edoc-Server der Humboldt-Universität zu Berlin

Dissertation

Autor(en): Kristina Kühn
Titel: Analysis of components of the mitochondrial transcription machinery in Arabidopsis thaliana
Gutachter: Frank Kempken; Thomas Börner; Wolfgang Hess
Erscheinungsdatum: 11.04.2006
Volltext: html (urn:nbn:de:kobv:11-10068116)
pdf (urn:nbn:de:kobv:11-10063636)
Fachgebiet(e): Biowissenschaften, Biologie
Schlagwörter (ger): Promotor, Pflanzenmitochondrien, Mitochondriengenom, Transkription, Phagentyp-RNA-Polymerase
Schlagwörter (eng): promoter, plant mitochondria, mitochondrial genome, transcription, phage-type RNA polymerase
Einrichtung: Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I
Zitationshinweis: Kühn, Kristina: Analysis of components of the mitochondrial transcription machinery in Arabidopsis thaliana; Dissertation, Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I , publiziert am 11.04.2006, urn:nbn:de:kobv:11-10063636
Metadatenexport: Um den gesamten Metadatensatz im Endnote- oder Bibtex-Format zu speichern, klicken Sie bitte auf den entsprechenden Link. Endnote   Bibtex  
print on demand: Wenn Sie auf dieses Icon klicken, können Sie ein Druckexemplar dieser Publikation bestellen.
Diese Seite taggen: Diese Icons führen auf so genannte Social-Bookmark-Systeme, auf denen Sie Lesezeichen anlegen, persönliche Tags vergeben und Lesezeichen anderer Nutzer ansehen können.
  • connotea
  • del.icio.us
  • Furl
  • RawSugar

