |
Trypton |
|
|
5g |
Hefeextrakt |
|
|
0,5 g |
NaCl |
|
|
10 ml |
KCl (250 mM) |
|
|
ad 995 ml H2O |
|
|
|
pH 7,0 |
|
|
|
autoklavieren |
|
|
|
5 ml sterile 2 mM MgCl2 |
|
|
|
|
|
|
SOC-Medium |
SOB-Medium |
|
|
|
10 mM sterilfiltrierte Glukose |
|
|
|
|
|
|
TB-Puffer |
10 mM |
PIPES |
|
|
15 mM |
CaCl2 |
|
|
250 mM |
KCl |
|
|
pH 6,7 |
(mit KOH einstellen) |
|
|
55 mM |
MgCl2 |
|
|
sterilfiltrieren |
|
|
|
|
|
|
X-Gal-Stammlösung |
20 mg/ml in Dimethyl-Formamid |
|
|
|
|
|
|
IPTG-Stammlösung |
1 M in H2O |
|
|
Ampicillin |
50 mg/ml in H2O |
|
|
Kanamycin |
10 mg/ml in H2O |
|
|
Chloramphenikol |
34 mg/ml in Ethanol |
|
97
|
1) PBS / 0,1% Triton |
PBS mit 0,5 M NaCl |
|
|
|
0,1% Triton X-100 |
|
|
|
pH 8,0 |
|
|
|
|
|
|
2) Imidazol-Puffer |
5 mM |
Imidazol |
|
|
0,5 M |
NaCl |
|
|
20mM |
Tris-HCl |
|
|
pH 7,9 |
|
|
|
|
|
|
3) Harnstoff-Puffer |
6 M |
Harnstoff |
|
|
100 mM |
NaH2PO4 |
|
|
10 mM |
Tris-HCL |
|
|
pH 8.0 |
|
|
|
|
|
Denaturierende Aufreinigung
|
Puffer A: (Bindungspuffer) |
6 M |
Guanidinium-HCl |
|
|
100 mM |
NaH2PO4 |
|
|
10 mM |
Tris-HCL |
|
|
pH 8.0 |
|
|
|
|
|
|
Puffer B: (Waschpuffer) |
6 M |
Harnstoff |
|
|
100 mM |
NaH2PO4 |
|
|
10 mM |
Tris-HCL |
|
|
pH 8.0 |
|
|
|
|
|
|
Puffer C: (Waschpuffer) |
|
Puffer B |
|
|
|
pH 6,3 |
|
|
|
|
|
Puffer D: (Waschpuffer) |
|
Puffer B |
|
|
|
pH 5,9 |
|
|
|
|
|
Puffer E: (Elutionspuffer) |
|
Puffer B |
|
|
|
pH 4,5 |
Native Aufreinigung
A) Imidazolaufreinigung
|
Bindungspuffer |
5 mM |
Imidazol |
|
|
0,5 M |
NaCl |
|
|
20mM |
Tris-HCl |
|
|
pH 7,9 |
|
|
|
|
|
|
Waschpuffer |
60 mM |
Imidazol |
|
|
0,5 M |
NaCl |
|
|
20 mM |
Tris-HCl |
|
|
pH 7,9 |
|
|
|
|
|
|
Elutionspuffer |
1 M |
Imidazol |
|
|
0,5 M |
NaCl |
|
|
20 mM |
Tris-HCl |
|
|
pH 7,9 |
|
98
B) Aufreinigung mit PBS/Triton X-100|
Bindungspuffer |
PBS mit 0,5 M NaCl |
|
|
|
0,1% Triton X-100 |
|
|
|
pH 8,0 |
|
|
|
|
|
|
Waschpuffer |
PBS mit 0,5 M NaCl |
|
|
|
0,01% Triton X-100 |
|
|
|
pH 5,0 |
|
|
|
|
|
|
Elutionspuffer |
PBS mit 0,5 M NaCl |
|
|
|
0,01% Triton X-100 |
|
|
|
pH 4,5 |
|
|
Acrylamid-Stammlösung (30%) |
29,2 g |
Acrylamid |
|
|
0,8 g |
Bisacrylamid |
|
|
ad 100 ml H2O |
|
Acrylamidgel-Gebrauchslösung
|
|
4% |
14% |
16% |
|
Acrylamid (30%) |
2,7 ml |
9,4 ml |
10,7 ml |
|
H2O |
12 ml |
5,4 ml |
4 ml |
|
0,5 M Tris (pH 6,8) |
5 ml |
- |
- |
|
1,5 M Tris (pH 8,8) |
- |
5 ml |
5 ml |
|
SDS (10%) |
200 µl |
200 µl |
200 µl |
|
Temed |
40 µl |
10 µl |
10 µl |
|
10% APS |
auf 1% frisch zusetzen |
auf 1% frisch zusetzen |
auf 1% frisch zusetzen |
|
APS |
10% in H2O |
|
|
|
|
|
|
2x SDS-Probenpuffer |
20% |
Glycerin |
|
|
4% |
SDS |
|
|
1,5% |
Bromphenolblau |
|
|
125 mM |
Tris-HCl, pH 6,8 |
|
|
10% |
b-Mercaptoethanol |
|
|
2 mM |
PMSF |
|
|
|
|
|
Laemmli-Laufpuffer |
25 mM |
Tris |
|
|
192 mM |
Glycin |
|
|
0,1% |
SDS |
|
Färbelösung |
20% |
Ethanol |
|
|
10% |
Essigsäure |
|
|
0,1% |
Coomassie Blau R-250 |
|
|
in H20 |
|
|
|
|
|
|
Entfärber |
20% |
Ethanol |
|
|
10% |
Essigsäure |
|
|
in H20 |
|
99
|
Transferpuffer |
50 mM |
Tris |
|
|
380 mM |
Glycin |
|
|
0,1% |
SDS |
|
|
20% |
Methanol |
|
|
|
|
|
10x TBS |
1 M |
NaCl |
|
|
50 mM |
Tris |
|
|
pH 7,4 |
|
|
|
|
|
|
Ponceau-Färbelösung |
2% |
Ponceau |
|
|
30% |
Trichloressigsäure |
|
|
30% |
Sulfobenzoesäure |
|
|
|
|
|
BSA/TBS |
3% BSA in TBS |
|
|
|
|
|
|
Peroxidase-Substratlösung |
10 ml |
TBS |
|
|
600 µl aus 0,3% Chlornaphtol |
|
|
|
5 µl aus 30% H2O2 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Beschichtungspuffer |
0,2 M |
Carbonatpuffer, pH 9,0 |
|
|
|
|
|
Blockierungspuffer |
|
3% BSA in PBS |
|
|
|
|
|
Waschpuffer |
PBS / 0,025% Tween 20 |
|
|
|
|
|
|
TMB-Substratlösung |
1 mg TMB in 100 µl DMSO |
|
|
|
9,9 ml 100 mM Na-Azetat |
|
|
|
1 µl 30% H2O2 |
|
|
|
|
|
|
Stoplösung |
1 M H2SO4 |
|
|
rOv17 Kaninchenserum |
Charles River, Kisslegg |
|
monoklonaler Maus-anti-rOv33 IgG1-Ak (IVA7) |
R. Lucius, HU-Berlin |
|
Ziege-anti-Maus IgG+IgM (H+L) Pox-konjugiert |
Dianova, Hamburg |
|
Ziege-anti-Kaninchen IgG+IgM (H+L) Pox-konjugiert |
Dianova, Hamburg |
|
monoklonaler Maus anti-humane-IL-10 Ak (IgG1) |
Robert Sabat, Charité-Berlin |
|
Maus IgG1 Kontrollantikörper |
R & D System, Wiesbaden-Nordenstadt |
|
PE-konjugierte anti-humane HLA-DR Ak (Klon L243) |
Becton Dickenson, Heidelberg |
|
FITC-konjugierte anti-humane CD80 Ak (Klon BB1) |
Pharmingen, Hamburg |
|
PE-konjugierte anti-humane CD86 Ak (Klon 2331) |
Pharmingen, Hamburg |
|
FITC-konjugierte anti-humane CD40 Ak (Klon 5C3) |
Pharmingen, Hamburg |
|
PE-Cy5-konjugiert anti-humane CD14 Ak (Klon RMO52) |
Coulter Immunotech, Heidelberg |
