| Autor(en): |
Manuel Andrade |
Titel: |
Identifizerung von Candia-Spezies und -Stämmen durch den Nachweis von polymorphen DNA-Regionen in der PCR |
| Gutachter: |
H. Bernardt; H.-J. Tietz; Hans-Christian Korting |
| Erscheinungsdatum: |
12.07.1999 |
| Volltext: |
html
(urn:nbn:de:kobv:11-10010065)
pdf
(urn:nbn:de:kobv:11-10010077)
|
| Fachgebiet(e): |
Medizin |
| Schlagwörter (ger): |
PCR, Candida, Polymorphismus, Identifizierung, ITS-Region |
| Schlagwörter (eng): |
PCR, Candida, polymorfism, identification, ITS-region |
| Einrichtung: |
Humboldt-Universität zu Berlin, Medizinische Fakultät - Universitätsklinikum Charité |
| Zitationshinweis: |
Andrade, Manuel:
Identifizerung von Candia-Spezies und -Stämmen durch den Nachweis von polymorphen DNA-Regionen in der PCR;
Dissertation,
Humboldt-Universität zu Berlin, Medizinische Fakultät - Universitätsklinikum Charité , publiziert am 12.07.1999, urn:nbn:de:kobv:11-10010080
|
Metadatenexport:
 Um
den gesamten Metadatensatz im Endnote- oder
Bibtex-Format zu speichern,
klicken Sie bitte auf den entsprechenden Link.
|
Endnote
Bibtex
|
| print on demand:
Wenn
Sie auf dieses Icon klicken, können Sie
ein Druckexemplar dieser Publikation bestellen.
|
|
| Diese Seite taggen:
Diese
Icons führen auf so genannte Social-Bookmark-Systeme, auf denen Sie
Lesezeichen anlegen, persönliche Tags vergeben und Lesezeichen anderer Nutzer
ansehen können.
|
|
| Abstract (ger): |
| Für die Identifizierung bzw. Differenzierung von Candida- Spezies und -Stämmen sowie für die Bestimmung der
genetischen und epidemiologischen Verwandtschaft von Stämmen der gleichen Spezies wurde eine
PCR-Fingerprint-Technik und eine RFLP-Analyse der amplifizierten ITS-Region angewandt. Das
PCR-Fingerprinting amplifiziert anonyme Sequenzen in der chromosomalen DNA, die über das gesamte Genom
verteilt sind. Die ITS-Region ist Bestandteil des ribosomalen Operons, welches in ca. 50-100 Kopien/Zelle
vorhanden ist.
1.a. Beide molekularbiologischen Verfahren wurden zur Unterscheidung von routinemäßig schwer
differenzierbaren klinischen Candida famata und Candida guilliermondii-Isolaten genutzt. Von insgesamt 37
fraglichen Stämmen konnten 31 als C. guilliermondii und 3 als C. famata identifiziert werden, die drei verbliebenen
Stämme waren mit diesen Techniken nicht identifizierbar. Mit der Biochemotypie gelang nur die Zuordnung eines
der 3 C. famata-Isolate sowie von 23 der 31 C. guilliermondii-Isolate. 14 Isolate wurden mit den konventionellen
Methoden gar nicht oder falsch identifiziert.
1b. Mit dem PCR-Fingerprinting wurde auch die Spezieszugehörigkeit phänotypisch veränderter Candida
albicans-Isolate überprüft. Alle atypischen Stämme, bei denen solche für C.albicans charakteristischen Merkmale
wie die Bildung von Chlamydosporen, die Verwertung der Aminozucker Glukosamin und N-Acetylglukosamin
sowie die Assimilation von 2-Ketogluconat und Xylose nicht ausgeprägt waren, wiesen die für C. albicans
typischen Fingerprintmuster auf. Unsere Studie zeigte, daß die biochemische Typisierung an Grenzen stößt, wenn
typische Stoffwechselreaktionen nicht nachgewiesen werden können.
2. Bei 6 verschiedenen C. albicans-Populationen aus Angola, Madagaskar, Deutschland und Portugal wurde die
Variabilität phänotypischer und genotypischer Merkmale untersucht, wobei in diese Analyse auch atypische
Stämme miteinbezogen wurden. Während die phänotypischen Eigenschaften, bis auf die der atypischen Stämme,
kaum variierten, wurden für die insgesamt 212 C. albicans-Isolate 87 unterschiedliche
PCR-Fingerprint-Genotypen nachgewiesen. Eine Analyse der Beziehungen zwischen den
Fingerprint-Genotypen wurde mit der UPGMA-Distanz-Methode durchgeführt.
3. Weiterhin wurden Candida-Vaginalisolate von Patientinnen mit rezidivierenden Episoden von
Candida-Vaginitis mit Stämmen verglichen, die aus anderen Körperregionen stammten bzw. bei ihren Partnern
isoliert wurden. Es konnte gezeigt werden, daß Stammaustausche zwischen den Partnern vorkommen, ein Stamm
ohne oder mit geringfügigen genotypischen Veränderungen trotz Therapie persistieren kann und daß eine
Reinfektion auch durch einen neuen Stamm möglich ist.
