Kuner, Ruprecht: Identifizierung differenziell exprimieter Gene bei Brust- und Ovarialkarzinomen in den chromosomalen Regionen 1q32-q41 und 11q12-q23 |
138
DNA-Gelladepuffer, 6x: |
0,25% (w/v)Bromphenolblau BPB (low) |
|
0,25% (w/v) Xylen-Cyanol (high) |
|
30% (v/v) Glycerin |
|
60mM EDTA in H2O bidest |
|
|
GCS-Lösung: |
100g Guadinium-Isothiocyanat (Serva, Heidelberg) |
|
124,8ml H2O bidest |
|
7ml Natriumcitrat ,0,75M, pH7,0 |
|
3ml Natrium-Lauroylsarkosin (Serva, Heidelberg) |
|
lösen bei 65°C und abkühlen lassen. |
|
|
Hybridisierungslösung: |
50% Formamid (low conductivity) |
(ISH) |
0,75M NaCl |
|
1x PE (10mM PIPES pH 6.8, 1mM EDTA pH 8.0) |
|
0,1mg/ml tRNA |
|
0,05% Heparin |
|
0,1% BSA |
|
1% SDS |
|
in H2O bidest (DNAse/RNAse frei) |
|
|
LB-Medium: |
1% (w/v) Bacto-Tryptone |
|
0,5% (w/v) Hefe-Extrakt |
|
1% (w/v) NaCl |
|
mit 1M NaOH auf pH 7,5 einstellen |
|
|
Maleinsäure Puffer: |
0,1M Maleinsäure |
|
0,15M NaCl |
|
in 1L in H2O , pH 7,5 mit 10N NaOH einstellen |
|
|
Mops-Puffer, 10x: |
200 mM 3 ( N-Morpholino )-Propansulfonsäure |
|
50 mM Na-Acetat |
|
10 mM EDTA |
|
mit 10M NaOH auf pH 7.0 einstellen, lichtgeschützt |
|
|
PBS-Puffer, 10x: |
11,5g Na2HPO4 |
|
2g KH2PO4 |
|
80g NaCl |
|
2g KCl |
|
in 1L H2O bidest |
139
SOC-Medium: |
20g/L Bacto-Trypton |
|
5g/L Hefeextrakt |
|
0,5g/L NaCl |
|
0,186g/L KCl |
|
10mM MgCl2 |
|
|
SSC, 20x: |
87,7g NaCl |
|
44,1g Natriumcitrat |
|
in 500ml H2O bidest mit HCl auf pH 7,2 einstellen |
|
|
TBE-Puffer, 10x: |
0,89M Tris-Base |
|
0,89M Borsäure |
|
0,02M EDTA (pH 8,3) |
|
|
TBS-Puffer, 10x: |
80g NaCl |
|
2g KCl, |
|
25ml 1M Tris-HCl |
|
in 1L H2O bidest, pH7,4 |
|
|
TE-Puffer, 1x: |
50mM Tris-HCl, pH 8,0 |
|
1mM EDTA |
Tab. 25: Referenzangaben zu Tab.1 (Kap.A.2.4) und zu Tab.19 (Kap.C.4).