|
FITC-konjugierte anti-humane CD14 Ak (UCHM-1) |
Dianova, Hamburg |
|
FITC-konjugierte Maus IgG1 Ak (Klon 679.1Mc7) |
Coulter Immunotech, Heidelberg |
|
PE-konjugierte Maus IgG2a Ak (Klon X39) |
Becton Dickenson, Heidelberg |
|
anti-humane CD3 Ak (Orthoclone-Okt3) |
Janssen-Cilag, Neuss |
|
anti-humane CD28 Ak (Klon CD28.2) |
Pharmingen, Hamburg |
100
Probenpuffer
|
Papain-Probenpuffer |
200 mM |
K2HPO4 |
|
|
200 mM |
KH2PO4 |
|
|
4 mM |
EDTA |
|
|
4 mM |
DTT (frisch zusetzen) |
|
|
0,01% |
Brij 35 |
|
|
pH 6,8 |
|
|
|
|
|
|
Cathepsin S-Probenpuffer |
13 mM |
K2HPO4 |
|
|
87 mM |
KH2PO4 |
|
|
5 mM |
EDTA |
|
|
5 mM |
DTT (frisch zusetzen) |
|
|
0,01% |
Brij 35 |
|
|
pH 6,0 |
|
|
|
|
|
|
Cathepsin L-Probenpuffer |
340 mM |
Na-Azetat |
|
|
60 mM |
Essigsäure |
|
|
4 mM |
EDTA |
|
|
8 mM |
DTT (frisch zusetzen) |
|
|
0,01% |
Brij 35 |
|
|
pH 5,5 |
|
|
|
|
|
|
Cathepsin B-Probenpuffer |
352 mM |
KH2PO4 |
|
|
48 mM |
Na2HPO4 |
|
|
4 mM |
EDTA |
|
|
8 mM |
DTT |
|
|
0,01% |
Brij 35 |
|
|
pH 6,0 |
|
Cysteinproteasen-Stammlösung (EwC-titrierte Konzentration)
|
Cathepsin B |
0,12 µM (E64-titriert) |
|
Cathepsin L |
0,85 µM |
|
Cathepsin S |
0,67 µM |
|
Papain |
1,5 µM |
Cysteinproteasen-Arbeitslösung für Ki-Wert Bestimmung (EwC-titrierte Konzentration)
|
Cathepsin B |
117 nM (E64-titriert) |
|
Cathepsin L |
11,3 nM |
|
Cathepsin S |
9,0 nM |
|
Papain |
10,0 nM |
Substrat-Stammlösungen
|
Z-Val-Val-Arg-AMC (Cathepsin S) |
10 mM in DMSO |
|
Z-Phe-Arg-AMC (Cathepsin L) |
10 mM in DMSO |
|
Z-Arg-Arg-AMC (Cathepsin B) |
10 mM in DMSO |
|
Z-Phe-Arg-AMC (Papain) |
10 mM in DMSO |
Substrat-Arbeitslösungen für Ki-Wert Bestimmung
|
Z-Val-Val-Arg-AMC (Cathepsin S) |
40 µM in Probenpuffer |
|
Z-Phe-Arg-AMC (Cathepsin L) |
5 µM in Probenpuffer |
|
Z-Arg-Arg-AMC (Cathepsin B) |
40 µM in Probenpuffer |
|
Z-Phe-Arg-AMC (Papain) |
25 µM in Probenpuffe |
101
|
1x PBS |
136,9 |
mM NaCl |
|
|
2,7 |
mM KCl |
|
|
8,1 mM |
Na2HPO4 |
|
|
1,5 mM |
KH2PO4 |
|
|
pH 7,4 |
|
|
|
|
|
|
RPMI komplett |
RPMI 1640 |
|
|
|
2 mM L-Glutamin |
|
|
|
100 U/ml Penicillin |
|
|
|
100 µg/ml /Streptomycin |
|
|
|
5-10% hitzeinaktiviertes FCS |
|
|
|
|
|
|
PHA-Arbeitslösung |
200 µg/ml |
|
|
|
|
|
|
anti-CD3 Ak-Arbeitslösung |
200 ng/ml |
|
|
|
|
|
|
3H-Thymidin- Arbeitslösung |
50 µCi/ml |
|
|
|
|
|
|
Trypanblau-Lösung |
160 mg in 100 ml PBS |
|
|
|
|
|
|
Erythrozytenlyse-Lösung |
90 ml aus 160 mM NH4Cl |
|
|
|
10 ml 170 mM Tris |
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pH 7,6 |
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2x STP |
PBS |
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10% |
Squalane |
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0,4% |
Tween 80 |
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1,0% |
Synperonic L 101 |
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FACS-Puffer |
0,1% |
NaN3 |
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2% |
FCS in PBS |
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BALB/c Mäuse |
H-2d Haplotyp |
BGVV, Berlin |
102
5 tiefgefrorene, adulte O. volvulus Weibchen wurden bei RT aufgetaut, mit PBS gewaschen und in 1-2 ml PBS mit einer Schere in einem Blockschälchen fein zerkleinert und anschließend mit Hilfe eines Glashomogenisators homogenisiert. Das Wurmhomogenat wurde in ein 2 ml Reaktionsgefäß überführt und auf Eis mit 60 W für 3 min beschallt. Die lösliche Proteinfraktion wurde anschließend durch Zentrifugation für 30 min bei 4°C und 15 000 rpm von der unlöslichen Proteinfraktion getrennt. Der Überstand (OvAg) wurde abpipettiert, aliquotiert und bei -80°C gelagert. Die Proteinkonzentration wurde mittels BCA-Test (Pkt. 6.2.3.1 ) bestimmt.
Die Kulturüberstände von O. volvulus Weibchen für die Quantifizierung der Ov17-Ausscheidung wurden uns freundlicherweise von Dr. Norbert (Bernhard-Nocht Institut, Hamburg) zur Verfügung gestellt. Nach der Isolierung aus bindegewebigen Knoten wurden unversehrte, bewegliche Weibchen einzeln in je 6 ml Kulturmedium für 8 h vorinkubiert, wobei durch stündlichen Mediumswechsel restliche Kollagenase entfernt wurde. Nur intakte, vitale Weibchen wurden für eine weitere in vitro Kultivierung ausgewählt. Die Kultivierung erfolgte in je 1 ml Kulturmedium, welches alle 24 h erneuert wurde. Die gesammelten Kulturüberstände wurden sterilfiltriert und in flüssigem Stickstoff gelagert.
103
Die DNA der rekombinanten O. volvulus Proteine, rOv17 und rOv33, wurde mit Hilfe der PCR unter Verwendung einer thermostabilen DNA-Polymerase amplifiziert (Saiki et al. 1988, Bej et al. 1991).
