Solid phase synthesis of thiazole orange labeled peptide nucleic acids for homogeneous detection of single base mutation in DNA

Dilip Venkatrao Jarikote

edoc-Server der Humboldt-Universität zu Berlin

Dissertation

Autor(en):	Dilip Venkatrao Jarikote
Titel:	Solid phase synthesis of thiazole orange labeled peptide nucleic acids for homogeneous detection of single base mutation in DNA
Gutachter:	Beate Röder; Oliver Seitz; Ronald Micura
Erscheinungsdatum:	26.02.2007
Volltext:	pdf (urn:nbn:de:kobv:11-10075844)
Fachgebiet(e):	Chemie
Schlagwörter (ger):	PNA, DNA, Cyanin, Fluoreszenze
Schlagwörter (eng):	PNA, Cyanine, DNA, Fluorescence
Einrichtung:	Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I
Zitationshinweis:	Jarikote, Dilip Venkatrao: Solid phase synthesis of thiazole orange labeled peptide nucleic acids for homogeneous detection of single base mutation in DNA; Dissertation, Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I , publiziert am 26.02.2007, urn:nbn:de:kobv:11-10075844
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Abstract (ger):

Interkalatorfarbstoffe wie Thiazolorange (TO) wurden an Stelle einer internen Nucleobase in PNA eingebaut. Solche Konjugate werden als FIT-Sonden (Forced Intercalation of Thiazole Orange) bezeichnet. Bei Hybridisierung interkaliert Thiazolorange in unmittelbarer Nachbarschaft zu einem mismatch Basenpaar in einen PNA·DNA-Duplex . Diese Arbeit befasste sich zunächst mit der Entwicklung einer linearen Strategie für die Festphasensynthese von PNA. Um den Einfluss der stacking- und pairing-Partner von Thiazolorange auf Stabilität und optische Eigenschaften der entsprechenden PNA•DNA-Duplexe zu untersuchen, wurden sowohl N-terminal (x) als auch C-terminal (y) benachbarte. Basen von TO in Aeg-TO- und D-Orn-TO-Oligomeren variiert. Die durchgeführten Studien belegen, dass das Thiazolorange-Basensurrogat seine Fluoreszenzintensität bei Hybridisierung am stärksten ändert, wenn es von zwei Adenin-Bausteinen flankiert wird. In Light-up-Sonden ist TO über einen flexiblen Linker mit dem N-oder C-Terminus des Oligomers verbunden, in FIT-Sonden ist eine Base durch TO ersetzt. Beide Varianten wurde in Hybridisierungsexperimenten miteinander verglichen.

Abstract (eng):

Intercalator dyes such as thiazole orange have been linked into PNA by replacing an internal nucleobase. In these conjugates the DNA stain thiazole orange (TO) was forced to intercalate next to mismatched base pairs in a PNA•DNA duplex. These conjugates were named as FIT (Forced Intercalation of Thiazole orange) probes and are used to find single base mutation. This work was first concerned with the development of a linear strategy for the solidphase synthesis of FIT-PNA. To explore the influence of thiazole orange stacking and pairing partners on stability and optical properties of duplexes the N’-terminal (x) and C’-terminal (y) bases of thiazole orange environment were varied for both Aeg-TO and D-Orn-TO containing oligomers. The above studies showed that the fluorescence of the thiazole orange base surrogate is most responsive to hybridisation when TO is flanked by adenine-adenine. The influence of the different attachment modes was explored by the hybridization experiments.

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