edoc-Server der Humboldt-Universität zu Berlin

Dissertation

Autor(en): Daniel Schober
Titel: Ein Repräsentationsformat zur standardisierten Beschreibung und wissensbasierten Modellierung genomischer Expressionsdaten
Gutachter: J. G. Reich; S. Pöppl; St. Schuster
Erscheinungsdatum: 08.06.2006
Volltext: pdf (urn:nbn:de:kobv:11-10065056)
Fachgebiet(e): Medizin
Schlagwörter (ger): Mircoarray, Genannotation, Ontologie, Protege-2000, Wissensmanagement, semantisches Netzwerk, Visualisierung, Modellierung
Schlagwörter (eng): microarray, gene annotation, Protege-2000, knowledgemanagement, semantic network, visualisation, modelling
Einrichtung: Humboldt-Universität zu Berlin, Medizinische Fakultät - Universitätsklinikum Charité
Zitationshinweis: Schober, Daniel: Ein Repräsentationsformat zur standardisierten Beschreibung und wissensbasierten Modellierung genomischer Expressionsdaten; Dissertation, Humboldt-Universität zu Berlin, Medizinische Fakultät - Universitätsklinikum Charité , publiziert am 08.06.2006, urn:nbn:de:kobv:11-10065056
Metadatenexport: Um den gesamten Metadatensatz im Endnote- oder Bibtex-Format zu speichern, klicken Sie bitte auf den entsprechenden Link. Endnote   Bibtex  
print on demand: Wenn Sie auf dieses Icon klicken, können Sie ein Druckexemplar dieser Publikation bestellen.
Diese Seite taggen: Diese Icons führen auf so genannte Social-Bookmark-Systeme, auf denen Sie Lesezeichen anlegen, persönliche Tags vergeben und Lesezeichen anderer Nutzer ansehen können.
  • connotea
  • del.icio.us
  • Furl
  • RawSugar

Abstract (ger):
Die Auswertung von Microarray-Daten beginnt oft mit information retrieval-Ansätzen, welche die Datenmassen auf eine im Hinblick auf eine bestimmte Fragestellung besonders interessante und überschaubare Menge von Genen bzw. probe set IDs reduzieren sollen. Vorraussetzung für eine effiziente Suche im Datenbestand ist jedoch eine Semantisierung bzw. Formalisierung der verwendeten Datenformate. Hier wird eine Ontologie als standardisiertes und semantisch definiertes Repräsentationskonstrukt vorgestellt, welches die Formalisierung von Fachwissen in einem interaktiven Wissensmodell erlaubt, das umfassend abgefragt, konsistent interpretiert und gegebenenfalls automatisiert weiterverarbeitet werden kann. Anhand einer molekularbiologischen Ontologie aus 1200 hierarchisch strukturierten Begriffen und am Beispiel des Toll-Like Receptor-Signalwegs wird aufgezeigt, wie ein solch ein objektorientiertes Beschreibungsvokabular zur Annotierung von Genen auf Affymetrix-Microarrays genutzt werden kann. Die Annotationsbegriffe werden über ontologische Konzepte, deren Eigenschaften und deren semantische Verbindungen (relationale Slots) im Wissensbank-Editor Protégé-2000 modelliert. Annotation bedeutet hier ein Gen formal in einen definierten funktionalen Kontext einzubetten. In der Anwendung der Wissensbank entspricht eine Annotation einem "drag and drop" von Genen in ontologische, die Funktion dieser Gene beschreibende, Konzepte. Die weitergehende kontextuale Annotation erfolgt über eine Vernetzung der Gene zu anderen Konzepten oder Genen. Das so erstellte vernetzte Wissensmodell (die knowledgebase) ermöglicht ein inhaltsbasiertes, assoziatives und kontextgeleitetes "Wissens-Browsing". Ontologisch annotierte Gendaten erlauben auch die Anwendung automatischer datengetriebener Visualisierungsstrategien, wie am Beispiel semantischer Netze gezeigt wird. Eine ontologische Anfrageschnittstelle erlaubt auch semantisch komplexe Anfragen an den Datenbestand bei erhöhter Trefferquote und Präzision.
Abstract (eng):
Functional gene annotations provide important search targets and cluster criteria. We introduce an annotation system that exploits the possibilities of modern knowledge management tools, i.e. ontological querying, inference, networking of annotations and automatic datadriven visualization of the annotated model. The Gandr (gene annotation data representation) knowledgebase is an ontological framework for laboratory-specific gene annotation and knowledgemanagement. Gandr uses Protégé-2000 for editing, querying and visualizing microarray data and annotations. Genes can be annotated with provided, newly created or imported ontological concepts. Annotated genes can inherit assigned concept properties and can be related to each other. The resulting knowledgebase can be visualized as interactive semantic network of nodes and edges representing genes with annotations and their functional relationships. This allows for immediate and associative gene context exploration. Ontological query techniques allow for powerful data access. Annotating genes with formal conceptual descriptions can be performed using ‘drag and drop’ of one or more gene instances onto an annotating concept. Compared with unstructured annotation systems, the annotation process itself becomes faster and leads to annotation schemes of better quality owing to enforcement of constraints provided by the ontology. GandrKB enables lab-bench scientists to query for implicit domain knowledge, inferred from the ontological domain model. Full access to data semantics through queries for properties and relationships ensures a more complete and adequate reply of the system.
Zugriffsstatistik: Die Daten für die Zugriffsstatistik der einzelnen Dokumente wurden aus den durch AWStats aggregierten Webserver-Logs erstellt. Sie beziehen sich auf den monatlichen Zugriff auf den Volltext sowie auf die Startseite. Die Zugriffsstatistik wird nicht standardisiert erfasst und kann maschinelle Zugriffe enthalten.
 