PCR-Ansatz:
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Amplifikation der Ov17-DNA |
Amplifikation der Ov33-DNA |
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2 µl 5' Primer (20 pmol/µl) 2 µl 3' Primer (20 pmol/µl) 5 µl O. volvulus L3 cDNA Bank 2 µl 2 mM dNTP Gemisch 5 µl 10x PCR Puffer mit MgCl2 1 µl Taq-Polymerase (1U/µl) ad 50 µl HPLC Wasser |
2 µl 5' Primer (20 pmol/µl) 2 µl 3' Primer (20 pmol/µl) 1 µl Template DNA (0,5 µg/µl Ov33-pGEX) 2 µl 2 mM dNTP Gemisch 5 µl 10x PCR Puffer mit MgCl2 1 µl Taq-Polymerase (1U/µl) ad 50 µl HPLC Wasser |
PCR-Amplifikationszyklus
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Ov17 |
Zyklus |
1: 2-34: 35: |
2 min 95°C, 2 min 50°C, 4 min 72°C 1 min 95°C, 2 min 50°C, 4 min 72°C 1 min 95°C, 2 min 50°C, 4 min 72°C |
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Ov33 |
Zyklus |
1: 2-29: 30: |
3 min 95°C, 1 min 50°C, 1 min 72°C 1 min 95°C, 1 min 50°C, 1 min 72°C 1 min 95°C, 1 min 50°C, 11 min 72°C |
104
a) Phenol-Chloroform Extraktion
Die Phenol-Chloroform Extraktion wurde nach der Methode von Sambrook et al. (1989) durchgeführt. Die DNA-Lösung wurde mit Phenol-Chloroform-Isoamylalkohol (25:24:1) im Verhältnis 1:1 versetzt und 5 min bei RT und 14 000 rpm zentrifugiert. Die wässrige Phase wurde anschließend im Verhältnis 1:1 mit Chloroform-Isoamylalkohol gewaschen, um verbliebene Reste an Phenol aus der DNA-Lösung zu entfernen. Die DNA wurde mittels Ethanolpräzipitation (Pkt. 6.2.2.2.3) konzentriert.
b) DNA-Isolierung aus Agarosegelen
Die Isolierung von DNA aus Agarosegelen wurde mit Hilfe des QIAEX II Gel-Extraktions-Kit durchgeführt. Das Grundprinzip dieser DNA-Aufreinigung besteht in der Auflösung der Agarose, der selektiven Bindung von Nukleinsäure an Silikatpartikel (Glasmilch) bei einem pH = 7,5 unter Hochsalzbedingungen, dem Waschen der gebundenen Nukleinsäuren mit Hochsalzpuffern und der anschließenden Elution der DNA bei pH 8,5 unter Niedrigsalzbedingungen (TE-Puffer oder H2O). Die Isolierung der DNA erfolgte entsprechend der Vorgaben des Herstellers.
a) Plasmidaufreinigung aus E. coli mittels Quiagen-Säulen
Für die Präparation von hochreiner Plasmid-DNA aus E. coli wurden käuflich erworbene Quiagen-Säulen verwendet. Die Plasmidaufreinigung dieser Kits beruht auf der Methode der alkalischen Lyse (Birnboim und Doly 1979) mit anschließender Aufreinigung von supercoiled Plasmid-DNA durch Ionenaustausch-Chromatographie. Für die Plasmidisolation wurden Mini- und Midipräparationssäulen verwendet. Die Durchführung erfolgte entsprechend der Vorgaben des Herstellers.
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b) Kleine Plasmidpräparation mittels alkalischer Lyse
2 ml LB-Medium wurden nach Zusatz eines entsprechenden Antibiotikums mit einer Bakterienkolonie angeimpft und über Nacht bei 37°C und 220 rpm inkubiert. Das Bakterienpellet dieser Kultur wurde in 300 µl Lyse-Puffer resuspendiert und die Suspension nach Zugabe von 0,5 mg/ml RNase 5 min auf Eis inkubiert. Nach der Zugabe von 150 µl einer 3 M Kaliumazetat/Essigsäure-Lösung wurde die Suspension 10 min auf Eis inkubiert und anschließend 5 min bei 14 000 rpm und 4°C zentrifugiert. Der Überstand wurde abpipettiert und die Plasmid-DNA mittel Ethanolfällung (Pkt. 6.2.2.2.3) konzentriert. Das Plasmidpellet wurde in 25 µl TE-Puffer oder Wasser aufgenommen.
DNA wurde aus einer Lösung durch Zugabe von 0,1 Volumen 3 M Natriumacetat (pH 4,8) und mit dem 2,5 fachen Volumen an reinem Ethanol gefällt. Das Präzipitat wurde bei 4°C, 15 000 rpm für 10 min zentrifugiert. Das DNA-Pellet wurde mit 70%igem Ethanol gewaschen und anschließend im Vakuum getrocknet. Die DNA wurde in TE-Puffer oder H2O gelöst.
Die DNA-Konzentration einer Lösung wurde photometrisch bei einer Wellenlänge von 260 nm (Extinktionsmaximum für Nukleinsäuren) bestimmt. Verunreinigungen wurden bei einer Wellenlänge von 280 nm (Extinktionsmaximum für Proteine) gemessen. Für saubere Nukleinsäurelösungen sollte der Quotient der Extinktionswerte von 260 nm / 280 nm zwischen 1,8 und 2,0 liegen. Die DNA-Konzentration wurde wie folgt berechnet:
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Nukleinsäure [ µg/ml] = OD260 x D x F |
F = Verdünnungsfaktor D = 50 µg/ml für doppelsträngige DNA D = 40 µg/ml für einzelsträngige DNA / RNA D = 33 µg/ml für Oligonukleotide |
106
2-10 µg DNA wurden in einem Reaktionsansatz von 20 µl unter Zusatz der entsprechenden Restriktionsendonukleasen und ihren Puffern geschnitten. Plasmide wurden 2 h, PCR-Produkte 12 h inkubiert. Die Temperaturbedingungen des Restriktionsverdaus wurden nach den Vorgaben des Herstellers für das entsprechende Enzym festgelegt. Die Restriktionsendonukleasen wurden anschließend durch Hitzeinaktivierung deaktiviert oder durch eine Phenol-Chloroform Fällung oder durch Auftrennung im Agarosegel aus dem Reaktionsgemisch entfernt.
Zur Vermeidung der Religierung von geschnittenen Vektoren wurden die terminalen 5'-Phosphatgruppen durch eine alkalische Kälberphosphatase abgespalten. 5 µg geschnittene, Phenol-Chloroform aufgereinigte oder geleluierte Vektor-DNA wurden wie folgt dephosphoryliert:
Dephosphorylierungsansatz
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5 µg |
Vektor-DNA |
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1 µl |
alkalische Kälberphosphatase (1U/µl) |
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3 µl |
10x Dephosphorylierungspuffer |
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ad 30 µl H20 |
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Das Reaktionsgemisch wurde 1 h bei 37 °C inkubiert. Die Reaktion wurde durch die Zugabe von 1/10 Volumen 200 mM EGTA zum Reaktionsansatz und durch anschließende Inkubation bei 65°C für 10 min gestoppt. Die dephosphorylierte Vektor-DNA wurde Phenol-Chloroform extrahiert.
107
Die Ligation eines DNA-Inserts in den entsprechenden Vektor erfolgte in einem molaren Verhältnis von 3:1, 1:1 und 1:3.
Ligationsansatz:
|
1 µl |
Vektor-DNA (ca. 50-100 ng) |
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4 µl |
Insert-DNA |
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1 µl |
10x Ligasepuffer |
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0,5 µl |
T4 DNA-Ligase (3 Weiss U/µl) |
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ad 10 µl HPLC Wasser |
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Der Ligationsansatz wurde bei 12 °C für 12 bis 48h inkubiert. Als Kontrolle wurde eine Ligation ohne Insert-DNA durchgeführt.