Nr. |
Referenz |
Nr. |
Referenz |
1 |
Karlseder et al. 1994 |
25 |
Tanigami et al. 1992 |
2 |
Szepetowski et al. 1992.A |
26 |
Carter et al. 1994 |
3 |
Barbareschi et al. 1997 |
27 |
Gudmundsson et al. 1995 |
4 |
Fantl et al. 1990 |
28 |
Hampton et al. 1994 |
5 |
Schuuring et al. 1992 |
29 |
Koreth et al. 1997 |
6 |
Seshadri et al. 1996 |
30 |
Shen et al. 2000 |
7 |
Szepetowski et al. 1992.B |
31 |
Negrini et al. 1995 |
8 |
Theillet et al. 1990 |
32 |
Schmutzler et al. 1996 |
9 |
Berns et al. 1992 |
33 |
Laake et al. 1997 |
10 |
Champeme et al. 1995 |
34 |
Laake et al. 1999 |
11 |
Driouch et al. 1997 |
35 |
Hampl et al. 19999 |
12 |
Hui et al. 1997 |
36 |
di Iasio et al. 1999 |
13 |
Borg et al. 1991 |
37 |
Rebbeck et al. 1996 |
14 |
Lammie et al. 1991 |
38 |
Launonen et al. 1999 |
15 |
Paterson et al. 1991 |
39 |
Windqvist et al. 1995 |
16 |
Tsuda et al. 1989 |
40 |
Schmitt et al. 1996 |
17 |
Adnane et al. 1989 |
41 |
Weitzel et al.1994 |
18 |
Henry et al. 1993 |
42 |
Gabra et al.1995 |
19 |
Lidereau et al. 1988 |
43 |
Gabra et al. 1996 |
20 |
Machotka et al. 1989 |
44 |
Wu et al. 1999 |
21 |
Meyers et al. 1990 |
45 |
Launonen et al.1998 |
22 |
Roux-Dosseto et al. 1992 |
46 |
Saretzki et al. 1997 |
23 |
Schmitt et al. 1996 |
47 |
Davis et al.1996 |
24 |
Tang et al. 1990 |
|
|
140
Tab. 26: Weitere Angaben zu in-silico Kandidatengenen und STS-Markern aus LOH- und Amplifikationsstudien. Name der Gene und Marker mit geläufigen Abkürzungen, Genbankeintrag des ESTs repräsentierend für das Assembly, Genbankeintrag der BAC-Sequenz auf dem das Gen bzw. der Marker lokalisiert ist und Ergebnisse des elektronischen Northern einschließlich des P-Wertes.
Nr. |
Gen / STS-Marker |
Gen / |
Assembly ID |
BAC ID |
e-Northern in Brustgewebe |
|||
Hits N |
Hits T |
Ratio T/N |
P-Wert |
|||||
1 |
Lipophilin B |
LPHB |
gi4107230 |
AC074200 |
14 |
24 |
2,86 |
0.00212 |
2 |
Mammaglobin 1 |
MGB1 |
gi1199595 |
AC074200 |
51 |
98 |
3,13 |
6.43e-12 |
3 |
Desmoyokin |
AHNAK |
gi819017 |
AP001363 |
60 |
15 |
0,45 |
0.00364 |
4 |
Transcobalamin 1 |
TCN1 |
gi307478 |
AC021809 |
1 |
6 |
11,11 |
0.0104 |
5 |
CD 20 like precursor |
LOC64166 |
gi1012431 |
AP001257 |
14 |
1 |
0,12 |
0.0138 |
6 |
Lipophilin A |
LPHA |
gi4107228 |
AC021454 |
0 |
4 |
n.d. |
0.0203 |
7 |
Nuclear RNA export factor 1 |
NXF1 |
gi616703 |
AC015703 |
18 |
3 |
0,30 |
0.0411 |
8 |
Solute carrier family 3, member 2 |
SLC3A2 |
gi182864 |
AP000438 |
4 |
14 |
6,25 |
0.000354 |
9 |
Retinoic acid receptor responder 3 |
RARRES3 |
gi1332058 |
AP002337 |
10 |
21 |
3,70 |
0.00048 |
