3. Ausblick

Komplexe Prozesse wie die Apoptose können mit klassischer Proteomanalyse untersucht werden. Die Ergebnisse erbrachten eine Fülle von Proteinen, deren Funktionen im Apoptoseprozess unbekannt sind. Diese Proteine können nun im Detail untersucht werden, wobei Informationen aus den Analysen wie Caspase-Spaltung oder Translokationen genutzt werden können. Da viele Caspase-Spaltprodukte identifiziert wurden, ist ein erster Ansatz zu bestimmen, ob die Spaltung nur zur Deaktivierung eines Proteins führt oder ob aktive Fragmente erzeugt wurden. Die überwiegende Identifkation von RNA-bindenden Proteinen und den Effekt auf Caspase-Spaltung bei p54 nrb gibt auch Hinweise auf einen möglichen neuen Mechanismus im Apoptoseprozess.

Die Zuordnung von Funktionen zu Sequenzen ist ein wichtiger nächster Schritt nach der Sequenzierung ganzer Genome. Das gezeigte Vorgehen bei den MRPs kann mit allgemein zugänglichen Programmen durchgeführt werden.


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Die Aufklärung von RNA-Protein-Wechselwirkungen ist ein schwieriges analytisches Unterfangen. Die verwendete Vorgehensweise zur Aufklärung von RNA-Protein-Wechselwirkungen in ribosomalen Untereinheiten ermöglichte die Identifikation der Kontakte auf einzelne Aminosäuren und Nukleotide. Damit könnten auch andere bekannte Ribonukleoproteinkomplexe mit dieser Methodik untersucht werden. Dadurch würde das bisher eingeschränkte Wissen über RNA-Protein-Wechselwirkungen vergrößert werden.

Bisher erschien die Benutzung von MALDI-MS zur Untersuchung von nicht-kovalenten Wechselwirkungen ungeeignet. Für RNA-Peptid Wechselwirkungen konnten jedoch relative Affintitäten von verschieden Molekülen zu einem Zielmolekül ermittelt werden. Insbesondere die Tatsache, dass Arginin als Aminosäure mit stärksten Einfluss auf die Komplexbildung gefunden wurde, bestätigt die Vertrauenswürdigkeit der Ergebnisse. Da Peptide und RNAs als potentielle Pharmazeutika bzw. als Ziele von Medikamenten gelten, könnte aufgrund der Sensitivität von MALDI-MS diese Technik eine interessante Alternative zu gewöhnlichen Techniken als Screening-Methode sein.


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19.02.2004