Die Agarosegel-Elektrophorese wurde zur Aufreinigung von DNA und zur Beurteilung von Restriktionsverdauansätzen durchgeführt. Je nach Größe der aufzutrennenden DNA wurde eine Konzentration der Agarose von 0,8-2,0% gewählt. Die Agarose wurde durch Erhitzen in 1x TAE-Puffer gelöst. Nach Abkühlen der Agarose auf 50°C wurde EtBr aus einem 10 mg/ml Stock auf eine Endkonzentration von 0,5 µg/ml zugegeben. Die DNA-Proben wurden mit 6x Probenpuffer versetzt, auf das Gel aufgetragen und bei 80 V aufgetrennt. Zur Beurteilung der Größe der aufgetrennten DNA wurden die Molekulargewichtsmarker Biosizer II und V verwendet. Die aufgetrennte DNA wurde unter UV-Licht sichtbar gemacht.
Die Herstellung transformationskompetenter E. coli-Bakterien erfolgte nach dem Protokoll von Inoue et al. (1990). 250 ml SOB Medium wurden mit einer Bakterienkolonie des gewünschten Bakterienstammes angeimpft und bei 18°C und 200 rpm bis zu einer OD600 von 0,6 (logarithmische Wachstumsphase) inkubiert. Die Bakterien wurden 10 min auf Eis inkubiert und anschließend bei 4°C und 4000 rpm für 10 min zentrifugiert. Das
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Bakterienpellet wurde in 80 ml kaltem TB Puffer resuspendiert, für 10 min auf Eis inkubiert und anschließend zentrifugiert. Das Bakterienpellet wurde in 20 ml TB-Puffer resuspendiert. DMSO wurde unter vorsichtigem Schütteln tropfenweise bis zu einer Endkonzentration von 7% zugegeben. Die Bakterien wurden erneut 10 min auf Eis inkubiert, anschließend à 1ml aliquotiert, in flüssigem Stickstoff schockgefroren und bei -80°C gelagert. Die Transformationseffizienz der kompetenten Bakterien betrug 5x107-1x108 transformierte Bakterienkolonien pro µg Plasmid-DNA.
50 ng Plasmid-DNA (1-5 µl) wurden in ein vorgekühltes 1,5 ml Reaktionsgefäß pipettiert. Kompetente Zellen wurden bei RT aufgetaut und 100 µl zum Plasmid zugegeben. Der Reaktionsansatz wurde 30 min auf Eis und anschließend für 30 sec bei 42°C inkubiert. Nach Zugabe von 900 µl SOB-Medium wurde der Transformationsansatz bei 37°C und 400 rpm für 1 h inkubiert. 100-200 µl des Transformationsansatzes wurden auf eine Agarplatte (mit entsprechendem selektiven Antibiotikum) ausplattiert und bei 37°C über Nacht inkubiert. Als Kontrollen wurden bei jedem Transformationsansatz zum einen Bakterien ohne Plasmid und zum anderen Bakterien mit einem leeren Plasmid transformiert.
Bakterien mit einer Mutation im lac Z-Gen (lacZ ?M15) produzieren eine enzymatisch inaktive
-Galaktosidase, der am N-Terminus 30 AS fehlen. Werden diese Bakterien mit einem Plasmid transformiert, welches die fehlende, sog.
-Region (
-Peptid) induzierbar exprimiert, kann durch
-Komplementation der beiden Proteine das funktionelle Enzym entstehen, welches das chromogene Substrat X-gal (5-Bromo-4-Chloro-3-indolyl-
-Galaktosidase) metabolisiert. Die Metabolisierung des Substrates X-gal führt zu einer Blaufärbung der Bakterienkolonie. Wird der kodierende Bereich des
-Peptids durch den
109
Einbau von Fremd-DNA unterbrochen, so geht die
-Donoraktivität des
-Peptids verloren und es kann keine aktive-
-Galaktosidase mehr gebildet werden. Transformierte Bakterien, die in ihrem Plasmid Fremd-DNA enthalten bleiben weiß.
LB-Agarplatten wurden für das Blau-Weiß-Screening vorbereitet, indem 40 µl X-gal (20 mg/ml) und 10 µl IPTG (1 M) mit einem Drigalski-Stab gleichmäßig ausplattiert wurden.
Zur Kontrolle des Transformationserfolges mittels Restriktionsverdau wurden jeweils 5 weiße Kolonien pro Platte einer Transformation mit Blau-Weiß-Sreening oder 10 Kolonien pro Platte einer Transformation ohne Blau-Weiß-Screening überprüft. 2 ml LB-Medium mit Antibiotikazusatz wurden mit jeweils einer Kolonie angeimpft und über Nacht bei 37°C und 250 rpm inkubiert. Nach Plasmidextraktion mittels alkalischer Lyse (Pkt. 6.2.2.2.2) und anschließendem Restriktionsverdau (Pkt. 6.2.2.4) wurden die DNA-Proben im Agarosegel aufgetrennt und die Bakterienkolonien, deren Plasmid ein Insert enthielt, identifiziert.
Für die Sequenzierung wurde Plasmid-DNA mittels Quiagensäulen aufgereinigt (Pkt. 6.2.2.2.2). Die Sequenzierung wurde von der Firma AGOWA (Berlin) nach der Methode von Sanger et al. (1977) durchgeführt.
Für die Langzeitlagerung von Bakterien wurden 0,5 ml einer 5 ml Übernachtkultur mit 0,5 ml sterilem 100%igem Glycerin versetzt. Die Bakterien wurden anschließend in flüssigem Stickstoff schockgefroren und bei -80°C gelagert.
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Eine 20 ml LB-Kultur mit entsprechendem Antibiotikazusatz wurde mit 0,5 ml einer Übernachtkultur angeimpft und inkubiert. Bei einer OD600 von 0,6 - 0,8 wurde die Expression der rekombinanten Proteine durch Zugabe von IPTG auf eine Endkonzentration von 1 mM induziert. Nach 3 h Inkubation wurden 3x2 ml Kultur abgenommen und die Bakterien abzentrifugiert (5 min, 4°C, 15 000 rpm). Die Bakterinpellets wurden in jeweils 200 µl eines Löslichkeitspuffers resuspendiert. Die Löslichkeit wurde mit einem PBS/Triton X-100-Puffer, mit einem Imidazol-Puffer und mit einem 6M Harnstoff-Puffer getestet. Die Bakteriensuspension wurde 30 sec bei 60 W auf Eis beschallt und anschließend bei 15 000 rpm und 4°C für 5 min zentrifugiert. Der Überstand (lösliche Fraktion) wurde abgenommen und bei -20°C aufbewahrt. 10 µl des Überstandes und 5 µl der unlöslichen Pelletfraktionen wurden im SDS-PAGE aufgetrennt, um die Löslichkeit der rekombinanten Proteine zu beurteilen. Die Löslichkeit der rekombinanten Proteine bestimmte die Wahl der Aufreinigungsmethode.