Bei Formatversionen eines Dokuments, die aus mehreren Dateien bestehen (insbesondere HTML), wird jeweils der monatlich höchste Zugriffswert auf eine der Dateien (Kapitel) des Dokuments angezeigt.
 
Um die detaillierten Zugriffszahlen zu sehen, fahren Sie bitte mit dem Mauszeiger über die einzelnen Balken des Diagramms.
Startseite: 2 Zugriffe PDF: 17 Zugriffe PDF: 12 Zugriffe Startseite: 3 Zugriffe PDF: 20 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe PDF: 26 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe PDF: 16 Zugriffe Startseite: 3 Zugriffe PDF: 8 Zugriffe Startseite: 5 Zugriffe PDF: 23 Zugriffe PDF: 23 Zugriffe PDF: 14 Zugriffe PDF: 26 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe PDF: 19 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe PDF: 15 Zugriffe PDF: 14 Zugriffe PDF: 19 Zugriffe PDF: 27 Zugriffe PDF: 12 Zugriffe PDF: 32 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe PDF: 36 Zugriffe PDF: 23 Zugriffe Startseite: 8 Zugriffe PDF: 31 Zugriffe Startseite: 5 Zugriffe PDF: 49 Zugriffe Startseite: 11 Zugriffe PDF: 41 Zugriffe Startseite: 6 Zugriffe PDF: 27 Zugriffe Startseite: 11 Zugriffe PDF: 31 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe PDF: 28 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe PDF: 18 Zugriffe Startseite: 3 Zugriffe PDF: 31 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe PDF: 38 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe PDF: 52 Zugriffe Startseite: 6 Zugriffe PDF: 68 Zugriffe PDF: 49 Zugriffe PDF: 48 Zugriffe Startseite: 12 Zugriffe PDF: 74 Zugriffe Startseite: 8 Zugriffe PDF: 48 Zugriffe
Jul
11
Aug
11
Sep
11
Oct
11
Nov
11
Dec
11
Feb
12
Apr
12
May
12
Jun
12
Jul
12
Aug
12
Sep
12
Oct
12
Nov
12
Dec
12
Jan
13
Feb
13
Mar
13
Apr
13
May
13
Jun
13
Jul
13
Aug
13
Sep
13
Oct
13
Nov
13
Dec
13
Jan
14
Feb
14
Mar
14
Apr
14
May
14
Jun
14
Monat Jul
11
Aug
11
Sep
11
Oct
11
Nov
11
Dec
11
Feb
12
Apr
12
May
12
Jun
12
Jul
12
Aug
12
Sep
12
Oct
12
Nov
12
Dec
12
Jan
13
Feb
13
Mar
13
Apr
13
May
13
Jun
13
Jul
13
Aug
13
Sep
13
Oct
13
Nov
13
Dec
13
Jan
14
Feb
14
Mar
14
Apr
14
May
14
Jun
14
Startseite 2   3 2 2 3 5       4 1           2   8 5 11 6 11 2 4 3 1 4 6     12 8
PDF 17 12 20 26 16 8 23 23 14 26 19 15 14 19 27 12 32 36 23 31 49 41 27 31 28 18 31 38 52 68 49 48 74 48

Gesamtzahl der Zugriffe seit Jul 2011:

  • Startseite – 105 (3.09 pro Monat)
  • PDF – 1015 (29.85 pro Monat)
 
 
Generiert am 22.07.2014, 14:24:47