edoc-Server der Humboldt-Universität zu Berlin

Dissertation

Autor(en): Alexander Krah
Titel: Die Entwicklung von Immunoproteomics-Methoden am Beispiel der Identifizierung Magenkarzinom-assoziierter Helicobacter pylori Antigene
Gutachter: Peter-Michael Kloetzel; Thomas F. Meyer; Wolfgang Lockau
Erscheinungsdatum: 20.12.2004
Volltext: html (urn:nbn:de:kobv:11-10040554)
pdf (urn:nbn:de:kobv:11-10035178)
Fachgebiet(e): Biowissenschaften, Biologie
Schlagwörter (ger): Helicobacter pylori, Antikörper, Immunoproteomics, Magenkarzinom, Ulkus duodeni, Antigen, Patientenserum, Immunoblot, Proteinidentifizierung, MALDI-TOF/TOF Massenspektrometrie, Immunopräzipitation, Affinitätsreinigung.
Schlagwörter (eng): Helicobacter pylori, antibody, immunoproteomics, gastric carcinoma, duodenal ulcer, antigen, patient serum, immunoblot, protein identification, MALDI-TOF/TOF mass spectrometry, immunoprecipitation, affinity purification.
Einrichtung: Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I
Zitationshinweis: Krah, Alexander: Die Entwicklung von Immunoproteomics-Methoden am Beispiel der Identifizierung Magenkarzinom-assoziierter Helicobacter pylori Antigene; Dissertation, Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I , publiziert am 20.12.2004, urn:nbn:de:kobv:11-10035178
Metadatenexport: Um den gesamten Metadatensatz im Endnote- oder Bibtex-Format zu speichern, klicken Sie bitte auf den entsprechenden Link. Endnote   Bibtex  
print on demand: Wenn Sie auf dieses Icon klicken, können Sie ein Druckexemplar dieser Publikation bestellen.
Diese Seite taggen: Diese Icons führen auf so genannte Social-Bookmark-Systeme, auf denen Sie Lesezeichen anlegen, persönliche Tags vergeben und Lesezeichen anderer Nutzer ansehen können.
  • connotea
  • del.icio.us
  • Furl
  • RawSugar