Alle rekombinanten Proteine wurden im pET-Expressionssystems exprimiert, welches durch die Bereitstellung von 6 Histidinresten am N-Terminus der rekombinanten Proteine eine affinitätschromatographische Aufreinigung über eine Nickel-Chelat-Säule ermöglicht. Für die Aufreinigung rekombinanter Proteine wurde jeweils 1 l LB-Medium mit entsprechendem Antibiotikazusatz mit 20 ml einer Übernachtkultur angeimpft und bei 37°C und 220 rpm bis zu einer OD600 von 0,6-0,8 inkubiert. Die Expression der rekombinanten Proteine wurde durch Zugabe von IPTG auf eine Endkonzentration von 1 mM induziert. Nach einer Inkubationsdauer von 3 h wurden die Bakterien bei 4°C und 5000 rpm für 5 min abzentrifugiert. Das Bakterienpellet wurde in 20 ml Bindungspuffer resuspendiert. Nach Zugabe von Lysozym (100 µg/ml) und DNaseI (5 µg/ml) / RNase A (10 µg/ml) wurde die Suspension für 3 min auf Eis beschallt (60 W) und anschließend bei 4°C und 15 000 rpm für 30 min zentrifugiert. Der Überstand wurde mit einer Geschwindigkeit von 1 ml/min über die mit Bindungspuffer äquilibrierte Ni-NTA-Matrix (1 ml) gegeben. Die beladene Säule wurde
111
mit 10 ml Bindungspuffer und 50 ml Waschpuffer gewaschen. Die Elution des rekombinanten Proteins wurde anschließend mit dem entsprechenden Elutionspuffer induziert. Das Eluat wurde in 10 Fraktionen à 2 ml aufgefangen und anschließend dialysiert. Bei nativer Aufreinigung erfolgte die Dialyse mehrmals gegen PBS. Bei denaturierender Aufreinigung erfolgte die erste Dialyse gegen einen 1 M Harnstoffpuffer und anschließend gegen einen 0,5 M und 0,25 M Harnstoffpuffer und im weiteren mehrmals gegen PBS. Die dialysierten Fraktionen wurden sterilfiltriert.112
Die Proteinkonzentration der rekombinanten Parasitenproteine wurde mittels BCA-Test (Smith et al. 1985) bestimmt. Das Prinzip dieser Methode besteht in der Reduktion von Cu2+ zu Cu1+, die durch die Peptidbindungen der Proteine unter alkalischen Bedingungen induziert wird. Reduzierte Kupfer-Ionen bilden mit Bicinchonin-Säure (BCA) einen farbigen, wasserlöslichen Chelatkomplex, deren Absorption bei einer Wellenlänge von 562 nm gemessen wird. Die Durchführung des BCA-Tests erfolgte entsprechend den Vorgaben des Herstellers.
Die Proteinlösung wurde zu 20-50% mit Aceton versetzt und anschließend bei 4°C und 14 000 rpm für 20 min zentrifugiert. Der Überstand wurde abgenommen und wenn erforderlich, verbliebenes Protein erneut mit Aceton gefällt. Das Proteinpellet wurde in 2x SDS-Probenpuffer aufgenommen und nach Erhitzen auf 95°C (3 min) im SDS-PAGE aufgetrennt.
Aus einer 100%igen TCA-Lösung wurde ein entsprechendes Volumen zum Erreichen einer Endkonzentration von 10% zu der Proteinlösung dazugegeben und 20 min auf Eis inkubiert. Die Lösung wurde anschließend 20 min bei 4°C und 14 000 rpm zentrifugiert. Das Proteinpellet wurde mit Ethanol-Ether (1:1) gewaschen, um restliche TCA zu entfernen. Das Proteinpellet wurde in 2x SDS-Probenpuffer aufgenommen und nach Erhitzen auf 95°C im SDS-PAGE aufgetrennt.
113
Die Titration der aktiven Zentren der humanen Cysteinproteasen wurden mit E64 und mit EwC durchgeführt. Die Proteasen wurden hierfür mit verschiedenen Konzentrationen von E64 und EwC für 45 min bei RT in Mikrotiterplatten inkubiert. E64 und EwC wurden in Konzentrationen von 7, 14, 21, 28, 35, 42 und 49 nM eingesetzt. Nach Ablauf der Inkubation wurde dem Proteasen-Inhibitor-Gemisch fluorogenes Substrat zugesetzt (Tab. 6). Das Endvolumen der Ansätze betrug 250 µl. Die Restaktivität der Proteasen wurde durch unverzügliche Messung des freigesetzten fluorogenen Produktes Aminomethylcoumarin (AMC) in Abhängigkeit von der Zeit bestimmt (Exzitationswellenlänge 355 nm, Emissionswellenlänge 460 nm).
Tab. 6: Substrate und Substratkonzentration im Titrationstest.
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Substrat |
Substratkonzentration |
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Papain |
Z-Phe-Arg-AMC |
25 µM |
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Cathepsin B |
Z-Arg-Arg-AMC |
120 µM |
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Cathepsin L |
Z-Phe-Arg-AMC |
10 µM |
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Cathepsin S |
Z-Val-Val-Arg-AMC |
40 µM |
Die Titration der aktiven Zentren von rOv17 erfolgte mit titriertem, humanem Cathepsin L. Cathepsin L wurde mit verschiedenen Konzentrationen von rOv17 (7, 14, 21, 28, 35, 42, 49 nM) für 45 min bei RT in Microtiterplatten inkubiert. Nach Ablauf der Inkubation wurde dem Proteasen-Inhibitor-Gemisch Z-Phe-Arg-AMC-Substratlösung auf eine Endkonzentration von 10 µM zugesetzt. Das Endvolumen der Ansätze betrug 250 µl. Die Restaktivität der Proteasen wurde durch unverzügliche Messung des freigesetzten fluorogenen Produktes AMC in Abhängigkeit von der Zeit bestimmt (Exzitationswellenlänge 355 nm, Emissionswellenlänge 460 nm). Die Auswertung der Messungen erfolgte mit dem Programm GraphPad Prism.
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Die kinetischen Messungen erfolgten bei 37°C in einem beheizbaren Photometer über einen Zeitraum von 150 sec. Die Messungen wurden in einem 2 ml-Reaktionansatz in Quarzküvetten, die mit einem Magnetrührer versehen waren, durchgeführt. Für alle Reaktionsansätze wurde 37°C vorgewärmter Probenpuffer verwendet. Vor Beginn der Messungen wurde die Protease in ihrem Probenpuffer für 5 min bei 37°C aktiviert. Anschließend wurde die Proteaseaktivität austitriert, so daß in einem Zeitraum von 60-90 sec 1000 Fluoreszenzeinheiten freigesetzt wurden. Hierfür wurden 1980 µl des vorgewärmten Puffer-Substratlösung in die Küvette vorgelegt und 20 µl der aktivierten Proteaselösung dazugeben. Zeitgleich mit der Zugabe der Protease wurde die Messung gestartet. Entsprechend des Kurvenverlaufs wurde die Protease weiter verdünnt oder konzentriert, um die oben genannte Voraussetzung zu erfüllen. Anschließend wurde die Proteaseaktivität in Anwesenheit von verschiedenen Substratkonzentrationen über einen Zeitraum von 150 sec bei 37°C gemessen (Tab. 7). Hierfür wurden ein entsprechendes Volumen Cathepsin-Probenpuffer in die Quarzküvette vorgelegt und das entsprechende Volumen Substrat aus einer 10 mM Stammlösung zugegeben, so daß ein Endvolumen von 1980 µl erzielt wurde. Die Küvette wurde in das beheizte Fluoreszenzphotometer verbracht. Nach Nullabgleich des Gemisches wurde die Messung nach Zugabe der Protease (20 µl) zeitgleich gestartet. Die Abspaltung der fluorogenen Produktes AMC wurde bei einer Exzitationswellenlänge von 360 nm und einer Emissionswellenänge 460 nm kontinuierlich über einen Zeitraum von 150 sec aufgezeichnet. Für die Messungen wurden jeweils Doppelbestimmungen durchgeführt. Die Auswertung erfolgte mit dem Programm GraphPad Prism.
Tab. 7: Testparameter für die KM-Wert-Bestimmung.
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Cathepsin-Konzentration |
Substrat |
Getestete Substratkonzentration |
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Cathepsin B |
1,17 nM |
Z-Arg-Arg-AMC |
25; 50; 100; 200; 300; 400; 500 µM |
|
Cathepsin L |
0,47 nM |
Z-Phe-Arg-AMC |
0,5; 1,0; 2,0; 2,5; 50; 6,0; 7,0; 8,0 µM |
Der KM-Wertes für Cathepsin S war bereits am Institut für Biochemie der Universitätsklinik Jena bestimmt worden. Der Km-Wert für Papain war vorgegeben.