Abstract (ger):
In der vorliegenden Arbeit wurde die Transkription mitochondrialer Gene durch die kernkodierten Phagentyp-RNA-Polymerasen RpoTm und RpoTmp der Pflanze Arabidopsis untersucht. Im Mitochondriengenom von Arabidopsis wurden fr 12 Gene Promotoren bestimmt. Diese zeigten verschiedene Sequenzelemente und wichen meist von der fr Dikotyle publizierten Konsensussequenz ab. Fr die Mehrheit der Gene wurden multiple Promotoren identifiziert. Es wurden weiterhin Promotoren nachgewiesen, welche die Transkription vermutlich nicht funktioneller Sequenzen aktivieren. Architektur, Lokalisation und Nutzung mitochondrialer Promotoren implizieren eine wenig stringente Kontrolle der Transkriptionsinitiation in Arabidopsis-Mitochondrien. Zur Analyse der Funktionen von RpoTm und RpoTmp wurde ein in vitro-Transkriptionssystem entwickelt. Da RpoT-Enzyme m”glicherweise Kofaktoren ben”tigen, wurde in Arabidopsis nach Genen potentieller mitochondrialer Transkriptionsfaktoren gesucht. Als mitochondriales Protein mit Žhnlichkeit zu mtTFB, einem essentiellen Transkriptionsfaktor in Hefemitochondrien, wurde MetA identifiziert. In in vitro-Assays initiierte RpoTm an verschiedenen Promotoren die Transkription, w„hrend RpoTmp keine signifikante Promotorspezifit„t zeigte. Die spezifische Promotornutzung durch RpoTm erforderte superhelikale DNA. Weder RpoTm noch RpoTmp wurde durch MetA stimuliert. Eine mtTFB-„hnliche Funktion von MetA ist daher unwahrscheinlich. Fr MetA wurde ausserdem eine engere phylogenetische Beziehung zu nukle„ren rRNA-Dimethylasen als zu mtTFB ermittelt. Die hier vorgestellten Studien belegen die Transkription mitochondrialer Gene in Arabidopsis durch RpoTm; fr RpoTmp ist eine nicht-redundante Transkriptionsfunktion denkbar. Die Kofaktor-unabh„ngige Spezifit„t von RpoTm fr verschiedene Promotoren und die wenig stringente Initiationskontrolle in vivo legen nahe, dass eine individuelle Regulation mitochondrialer Gene in Arabidopsis auf Transkriptionsebene nicht erfolgt.
Abstract (eng):
Mitochondria depend on a nucleus-encoded transcription machinery to express their genome. The present study examined the transcription of mitochondrial genes by two nucleus-encoded phage-type RNA polymerases, RpoTm and RpoTmp, in the plant Arabidopsis. For selected mitochondrial genes in Arabidopsis, transcription initiation sites were determined. Most genes were found to possess multiple promoters. The identified promoters displayed diverse sequence elements and mostly deviated from a nonanucleotide consensus derived previously for dicot mitochondrial promoters. Several promoters were detected that activate transcription of presumably non-functional sequences. Promoter architecture, distribution and utilization suggest a non-stringent control of transcription initiation in Arabidopsis mitochondria. An in vitro transcription system was set up to elucidate the roles of RpoTm and RpoTmp. Since RpoT enzymes possibly require auxiliary factors, the Arabidopsis genome was screened for potential cofactors of phage-type RNA polymerases. A mitochondrial protein (MetA) with similarity to mtTFB, an essential transcription factor in yeast mitochondria, was identified. In in vitro transcription studies, RpoTm recognized various promoters whereas RpoTmp displayed no significant promoter specificity. Promoter recognition by RpoTm depended on supercoiled DNA templates. Transcription initiation by RpoTm or RpoTmp was not affected by MetA, indicating that MetA is not functionally equivalent to mtTFB. Besides, MetA was found to be more closely related to non-mitochondrial rRNA dimethylases than to mtTFB. The present study establishes RpoTm to transcribe mitochondrial genes; RpoTmp may have a non-overlapping transcriptional role in mitochondria. The cofactor-independent promoter specificity of RpoTm and the apparently non-stringent control of transcription initiation in vivo imply that mitochondrial genes in Arabidopsis may not be regulated individually at the transcriptional level.
Zugriffsstatistik: Die Daten für die Zugriffsstatistik der einzelnen Dokumente wurden aus den durch AWStats aggregierten Webserver-Logs erstellt. Sie beziehen sich auf den monatlichen Zugriff auf den Volltext sowie auf die Startseite. Die Zugriffsstatistik wird nicht standardisiert erfasst und kann maschinelle Zugriffe enthalten.
 
Bei Formatversionen eines Dokuments, die aus mehreren Dateien bestehen (insbesondere HTML), wird jeweils der monatlich höchste Zugriffswert auf eine der Dateien (Kapitel) des Dokuments angezeigt.
 