Abstract (ger):
Das magenbesiedelnde Bakterium Helicobacter pylori gehört zu den am weitesten verbreiteten Infektionserregern. Obwohl die Infektion meist lebenslang symptomlos verläuft, kann H. pylori bei einigen Menschen schwere Erkrankungen bis hin zum Magenkarzinom verursachen. Ziele dieser Arbeit waren Magenkarzinom-assoziierte Antigene für einen diagnostischen Test zu finden und Methoden zur Untersuchung von Spotkompositionen mittels MALDI-TOF/TOF Massenspektrometrie zu entwickeln. Im ersten Teil der Promotion wurden die Antigenerkennungsmuster von 30 Magenadenokarzinom- mit 30 Ulkus duodeni-Patienten mithilfe hochauflösender zweidimensionaler Immunoblots von H. pylori Lysat verglichen. Diese fokussierte Gegenüberstellung eignet sich gut für diese Fragestellung, da beide Erkrankungen von diesem Bakterium verursacht werden, aber nur sehr selten gemeinsam auftreten. Durch univariate statistische Analysen wurden 14 Magenkarzinom korrelierte Spots gefunden (p<0,01), die mit MALDI-TOF Massenspektrometrie als folgende Proteine identifiziert wurden: GroES, GroEL und HyuA. Diese drei ORFs kodieren für hochkonservierte Antigene, die keine evidente Rolle in der Virulenz spielen und deshalb als Surrogatmarker der Erkrankung angesehen werden können. Im zweiten Teil dieser Arbeit wurde die genaue Zusammensetzung mittels zweidimensionaler Gelelektrophorese separierter Spots untersucht. Diese können mehr als eine Komponente enthalten, so dass nicht immer eindeutig entschieden werden kann, welche von Antikörpern erkannt wurde. Für die Analyse von Spotkompositionen gibt es bisher keine Standardvorgehensweise. Aus diesem Grunde wurden hier Methoden entwickelt, mit denen Nebenkomponenten von Spots detektiert werden können. Dies geschah durch Anwendung der hierarchischen Clusteranalyse und der Weiterentwicklung der Korrespondenzanalyse für MALDI-TOF Massenspektren. Für die o.g. Magenkarzinom-korrelierten Spots konnten damit entsprechend der Empfindlichkeit unserer Methode Nebenkomponenten ausgeschlossen werden. Als alternativer Ansatz zur Detektion von H. pylori Antigenen sollte im dritten Teil dieser Doktorarbeit eine Immunopräzipitation mit Patientenseren etabliert werden. Da nur ein geringer Anteil der Serumantikörper gegen H. pylori gerichtet ist, wurde mittels Affinitätsreinigung versucht, die spezifischen Antikörper anzureichern. Aufgrund der knappen Serenmenge und der letztlich nicht ausreichenden Ausbeute der Affinitätsreinigung konnte dieses Verfahren jedoch nicht realisiert werden.
Abstract (eng):
The stomach-colonizing bacterium Helicobacter pylori is one of the most widespread infectious agents. Although infection mostly persists unnoticed, it may cause serious diseases like gastric carcinoma. Aims of this project were to find gastric carcinoma-associated antigens for a diagnostic test and to develop methods to analyze spot compositions using MALDI-TOF/TOF mass spectrometry. In the first part of this project antigen recognition patterns of 30 gastric carcinoma- and 30 duodenal ulcer- patients were compared using high-resolution two-dimensional immunoblots of H. pylori lysate. This focused comparison lent itself to this question because both diseases are caused by the bacterium but rarely occur conjointly. Utilizing univariate statistical tests 14 gastric carcinoma-associated spots were found (p<0.01) which were identified by MALDI-TOF mass spectrometry to contain the following proteins: GroES, GroEL and HyuA. These ORFs code for highly conserved antigens that do not play any evident role in virulence and may therefore be considered as surrogate markers for this condition. In the second part of this doctorate compositions of spots separated by two-dimensional gel electrophoresis were analyzed. Such spots may contain more than one component and it therefore cannot easily be decided which of them was recognized by antibodies. So far there is no standard approach towards this problem. Therefore, methods were developed to detect minor components of spots in an automatic manner. For this purpose hierarchical clustering was applied and correspondence analysis advanced for MALDI-TOF mass spectra. For the above mentioned gastric carcinoma-associated spots minor components could be ruled out according to the sensitivity of our method. As an alternative approach to detect H. pylori antigens an immunoprecipitation using patient sera ought to be established in the third part of this project. Since only a small portion of antibodies in the serum is directed against H. pylori an affinity purification was to be established to enrich specific antibodies. Due to the poor amount of patient serum and the insufficient yield of the affinity purification this procedure could not be realized.
Zugriffsstatistik: Die Daten für die Zugriffsstatistik der einzelnen Dokumente wurden aus den durch AWStats aggregierten Webserver-Logs erstellt. Sie beziehen sich auf den monatlichen Zugriff auf den Volltext sowie auf die Startseite. Die Zugriffsstatistik wird nicht standardisiert erfasst und kann maschinelle Zugriffe enthalten.
 
Bei Formatversionen eines Dokuments, die aus mehreren Dateien bestehen (insbesondere HTML), wird jeweils der monatlich höchste Zugriffswert auf eine der Dateien (Kapitel) des Dokuments angezeigt.
 