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Die Bestimmung der Ki-Werte für rOv17 erfolgte mit der pflanzlichen Cysteinprotease Papain und mit den humanen Cysteinproteasen Cathepsin B, L und S. Die Versuchsdurchführung erfolgte wie es bereits für die Bestimmung des Km-Wertes beschrieben wurde. Für die Bestimmung der Ki-Werte wurde die Proteaseaktivität in Anwesenheit von verschiedenen Inhibitorkonzentrationen (rOv17, trOv17) über einen Zeitraum von 320 sec bei 37°C gemessen. Der vorgewärmte Probenpuffer wurde mit der entsprechenden Menge Inhibitor in die Küvette pipettiert, so daß ein Volumen von 1980 µl erreicht wurde. Die Küvette wurde in das beheizte Fluoreszenzphotometer verbracht. Nach Zugabe der entsprechenden Protease (20 µl) wurde die Messung zeitgleich gestartet. Das Volumen des eingesetzten rOv17/trOv17 wurde so gewählt, daß 5% des Reaktionsendvolumens nicht überschritten wurden. Die getesteten Konzentrationen und Substrate sind in Tab. 8 aufgeführt. Die Messungen wurden als Doppelbestimmungen durchgeführt. Die Auswertung der Daten erfolgte mit dem Programm GraphPad Prism.
Tab. 8: Testparameter für die Bestimmung der Ki-Werte.
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Cathepsin-Konzentration |
Substratkonzentration |
Getestete rOv17-Konzentration |
Getestete trOv17-Konzentration |
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Papain |
0,10 nM |
25 µM Z-Phe-Arg-AMC |
1,7; 2,7; 3,4; 4,1; 5,5 nM |
10; 50; 100 nM |
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Cathepsin B |
1,17 nM |
40 µM Z-Arg-Arg-AMC |
3,5; 35; 70; 173 nM |
n.d. |
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Cathepsin L |
0,11 nM |
5 µM Z-Phe-Arg-AMC |
0,7; 1,4; 2,1;2,8; 3,5 nM |
10; 50; 100 nM |
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Cathepsin S |
0,09 nM |
40 µM Z-Val-Val-Arg-AMC |
0,7; 1,4; 2,1;2,8; 3,5 nM |
10; 50; 100 nM |
Das Kontrollprotein rOv33 wurde beispielhaft im Aktivitätstest mit Papain in einer Konzentration von 50, 100 und 200 nM getestet.
Die Markierung der rekombinanten Parasitenproteine rOv17, trOv17 und rOv33 wurde mit einem Fluoreszein Labeling Kit durchgeführt. Die Markierung der Proteine erfolgte entsprechend der Durchführungsvorschriften des Herstellers. Der molare Reaktionsansatz wurde so gewählt, daß 1 Molekül Protein mit 5 Molekülen Fluos umgesetzt wurde.
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Rekombinant, aufgereinigte Parasitenproteine, Bakterienproteingemische und OvAg-Gesamtextrakt wurden mittels SDS-PAGE unter Anwendung des diskontinuierlichen Puffer-System nach Laemmli (1970) analysiert. Beurteilt wurden die Auftrennung von Proteinen und die Reinheit von Proteinfraktionen. Zudem erfolgte eine Schätzung des Molekulargewichts und der Konzentration der aufgetrennten Proteine.
Für die Anfertigung der Acrylamidgele wurden Minigel-Apparaturen verwendet. Die Acrylamidkonzentration (12,5%, 14%, 16%) des Trenngeles wurde entsprechend des Molekulargewichts der aufzutrennenden Proteine variiert. Für das Sammelgel wurde eine 6%ige Acrylamidlösung verwendet. Die zu analysierenden Proteinfraktionen wurden mit 2x Probenpuffer versetzt und 3 min bei 95°C erhitzt. Nach Beladung des Polyacrylamidgels wurden die Proben bei 120-160 V bei RT oder 4°C aufgetrennt. Zur Charakterisierung des Molekulargewichts der aufzutrennenden Proteine wurde jeweils ein Standard mit vorgefärbten Proteinen definierter Größe im SDS-PAGE mitgeführt. Nach erfolgter Elektrophorese wurden die aufgetrennten Fraktionen im Coomassie-Bad angefärbt und anschließend entfärbt und getrocknet. Für eine weitere immunologische Charakterisierung wurden die aufgetrennten Fraktionen elektrophoretisch auf eine Nitrozellulose-Membran transferiert (Towbin et al. 1979).
Für den Nachweis von Proteinen durch spezifische Antikörper wurden die im SDS-PAGE aufgetrennten Proteine bei 400 mA für 3 h oder über Nacht bei 80 mA elektrophoretisch auf eine Nitrozellulosemembran (NZ-Membran) transferiert. Die NZ-Membran wurde anschließend in 3% BSA/TBS für 15 min bei RT inkubiert, um die freien Bindungsstellen der NZ-Membran zu blockieren. Nach 3x Waschem mit TBS wurde die NZ-Membran mit dem ersten Antikörper für 1,5 h bei RT unter Schütteln inkubiert. Nach der Inkubation wurden nichtgebundene Antikörper durch 3x Waschen mit TBS entfernt. Die NZ-Membran wurde
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anschließend für weitere 1,5 h bei RT mit dem zweiten, Peroxidase-konjugierten Antikörper inkubiert. Anschließend wurde nach 3x Waschen der NZ-Membran mit TBS die Farbreaktion durch Zugabe des entsprechenden Substrates induziert. Durch Waschen der NZ-Membran in TBS wurde die Farbreaktion gestoppt. Die NZ-Membran wurde anschließend getrocknet.
rOv17:
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1. Antikörper: |
anti-rOv17 Kaninchenserum, 1:500 in BSA/TBS verdünnt |
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2. Antikörper: |
Peroxidase-konjugierter Ziege anti-Kaninchen Ak, 1:10000 in 3% BSA/TBS verdünnt |
rOv33:
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1. Antikörper: |
anti-rOv33 monoklonaler Maus-Antikörper, IVA7, unverdünnt |
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2. Antikörper: |
Peroxidase-konjugierter Ziege anti-Maus Ak, 1:10000 in 3% BSA/TBS verdünnt |
Für die Immunisierung der Mäuse wurde das Adjuvans STP, welches sowohl die humorale als auch die zellvermittelte Immunantwort anregt, eingesetzt. Jeweils 6 männliche BALB/c Mäuse (ca. 7 Wochen alt) wurden 3x im Abstand von 12 Tagen mit jeweils 25 µg OvAg in STP immunisiert. Die Mäuse wurden mit dem Narkotikum Metoxyfluran betäubt. Pro Impfdosis wurden 25 µg/250 µl PBS mit 250 µl STP gemischt und subkutan appliziert. 14 Tage nach der letzten Immunisierung wurden die Mäuse getötet und die Milzzellen für einen antigenspezifischen Proliferationstest präpariert.
Für die Zytokinbestimmung wurde der 6 h, 24 h und 48 h Kulturüberstand von unstimulierten oder polyklonal-stimulierten PBMC gewonnen. In den Überständen wurde die Konzentration von IL-2, IL-4, IL-10, IL-12p40, TNF-
, TGF-
und IFN-
bestimmt. Verwendet wurden kommerzielle ELISA-Sets. Die ELISA wurden entsprechend der Vorgaben des Herstellers
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durchgeführt. Für die Bestimmung von IL-2 und IL-12p40 wurden die Kulturüberstände 1:2, für IL-10 1:5 und für die Messung von TGF-
und IFN-
1:10 verdünnt. Für die Bestimmung von IL-4 wurden unverdünnte Kulturüberstände eingesetzt. Die Überstände aus den Neutralisationsversuchen mit anti-IL-10 Ak wurden für die Bestimmung von IL-10 1:5, für die Bestimmung von IL-12p40 1:10 und für die Messung von IFN
1:20 verdünnt.