Das Problem der Erregeridentifizierung in der mykologischen Labordiagnostik ist sowohl klinisch als auch
epidemiologisch relevant. Molekularbiologische Methoden sollen gut funktionierende konventionelle Methoden
zur Erregeridentifizierung nicht ersetzen, können aber bei Problemfällen eine wertvolle Ergänzung für die
mykologische Diagnostik vorzugsweise in fachständigen Referenzlaboratorien darstellen. |
| Abstract (eng): |
| A PCR fingerprinting approach and a RFLP analysis of the amplified ITS region were used to differentiate Candida
species and strains as well as to assess genetic and epidemiological relationships of strains belonging to the
same species. The PCR fingerprinting amplifies anonymous DNA sequences sampled throughout the whole
genome. The ITS region is part of the ribosomal operon which occurs in tandem arrays of nearly 50-100 copies
in one cell.
1.a. Both methods were used to identify clinical isolates of C. famata and C. guilliermondii which were difficult to
differentiate with routine methods. Out of 37 ambiguous isolates 31 could be identified as C. guilliermondii, 3 as C.
famata and the other 3 were not identifiable. Biochemical typing (Api 32 C V.1) identified only 23 out of 31 C.
guilliermondii and 1 out of 3 C. famata whereas 14 isolates were misidentified or not identified at all.
1.b. By using the PCR fingerprinting technique strains of C. albicans with altered phenotypes could be identified
at species level. Atypical isolates which did not express those characteristics which are thought to be typical for
C.albicans like the formation of clamydospores, the ability to metabolise the amino sugars glucosamine and
N-acetylglucosamine as the sole carbon source or to assimilate 2-ketogluconate and xylose showed the PCR
patterns typical for C.albicans. Our study revealed that biochemical and morphological methods of species
identification are limited if some of the key reactions fail.
2. We investigated the variability of phenotypic and genotypic properties of 6 different C. albicans populations
from different countries (Angola, Madagascar, Portugal and Germany) including atypical strains. Except for the
atypical strains only very little phenotypical variation was observed. However, 87 different genotypes were found
among the 212 strains. The relatedness of the fingerprint-genotypes were analysed by measuring genetic
distances with the UPGMA method.
3. Vaginal isolates of Candida spp. obtained from patients with recurrent episodes of vaginitis were compared with
isolates from different body locations of the women and from their male partners. It has been shown that strain
exchanges between the partners occur, that the original strain with or without minor genotypic changes can
persist despite of the therapy, but also that reinfection by a new strain is possible.
The identification of an ethiological agent by the mycological diagnostic laboratory is of clinical and
epidemiological importance. Molecular biological methods should not replace well established conventional
methods but they can supplement the identification of fungal pathogens in specialised reference laboratories if
diagnosis cannot be achieved easily by conventional diagnostic procedures. |
Zugriffsstatistik:
Die Daten für die Zugriffsstatistik der einzelnen Dokumente
wurden aus den durch AWStats aggregierten Webserver-Logs erstellt.
Sie beziehen sich auf den monatlichen Zugriff auf den Volltext sowie
auf die Startseite. Die Zugriffsstatistik wird nicht standardisiert erfasst und kann maschinelle Zugriffe enthalten.
Bei Formatversionen eines Dokuments, die aus mehreren Dateien bestehen
(insbesondere HTML), wird jeweils der monatlich höchste Zugriffswert
auf eine der Dateien (Kapitel) des Dokuments angezeigt.
Um die detaillierten Zugriffszahlen zu sehen,
fahren Sie bitte mit dem Mauszeiger
über die einzelnen Balken des Diagramms.
|
   | | | | | | | | | | | | | | | | | | | Jun
11 | Jul
11 | Aug
11 | Sep
11 | Oct
11 | Nov
11 | Dec
11 | Feb
12 | Apr
12 | May
12 | Jun
12 | Jul
12 | Aug
12 | Sep
12 | Oct
12 | Nov
12 | Dec
12 | Jan
13 | Apr
13 |
| Monat | Jun
11 | Jul
11 | Aug
11 | Sep
11 | Oct
11 | Nov
11 | Dec
11 | Feb
12 | Apr
12 | May
12 | Jun
12 | Jul
12 | Aug
12 | Sep
12 | Oct
12 | Nov
12 | Dec
12 | Jan
13 | Apr
13 | | Startseite | 12 | 7 | 6 | 8 | 2 | 2 | 1 | 5 | 25 | 9 | 16 | 10 | 9 | 11 | 18 | 22 | 7 | 7 | 5 | | HTML | 27 | 32 | 14 | 103 | 37 | 42 | 39 | 57 | 63 | 44 | 52 | 55 | 41 | 89 | 62 | 67 | 38 | 63 | 40 | | PDF | 376 | 278 | 278 | 469 | 481 | 368 | 296 | 589 | 416 | 327 | 326 | 362 | 332 | 352 | 403 | 319 | 335 | 344 | 262 |
Gesamtzahl der Zugriffe seit Jun 2011: - Startseite – 182 (9.58 pro Monat)
- HTML – 965 (50.79 pro Monat)
- PDF – 6913 (363.84 pro Monat)
|