10 |
Cytochrome c oxidase subunit VIII |
COX 8 |
gi691455 |
AC023920 |
2 |
7 |
6,25 |
0.013 |
11 |
FLJ22711 |
FLJ22711 |
gi2060804 |
AC005848 |
1 |
6 |
11,11 |
0.0104 |
12 |
Fau |
Fau |
gi690466 |
AC051660 |
4 |
11 |
5,00 |
0.00483 |
13 |
Heat shock protein 90 |
HSP90 |
gi728277 |
AP000769 |
232 |
102 |
0,72 |
0.00662 |
14 |
Alpha gene sequence |
alpha |
gi1342157 |
AP000769 |
105 |
35 |
0,60 |
0.00794 |
15 |
Protein kinase MLK-3 |
MLK-3 |
gi464027 |
AP000803 |
1 |
6 |
11,11 |
0.0104 |
16 |
Non-muscle type cofilin 1 |
CFL1 |
gi1692050 |
AC009470 |
9 |
19 |
3,70 |
0.000648 |
17 |
FLJ21749 |
FLJ21749 |
gi917650 |
AC005849 |
0 |
5 |
n.d. |
0.00595 |
18 |
FLJ20853 |
FLJ20853 |
gi659758 |
AC005849 |
1 |
5 |
9,09 |
0.025 |
19 |
Glutathione S-transferase pi 1 |
GSTP1 |
gi6552334 |
AC021987 |
- |
- |
- |
- |
20 |
Deleted in oral cancer-related 1 |
DOC-1R |
gi1396893 |
AC021987 |
3 |
9 |
5,26 |
0.0116 |
21 |
Aldehyde dehydrogenase 8 |
ALDH8 |
gi1578881 |
AC021987 |
5 |
14 |
5,00 |
0.00111 |
22 |
D11S97 |
D11S97 |
gi36374 |
AC019124 |
- |
- |
- |
- |
23 |
Cyclin D1 (PRAD1) |
CCND1 |
gi717688 |
AP001888 |
- |
- |
- |
- |
24 |
CCND1 / FGF3 |
CCND1 / FGF3 |
|
|
- |
- |
- |
- |
25 |
Fibroblast growth factor 4 |
FGF4 (HST1) |
gi186785 |
AP001888 |
- |
- |
- |
- |
26 |
FGF4 / FGF3 |
FGF4 / FGF3 |
|
|
- |
- |
- |
- |
27 |
Fibroblast growth factor 3 |
FGF3 (INT-2) |
gi4885232 |
AP000850 |
- |
- |
- |
- |
28 |
Fibroblast growth factor 3 |
FGF3 (INT-2) |
|
|
- |
- |
- |
- |
29 |
Amplaxin |
EMS1 |
gi182086 |
AP000405 |
- |
- |
- |
- |
30 |
Protein phosphatase methylesterase-1 |
PME-1 |
gi661684 |
AC006595 |
1 |
5 |
9,09 |
0.025 |
31 |
ELBT |
ELBT |
gi722841 |
AC021221 |
24 |
3 |
0,22 |
0.00772 |
32 |
Death associated protein 4 |
DAP4 |
gi9886758 |
AC022183 |
10 |
0 |
n.d. |
0.017 |
33 |
GARP |
GARP |
gi439295 |
AP001189 |
- |
- |
- |
- |
34 |
Chloride channel regulatory protein 1A |
CLNS1A |
gi26528 |
AP000609 |
18 |
22 |
2,17 |
0.0197 |
35 |
D11S901 |
D11S901 |
gi23036 |
AC019134 |
- |
- |
- |
- |
36 |
Unbekannt |
unbekannt |
gi562404 |
AP000446 |
0 |
3 |
n.d. |
0.0462 |
37 |
Clathrin assembly protein |
CLTH |
gi560235 |
AC055755 |
25 |
4 |
0,29 |
0.0115 |
38 |
Frizzled 4 |
FZD4 |
gi6912383 |
AP001528 |
14 |
1 |
0,12 |
0.0138 |
39 |
D11S4175 |
D11S4175 |
gi1232530 |
AP001875 |
- |
- |
- |
- |
40 |
D11S1342 |
D11S1342 |
gi394374 |
AP000651 |
- |
- |
- |
- |
41 |
D11S873 |
D11S873 |
gi484167 |
AP000722 |
- |
- |
- |
- |
42 |
D11S29 |
D11S29 |
gi484158 |
AP001154 |
- |
- |
- |
- |
43 |
Hypothetical protein HSPC148 |
HSPC148 |
