edoc-Server der Humboldt-Universität zu Berlin

Dissertation

Autor(en): Mareike Weimann
Titel: A proteome-wide screen utilizing second generation sequencing for the identification of lysine and arginine methyltransferase protein interactions
Gutachter: Christian Spahn; Erich Wanker; Hans Lehrach
Erscheinungsdatum: 13.09.2012
Volltext: pdf (urn:nbn:de:kobv:11-100204062)
Fachgebiet(e): Biowissenschaften, Biologie
Schlagwörter (ger): Proteinmethylierung, Protein-Arginin-Methyltransferase (PRMT), Protein-Lysin-Methyltransferase (PKMT), Demethylase, Protein-Protein-Wechselwirkung (PPI), Hefe-Zwei-Hybrid-System (Y2H), Sequenzierung der zweiten Generation, Protein-Wechselwirkungsnetzwerk
Schlagwörter (eng): PPI network, Protein methylation, protein arginine methyltransferase (PRMT), protein lysine methyltransferase (PKMT), demethylase, protein-protein interaction (PPI), yeast-two hybrid system (Y2H), second/next generation sequencing
Einrichtung: Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I
Lizenz: Namensnennung - Keine Bearbeitung (CC BY ND)
Zitationshinweis: Weimann, Mareike: A proteome-wide screen utilizing second generation sequencing for the identification of lysine and arginine methyltransferase protein interactions; Dissertation, Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I , publiziert am 13.09.2012, urn:nbn:de:kobv:11-100204062
Metadatenexport: Um den gesamten Metadatensatz im Endnote- oder Bibtex-Format zu speichern, klicken Sie bitte auf den entsprechenden Link. Endnote   Bibtex  
print on demand: Wenn Sie auf dieses Icon klicken, können Sie ein Druckexemplar dieser Publikation bestellen.
Diese Seite taggen: Diese Icons führen auf so genannte Social-Bookmark-Systeme, auf denen Sie Lesezeichen anlegen, persönliche Tags vergeben und Lesezeichen anderer Nutzer ansehen können.
  • connotea
  • del.icio.us
  • Furl
  • RawSugar

Abstract (ger):
Proteinmethylierung spielt eine immer größere Rolle in der Regulierung zellulärer Prozesse. Die Entwicklung effizienter proteomweiter Methoden zur Detektion von Methylierung auf Proteinen ist limitiert und technisch schwierig. In dieser Arbeit haben wir einen neuen Hefe-Zwei-Hybrid-Ansatz (Y2H) entwickelt, der Proteine, die miteinander wechselwirken, mit Hilfe von Sequenzierungen der zweiten Generation identifiziert (Y2H-Seq). Der neue Y2H-Seq-Ansatz wurde systematisch mit dem Y2H-Seq-Ansatz verglichen. Dafür wurde ein Bait-Set von 8 Protein-Arginin-Methyltransferasen, 17 Protein-Lysin-Methyltransferasen und 10 Demethylasen gegen 14,268 Prey-Proteine getestet. Der Y2H-Seq-Ansatz ist weniger arbeitsintensiv, hat eine höhere Sensitivität als der Standard Y2H-Matrix-Ansatz und ist deshalb besonders geeignet, um schwache Interaktionen zwischen Substraten und Protein-Methyltransferasen zu detektieren. Insgesamt wurden 523 Wechselwirkungen zwischen 22 Bait-Proteinen und 324 Prey-Pr oteinen etabliert, darunter 11 bekannte Methyltransferasen-Substrate. Netzwerkanalysen zeigen, dass Methyltransferasen bevorzugt mit Transkriptionsregulatoren, DNA- und RNA-Bindeproteinen wechselwirken. Diese Daten repräsentieren das erste proteomweite Wechselwirkungsnetzwerk über Protein-Methyltransferasen und dienen als Ressource für neue potentielle Methylierungssubstrate. In einem in vitro Methylierungsassay wurden exemplarisch mit Hilfe massenspektrometrischer Analysen die methylierten Aminosäurereste einiger Kandidatenproteine bestimmt. Von neun getesteten Proteinen waren sieben methyliert, zu denen gehören SPIN2B, DNAJA3, QKI, SAMD3, OFCC1, SYNCRIP und WDR42A. Wahrscheinlich sind viele Methylierungssubstrate im Netzwerk vorhanden. Das vorgestellte Protein-Protein-Wechselwirkungsnetzwerk zeigt, dass Proteinmethylierung sehr unterschiedliche zelluläre Prozesse beeinflusst und ermöglicht die Aufstellung neuer Hypothesen über die Regulierung Molekularer Mechanismen durch Methylierung.
Abstract (eng):
Protein methylation on arginine and lysine residues is a largely unexplored posttranslational modification which regulates diverse cellular processes. The development of efficient proteome-wide approaches for detecting protein methylation is limited and technically challenging. We developed a novel workload reduced yeast-two hybrid (Y2H) approach to detect protein-protein interactions utilizing second generation sequencing. The novel Y2H-seq approach was systematically evaluated against our state of the art Y2H-matrix screening approach and used to screen 8 protein arginine methyltransferases, 17 protein lysine methyltransferases and 10 demethylases against a set of 14,268 proteins. Comparison of the two approaches revealed a higher sensitivity of the new Y2H-seq approach. The increased sampling rate of the Y2H-seq approach is advantageous when assaying transient interactions between substrates and methyltransferases. Overall 523 interactions between 22 bait proteins and 324 prey proteins were identified including 11 proteins known to be methylated. Network analysis revealed enrichment of transcription regulator activity, DNA- and RNA-binding function of proteins interacting with protein methyltransferases. The dataset represents the first proteome-wide interaction network of enzymes involved in methylation and provides a comprehensively annotated resource of potential new methylation substrates. An in vitro methylation assay coupled to mass spectrometry revealed amino acid methylation of candidate proteins. Seven of nine proteins tested were methylated including SPIN2B, DNAJA3, QKI, SAMD3, OFCC1, SYNCRIP and WDR42A indicating that the interaction network is likely to contain many putative methyltransferase substrate pairs. The presented protein-protein interaction network demonstrates that protein methylation is involved in diverse cellular processes and can inform hypothesis driven investigation into molecular mechanisms regulated through methylation.
Zugriffsstatistik: Die Daten für die Zugriffsstatistik der einzelnen Dokumente wurden aus den durch AWStats aggregierten Webserver-Logs erstellt. Sie beziehen sich auf den monatlichen Zugriff auf den Volltext sowie auf die Startseite. Die Zugriffsstatistik wird nicht standardisiert erfasst und kann maschinelle Zugriffe enthalten.
 