Für die Bestimmung der Onchocystatin Ausscheidung wurden 24 h Kulturüberstände von 5 verschiedenen O. volvulus Weibchen verwendet. Hierfür wurden ELISA-Platten mit 50 µl Kulturüberstand plus 25 µl Beschichtungspuffer und mit verschiedenen Konzentrationen von rOv17 beschichtet und über Nacht bei 4°C inkubiert. Nach 3x Waschen mit PBS/0,025% Tween-20 erfolgte eine 30 minütige Inkubation mit Blockierungspuffer (3% BSA/TBS) bei 37°C. Nach einem erneuten Waschschritt wurde gebundenes Antigen mit einer 1:5000 Verdünnung des rOv17 Kaninchenserums in einem Volumen von 50 µl für 1 h bei 37°C inkubiert. Nach 3x Waschen wurde ein Peroxidase-konjugierter Ziege-anti-Kaninchen Antikörper in einer Verdünnung von 1:1000 eingesetzt (50 µl), um gebundene rOv17 Ak zu quantifizieren. Nach erneutem Waschen wurden 50 µl der entsprechenden Enzym-Substrat-Lösung zugegeben. Die Farbreaktion wurde nach 1 min mit 1 M H2SO4 gestoppt und die Extinktion bei 450 nm im ELISA-Meßgerät bestimmt. Als Kontrolle wurde ein Kaninchen-anti-Eimerien Hyperimmunserum (1:5000 verdünnt) getestet.
Humanes Blut wurde mit RPMI 1:1 verdünnt und 300 µl dieser Verdünnung mit 0,5 µM Fluos-markiertem rOv17, trOv17 und rOv33 in einem 2 ml-Reaktionsgefäß für 2 h bei 37°C schüttelnd inkubiert. Nach Ablauf der Inkubationszeit wurden 100 µl Inkubationsansatz für eine CD14-Markierung ohne Quenching und 100 µl für eine CD14-Markierung mit Quenching in je ein Serum-Röhrchen überführt. Die Proben für eine CD14-Markierung ohne Quenching wurden 20 min mit 5 µl PE-Cy5-makierten CD14-Antikörpern bei 4°C inkubiert.
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Anschließend wurden die Erythrozyten durch Zugabe von 1 ml einer Erylyse-Lösung bei RT für 15 min lysiert. Die Zellen wurden anschließend zentrifugiert (4°C/5 min/1000 rpm) und nach einem Waschschritt mit 1 ml FACS-Puffer im Durchflußzytometer analysiert. Die Proben, die gequencht und CD14 markiert werden sollten, wurden zunächst mit 50 µl Quenching-Reagenz versetzt und anschließend sofort 3x mit 1ml FACS-Puffer gewaschen. Nach dem letzten Waschschritt wurden die Zellen resuspendiert und mit 5 µl PE-Cy5-markiertem CD14-Antikörper für 20 min bei 4°C inkubiert. Die Zellen wurden anschließend wie bereits beschrieben für die durchflußzytometrische Analyse aufbereitet.
Humane PBMC (8x105) wurden für 72 h mit verschiedenen Konzentrationen von rOv17, trOv17 und rOv33 bei 37°C inkubiert. Für die anschließende FACS-Analyse der HLA-DR-, CD80-, CD86- und CD40-Expression humaner Monozyten wurde eine Doppelfluoreszenzmarkierung durchgeführt. Monozyten wurden durch eine CD14-Markierung unter Verwendung von PE-Cy5-konjugierten anti-CD14 Ak identifiziert. Für die Markierung von HLA-DR, CD80, CD86 und CD40 wurden PE-konjugierte anti-HLA-DR Ak, FITC-konjugierte anti-CD80 Ak, PE-konjugierte anti-CD86 Ak und FITC-konjugierte anti-CD40 Ak verwendet. Als Kontrollen wurde FITC-konjugiertes IgG1 und PE-konjugiertes IgG2a eingesetzt.
Nach Ablauf der Inkubation der PBMC mit rOv17, trOv17 und rOv33 wurden die Zellen vorsichtig resuspendiert und zu je 2x108 in Serum-Röhrchen überführt. Nach dem Waschen der PBMC mit 1 ml FACS-Puffer (5 min/1000 rpm/4°C) wurden die Zellen zur Markierung der Oberflächenmoleküle für 20 min bei 4°C mit den entsprechenden Ak inkubiert. Nach einem weiteren Waschschritt wurde die Expression der Oberflächenmoleküle im Durchflußzytometer analysiert.
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Die Mäuse wurden durch CO2-Inhalation getötet und in ein 70%iges Ethanolbad getaucht. Die Milz wurde steril entnommen und durch ein engmaschiges Sieb mit Hilfe eines Stempels passiert. Die Milzzellsuspension wurde durch auf- und abpipettieren homogenisiert und nachfolgend in ein 50 ml-Reaktionsgefäß überführt. Die Milzzellsuspension wurde mit kaltem RPMI auf 40 ml aufgefüllt und 10 min auf Eis inkubiert, um Zellklumpen und grobe Bindegewebsteile sedimentieren zu lassen. Der Überstand wurde anschließend in ein neues 50 ml-Reaktionsgefäß pipettiert und bei 4°C und 1100 rpm für 10 min zentrifugiert. Nach Entfernen des Überstandes wurde das Milzzellpellet aufgeschüttelt und 10 min in 11 ml Erylyse-Lösung auf Eis inkubiert. Nach der anschließenden Zentrifugation wurden die Milzzellen 2x mit RPMI gewaschen und in 3 ml RPMI komplett aufgenommen. Die Zellzahl wurde in einer 1:100 Verdünnung mit Trypanblau in einer Neubauer-Zählkammer bestimmt.
Die Präparation von humanen PBMC wurde mittels einer Ficoll-Dichtegradienten-Zentrifugation durchgeführt. Pro Spender wurden 30 ml Blut zur Aufreinigung von PBMC verwendet. Das Blut wurde mit PBS 1:1 verdünnt. In einem 15 ml-Reaktionsgefäß wurden 3 ml Ficoll mit 10 ml verdünntem Blut überschichtet. In einem 50 ml-Reaktionsgefäß wurden 12 ml Ficoll mit 40 verdünntem ml Blut überschichtet. Nach einer Zentrifugation bei 18°C und 1200 rpm für 40 min (ohne Bremse) wurde die PBMC-Fraktion in ein 50 ml-Reaktionsgefäß überführt und 3x mit 30 ml RPMI gewaschen (18°C/1200 rpm/10 min). Anschließend wurden die PBMC in 10 ml RPMI komplett aufgenommen und die Zellzahl in einer 1:100 Verdünnung mit Trypanblau in einer Neubauer-Zählkammer bestimmt.
CD14+-Zellen wurden aus aufgereinigten PBMC depletiert. Für die Depletion wurden CD14 MicroBeads verwendet. Nach der Aufreinigung der PBMC wurden alle Manipulationen der PBMC auf Eis oder bei 4°C durchgeführt.