Um die detaillierten Zugriffszahlen zu sehen, fahren Sie bitte mit dem Mauszeiger über die einzelnen Balken des Diagramms.
Startseite: 3 Zugriffe HTML: 61 Zugriffe PDF: 2 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe HTML: 33 Zugriffe PDF: 7 Zugriffe Startseite: 5 Zugriffe HTML: 55 Zugriffe PDF: 8 Zugriffe HTML: 58 Zugriffe PDF: 14 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe HTML: 102 Zugriffe PDF: 9 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe HTML: 81 Zugriffe PDF: 11 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe HTML: 84 Zugriffe PDF: 16 Zugriffe Startseite: 10 Zugriffe HTML: 69 Zugriffe PDF: 11 Zugriffe HTML: 101 Zugriffe PDF: 7 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe HTML: 68 Zugriffe PDF: 19 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe HTML: 67 Zugriffe PDF: 18 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe HTML: 65 Zugriffe PDF: 15 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe HTML: 75 Zugriffe PDF: 24 Zugriffe Startseite: 3 Zugriffe HTML: 108 Zugriffe PDF: 17 Zugriffe Startseite: 5 Zugriffe HTML: 133 Zugriffe PDF: 15 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe HTML: 91 Zugriffe PDF: 7 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe HTML: 120 Zugriffe PDF: 16 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe HTML: 80 Zugriffe PDF: 19 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe HTML: 69 Zugriffe PDF: 18 Zugriffe Startseite: 6 Zugriffe HTML: 64 Zugriffe PDF: 21 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe HTML: 41 Zugriffe PDF: 21 Zugriffe Startseite: 3 Zugriffe HTML: 46 Zugriffe PDF: 7 Zugriffe Startseite: 11 Zugriffe HTML: 52 Zugriffe PDF: 21 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe HTML: 17 Zugriffe PDF: 11 Zugriffe Startseite: 3 Zugriffe HTML: 56 Zugriffe PDF: 6 Zugriffe Startseite: 8 Zugriffe HTML: 66 Zugriffe PDF: 11 Zugriffe Startseite: 9 Zugriffe HTML: 106 Zugriffe PDF: 17 Zugriffe Startseite: 6 Zugriffe HTML: 70 Zugriffe PDF: 13 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe HTML: 145 Zugriffe PDF: 12 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe HTML: 121 Zugriffe PDF: 15 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe HTML: 94 Zugriffe PDF: 19 Zugriffe Startseite: 6 Zugriffe HTML: 86 Zugriffe PDF: 20 Zugriffe Startseite: 3 Zugriffe HTML: 63 Zugriffe PDF: 22 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe HTML: 52 Zugriffe PDF: 26 Zugriffe Startseite: 3 Zugriffe HTML: 57 Zugriffe PDF: 20 Zugriffe Startseite: 3 Zugriffe HTML: 40 Zugriffe PDF: 18 Zugriffe
Jul
11
Aug
11
Sep
11
Oct
11
Nov
11
Dec
11
Feb
12
Apr
12
May
12
Jun
12
Jul
12
Aug
12
Sep
12
Oct
12
Nov
12
Dec
12
Jan
13
Feb
13
Mar
13
Apr
13
May
13
Jun
13
Jul
13
Aug
13
Sep
13
Oct
13
Nov
13
Dec
13
Jan
14
Feb
14
Mar
14
Apr
14
May
14
Jun
14
Jul
14
Aug
14
Monat Jul
11
Aug
11
Sep
11
Oct
11
Nov
11
Dec
11
Feb
12
Apr
12
May
12
Jun
12
Jul
12
Aug
12
Sep
12
Oct
12
Nov
12
Dec
12
Jan
13
Feb
13
Mar
13
Apr
13
May
13
Jun
13
Jul
13
Aug
13
Sep
13
Oct
13
Nov
13
Dec
13
Jan
14
Feb
14
Mar
14
Apr
14
May
14
Jun
14
Jul
14
Aug
14
Startseite 3 2 5   2 2 1 10   1 4 2 4 3 5 1 2 1 4 6 4 3 11 1 3 8 9 6 1 4 4 6 3 2 3 3
HTML 61 33 55 58 102 81 84 69 101 68 67 65 75 108 133 91 120 80 69 64 41 46 52 17 56 66 106 70 145 121 94 86 63 52 57 40
PDF 2 7 8 14 9 11 16 11 7 19 18 15 24 17 15 7 16 19 18 21 21 7 21 11 6 11 17 13 12 15 19 20 22 26 20 18

Gesamtzahl der Zugriffe seit Jul 2011:

  • Startseite – 129 (3.58 pro Monat)
  • HTML – 2696 (74.89 pro Monat)
  • PDF – 533 (14.81 pro Monat)
 
 
Generiert am 18.09.2014, 23:56:40