Um die detaillierten Zugriffszahlen zu sehen, fahren Sie bitte mit dem Mauszeiger über die einzelnen Balken des Diagramms.
Startseite: 6 Zugriffe HTML: 88 Zugriffe PDF: 10 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe HTML: 101 Zugriffe PDF: 1 Zugriffe Startseite: 5 Zugriffe HTML: 161 Zugriffe PDF: 1 Zugriffe Startseite: 6 Zugriffe HTML: 200 Zugriffe PDF: 6 Zugriffe Startseite: 9 Zugriffe HTML: 201 Zugriffe PDF: 7 Zugriffe Startseite: 7 Zugriffe HTML: 181 Zugriffe PDF: 9 Zugriffe Startseite: 6 Zugriffe HTML: 169 Zugriffe PDF: 5 Zugriffe Startseite: 11 Zugriffe HTML: 146 Zugriffe PDF: 6 Zugriffe HTML: 162 Zugriffe PDF: 13 Zugriffe Startseite: 5 Zugriffe HTML: 154 Zugriffe PDF: 14 Zugriffe Startseite: 13 Zugriffe HTML: 124 Zugriffe PDF: 29 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe HTML: 139 Zugriffe PDF: 13 Zugriffe Startseite: 5 Zugriffe HTML: 177 Zugriffe PDF: 15 Zugriffe Startseite: 6 Zugriffe HTML: 241 Zugriffe PDF: 29 Zugriffe Startseite: 9 Zugriffe HTML: 220 Zugriffe PDF: 25 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe HTML: 136 Zugriffe PDF: 17 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe HTML: 89 Zugriffe PDF: 18 Zugriffe Startseite: 3 Zugriffe HTML: 56 Zugriffe PDF: 13 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe HTML: 68 Zugriffe PDF: 29 Zugriffe Startseite: 6 Zugriffe HTML: 58 Zugriffe PDF: 28 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe HTML: 75 Zugriffe PDF: 18 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe HTML: 42 Zugriffe PDF: 12 Zugriffe Startseite: 12 Zugriffe HTML: 50 Zugriffe PDF: 23 Zugriffe Startseite: 5 Zugriffe HTML: 23 Zugriffe PDF: 13 Zugriffe Startseite: 3 Zugriffe HTML: 48 Zugriffe PDF: 25 Zugriffe Startseite: 9 Zugriffe HTML: 92 Zugriffe PDF: 34 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe HTML: 104 Zugriffe PDF: 26 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe HTML: 73 Zugriffe PDF: 17 Zugriffe Startseite: 8 Zugriffe HTML: 76 Zugriffe PDF: 27 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe HTML: 98 Zugriffe PDF: 35 Zugriffe HTML: 70 Zugriffe PDF: 44 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe HTML: 73 Zugriffe PDF: 24 Zugriffe HTML: 59 Zugriffe PDF: 29 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe HTML: 72 Zugriffe PDF: 19 Zugriffe Startseite: 3 Zugriffe HTML: 34 Zugriffe PDF: 27 Zugriffe Startseite: 3 Zugriffe HTML: 38 Zugriffe PDF: 24 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe HTML: 72 Zugriffe PDF: 29 Zugriffe
Jul
11
Aug
11
Sep
11
Oct
11
Nov
11
Dec
11
Feb
12
Apr
12
May
12
Jun
12
Jul
12
Aug
12
Sep
12
Oct
12
Nov
12
Dec
12
Jan
13
Feb
13
Mar
13
Apr
13
May
13
Jun
13
Jul
13
Aug
13
Sep
13
Oct
13
Nov
13
Dec
13
Jan
14
Feb
14
Mar
14
Apr
14
May
14
Jun
14
Jul
14
Aug
14
Sep
14
Monat Jul
11
Aug
11
Sep
11
Oct
11
Nov
11
Dec
11
Feb
12
Apr
12
May
12
Jun
12
Jul
12
Aug
12
Sep
12
Oct
12
Nov
12
Dec
12
Jan
13
Feb
13
Mar
13
Apr
13
May
13
Jun
13
Jul
13
Aug
13
Sep
13
Oct
13
Nov
13
Dec
13
Jan
14
Feb
14
Mar
14
Apr
14
May
14
Jun
14
Jul
14
Aug
14
Sep
14
Startseite 6 2 5 6 9 7 6 11   5 13 4 5 6 9 4 4 3 2 6 1 4 12 5 3 9 4 4 8 4   4   2 3 3 1
HTML 88 101 161 200 201 181 169 146 162 154 124 139 177 241 220 136 89 56 68 58 75 42 50 23 48 92 104 73 76 98 70 73 59 72 34 38 72
PDF 10 1 1 6 7 9 5 6 13 14 29 13 15 29 25 17 18 13 29 28 18 12 23 13 25 34 26 17 27 35 44 24 29 19 27 24 29

Gesamtzahl der Zugriffe seit Jul 2011:

  • Startseite – 180 (4.86 pro Monat)
  • HTML – 3970 (107.3 pro Monat)
  • PDF – 714 (19.3 pro Monat)
 
 
Generiert am 23.10.2014, 13:27:54