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PBMC, die aus der Aufreinigung von 30 ml Blut gewonnen wurden (3-6x107 Zellen), wurden mit 40 ml PBS/1% BSA gewaschen und anschließend in 800 µl PBS/1% BSA resuspendiert. Die PBMC wurden anschließend für die Blockade von Fc-Rezeptoren mit 3 mg/ml Beriglobin und mit CD14 MicroBeads im Verhältnis 1:5 (200 µl) für 20 min bei 4°C inkubiert. Nach der Inkubation wurden die Zellen mit 14 ml PBS/1%BSA gewaschen (4°C/1200 rpm/ 10 min) und anschließend in 1 ml PBS/1%BSA resuspendiert. Für die Depletion von CD14+-Zellen wurden VS+-Säulen verwendet. Die weitere Durchführung der Depletion erfolgte entsprechend der Protokollvorgaben des Herstellers.Die Effektivität der CD14+-Depletion wurde durch eine CD14-Markierung der einzelnen Zellfraktionen mit FITC-konjugierten anti-CD14-Ak und anschließender FACS-Analyse überprüft. Hierfür wurden jeweils 50 µl der Zellfraktionen mit 1 ml PBS/1%BSA gewaschen (4°C/2000 rpm/10 min), in 100 µl PBS/1% BSA resuspendiert und mit FITC-konjugierten anti-CD14-Ak (1:50 verdünnt) für 10 min bei 4°C inkubiert. Nach dem Waschen der markierten Zellen mit 1 ml PBS/1%BSA wurden die Zellen im Durchflußzytometer analysiert. Die CD14+-negative Zellfraktion wurden auf 97-99% angereichert. Die CD14+-depletierte Zellfraktion wurden anschließend mit 40 ml RPMI gewaschen und in 10 ml RPMI komplett aufgenommen. Die Zellen wurden in einer 6-well Kulturplatte verteilt und bei 37°C für 1 h inkubiert. Noch vorhandene Monozyten wurden so durch Adhärenz aus der Zellfraktion entfernt. Das Adhärenzverfahren wurde nochmals wiederholt und die nichtadhärenten Zellen anschließend mit RPMI komplett über Nacht bei 37°C inkubiert. Die CD14+-depletierten Zellen wurden geerntet, zentrifugiert (RT/1200 rpm/10 min) und in RPMI komplett aufgenommen.
Humane PBMC wurden in einer Konzentration von 3,5x105 Zellen pro well in eine 96-well Flachbodenplatte ausplattiert und mit 10 µg/ml PHA stimuliert. Zu den stimulierten PBMC wurden verschiedene Konzentrationen von rOv17 (0,1 µM, 0,25 µM, 0,5 µM) und dem Kontrollprotein, rOv33 zugegeben. Für Neutralisationsstudien wurde zu den Ansätzen 1µl anti-rOv17 Kaninchenserum zugegeben. Das Endvolumen der Proliferationstests betrug 200 µl. Die Zellen wurden bei 37°C, 100% Luftfeuchtigkeit und einem CO2 Gehalt von 5% für 72
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h inkubiert. Für die Bestimmung der Proliferation der PBMC wurden in den letzten 20 h der Inkubation pro Well 1 µCi 3H-Thymidin zugegeben.
Humane PBMC (3,5 x 105/well) wurden mit löslichen oder immobilisierten anti-CD3 Ak stimuliert. Für die Stimulation mit löslichen anti-CD3 Ak wurden diese in einer Konzentration von 10 ng/ml eingesetzt. Für die Immobilisation von anti-CD3 Ak wurden 50 µl einer 100 µg/ml konzentrierten anti-CD3 Ak Stammlösung pro well einer 96-well Flachbodenplatte pipettiert. und 2 h bei 37°C inkubiert. Nicht gebundene Antikörper wurden durch 2x Waschen mit 100 µl PBS entfernt. Die anti-CD3 Ak stimulierte Proliferation wurde in Anwesenheit von 0,5 µM rOv17, trOv17, rOv33 und 200 pg/ml LPS untersucht. Für Neutralisationsstudien wurden 5 µg/ml anti-IL-10 Ak oder 5 µg/ml eines Maus-IgG1 Kontroll-Ak eingesetzt. Das Endvolumen der Proliferationstests betrug 200 µl. Die Zellen wurden bei 37°C, 100% Luftfeuchtigkeit und einem CO2 Gehalt von 5% für 72 inkubiert. Zur Quantifizierung der Proliferation wurden die Zellen 20 h vor Ablauf der Inkubationszeit mit 1 µCi 3H-Thymidin inkubiert. Alle Ansätze wurden in Dreieransätzen durchgeführt und alle Versuche mindestens einmal wiederholt.
Humane PBMC wurden in einer Konzentration von 3,5x105 Zellen pro well in eine 96-well Flachbodenplatte ausplattiert, mit 10 IE/ml PPD stimuliert und der Einfluß von 0,5 µM rOv17, trOv17 und rOv33 auf die Proliferation untersucht. Die Zellen wurden bei 37°C, 100% Luftfeuchtigkeit und einem CO2 Gehalt von 5% für 96 h inkubiert. Zur Quantifizierung der Proliferation wurden die Zellen 20 h vor Ablauf der Inkubationszeit mit 1 µCi 3H-Thymidin inkubiert. Alle Ansätze wurden in Dreieransätzen durchgeführt.
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Die CD14+-depletierten PBMC wurden in einer Konzentration von 2x105 Zellen pro well in eine 96-well Flachbodenplatte ausplattiert und mit 2 µg/ml anti-CD3/2,5 µg/ml anti-CD28 Ak oder mit 10 µg/ml PHA stimuliert. Zu den stimulierten PBMC wurden 0,5 µM rOv17, trOv17 und rOv33 zugegeben. Das Endvolumen der Proliferationstests betrug 200 µl. Die Zellen wurden bei 37°C, 100% Luftfeuchtigkeit und einem CO2 Gehalt von 5% für 72 inkubiert. Zur Quantifizierung der Proliferation wurden die Zellen 20 h vor Ablauf der Inkubationszeit mit 1 µCi 3H-Thymidin inkubiert. Alle Ansätze wurden in Dreieransätzen durchgeführt und alle Versuche mindestens einmal wiederholt.
Die Milzzellen (3,5x105/well) von OvAg-immunisierten Mäusen wurden mit 10 µg/ml OvAg stimuliert und mit 0,5 µM rOv17, trOv17 oder rOv33 für 96 h bei 37°C, 100% Luftfeuchtigkeit und einem CO2-Gehalt von 5% inkubiert. Nach einer Inkubation von 76h wurden die Zellen mit je 1 µCi 3H-Thymidin versetzt und weitere 20 h inkubiert.
Zellkulturüberstände wurden nach 6 h, 24 h und 48 h von unstimulierten oder polyklonal stimulierten humanen PBMC geerntet und bei -80°C gelagert.
Die Proliferation der Zellen wurden durch den Einbau von 3H-Thymidin in die DNA sich teilender Zellen quantifiziert. Hierfür wurden die Zellen in den letzten 20 h der Inkubation mit 1 µCi 3H-Thymidin inkubiert. Nach Ablauf der Inkubationszeit wurden die radioaktiv markierten Zellen mit Hilfe eines Zellerntes auf Glasfaserfilter überführt. Die Filter wurden 1
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h bei 50°C getrocknet. Anschließend wurde auf einer Heizplatte bei 100°C eine Szintillatiosmembran auf die Glasfaserfilter aufgeschmolzen. Nach Erstarren der Szintillationsmembran wurde die Radioaktivität des inkorporierten 3H-Thymidins in einem Beta-Counter mit einer Zählzeit von 1 min gemessen. Die Proliferation wurde als Funktion der Radioaktivität in cpm dargestellt.
Die LPS-Konzentration der rekombinanten Proteine wurde mit einem kommerziellen Testkit (Quantitativer Chromogener LAL-Test) bestimmt. Die Proteinfraktionen wurden in einer Verdünnung von 1:100 eingesetzt. Die Durchführung erfolgte entsprechend der Vorgaben des Herstellers.
Die statistische Auswertung der Daten wurde am Institut für Informatik der Humboldt-Universität zu Berlin unter Verwendung des Student-T-Tests oder des Wilcoxon-Rank-Tests durchgeführt.
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HTML - Version erstellt am: Fri Jun 8 15:42:14 2001 |