Bei Formatversionen eines Dokuments, die aus mehreren Dateien bestehen (insbesondere HTML), wird jeweils der monatlich höchste Zugriffswert auf eine der Dateien (Kapitel) des Dokuments angezeigt.
 
Um die detaillierten Zugriffszahlen zu sehen, fahren Sie bitte mit dem Mauszeiger über die einzelnen Balken des Diagramms.
PDF: 21 Zugriffe PDF: 25 Zugriffe PDF: 22 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe PDF: 28 Zugriffe Startseite: 7 Zugriffe PDF: 37 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe PDF: 33 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe PDF: 55 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe PDF: 62 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe PDF: 54 Zugriffe PDF: 87 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe PDF: 67 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe PDF: 69 Zugriffe Startseite: 5 Zugriffe PDF: 84 Zugriffe Startseite: 2 Zugriffe PDF: 102 Zugriffe Startseite: 4 Zugriffe PDF: 98 Zugriffe PDF: 86 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe PDF: 59 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe PDF: 77 Zugriffe PDF: 62 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe PDF: 82 Zugriffe Startseite: 1 Zugriffe PDF: 46 Zugriffe PDF: 43 Zugriffe Startseite: 3 Zugriffe PDF: 45 Zugriffe
Oct
12
Nov
12
Dec
12
Jan
13
Feb
13
Mar
13
Apr
13
May
13
Jun
13
Jul
13
Aug
13
Sep
13
Oct
13
Nov
13
Dec
13
Jan
14
Feb
14
Mar
14
Apr
14
May
14
Jun
14
Jul
14
Aug
14
Sep
14
Monat Oct
12
Nov
12
Dec
12
Jan
13
Feb
13
Mar
13
Apr
13
May
13
Jun
13
Jul
13
Aug
13
Sep
13
Oct
13
Nov
13
Dec
13
Jan
14
Feb
14
Mar
14
Apr
14
May
14
Jun
14
Jul
14
Aug
14
Startseite       4 7 2 1 1 2   2 1 5 2 4   1 1   1 1   3
PDF 21 25 22 28 37 33 55 62 54 87 67 69 84 102 98 86 59 77 62 82 46 43 45

Gesamtzahl der Zugriffe seit Oct 2012:

  • Startseite – 38 (1.81 pro Monat)
  • PDF – 1344 (56 pro Monat)
 
 
Generiert am 01.10.2014, 06:51:28