gi986447 |
AP001152 |
0 |
3 |
n.d. |
0.0462 |
44 |
D11S35 |
D11S35 |
gi30382 |
AP001533 |
- |
- |
- |
- |
45 |
D11S940 |
D11S940 |
gi23830 |
AP000776 |
- |
- |
- |
- |
46 |
Yes-associated protein |
YAP65 |
gi395507 |
AC009765 |
26 |
6 |
0,41 |
0.0437 |
47 |
Matrix metalloproteinase 7 |
MMP7 |
gi35802 |
AC067795 |
18 |
3 |
0,30 |
0.0411 |
48 |
D11S2000 |
D11S2000 |
gi939413 |
AC016517 |
- |
- |
- |
- |
49 |
D11S1325 |
D11S1325 |
gi394028 |
AP000641 |
- |
- |
- |
- |
50 |
D11S1778 |
D11S1778 |
gi1232912 |
AC012383 |
- |
- |
- |
- |
51 |
D11S1294 |
D11S1294 |
gi308720 |
AP000871 |
- |
- |
- |
- |
52 |
D11S927 |
D11S927 |
gi23633 |
AP000901 |
- |
- |
- |
- |
53 |
D11S1391 |
D11S1391 |
gi939425 |
AC027539 |
- |
- |
- |
- |
54 |
D11S1347 |
D11S1347 |
gi394564 |
AC010815 |
- |
- |
- |
- |
55 |
D11S897 |
D11S897 |
gi488112 |
AP000802 |
- |
- |
- |
- |
56 |
D11S528 |
D11S528 |
gi30386 |
AP000774 |
- |
- |
- |
- |
57 |
Apolipoprotein C-III |
APOC3 |
gi13641496 |
AP001480 |
- |
- |
- |
- |
58 |
D11S976 |
D11S976 |
kein Eintrag |
AP000665 |
- |
- |
- |
- |
59 |
CD3D antigen |
CD3D |
gi11440313 |
AP002792 |
- |
- |
- |
- |
60 |
D11S925 |
D11S925 |
gi23602 |
AP001929 |
- |
- |
- |
- |
141
Tab. 27: Auswahl an Referenzen für Aberrationen (LOH, Amplifikation) in Brusttumoren mit Angabe von Kandidatengenen und Assoziationen bestimmter Aberrationen zur Histologie und Progression der Tumore. Referenzen dienten als Grundlage des Progressionsmodells (Kapitel A.2.1, Abb.2) und zur Gegenüberstellung von Aberrationsdaten mit den 330 kartierten in-silico Kandidatengenen (Kapitel C.2, Abb.11.1/.2).
Brusttumor |
|||
LOH |
Kandidatengene |
Histologie und Progression |
Literatur |
1p32-p36 |
p73 |
- |
Ragnarsson et al., 1999; Bieche et al., 1999; Tsukamoto et al., 1998 |
1p22-p31 |
- |
Tumorgröße, Metastasierung |
Ragnarsson et al., 1999; Tsukamoto et al., 1998 |
3p22-p25 |
- |
höheres Rezidivrisiko |
Hirano et al., 2001; Matsumoto et al., 1997 |
3p14 |
FHIT |
höheres Rezidivrisiko; PR-negativ |
Driouch et al., 1998; Matsumoto et al., 1997 |
4q12-q13 |
- |
höheres Grading |
Burger et al.1998 |
6q24-q27 |
- |
höheres Grading, PR-negativ |
Noviello et al., 1996; Sheng et al., 1996 |
7q31 |
MET |
schlechte Prognose |
Bieche et al., 1997; Lin et al., 1996 |
8p12-p22 |
- |
höheres Rezidivrisiko |
Hirano et al., 2001, Dahiya et al., 1998 |
9p21-p22 |
CDKN2/p16 |
DCIS |
Marsh et al., 1998; Eiriksdottir et al., 1995 |
9q22/ 9q33 |
- |
Metastasierung |
Minobe et al. 1998 |
10q23 |
PTEN |
ER-negativ; schlechte Prognose |
Bose et al., 1998; Feilotter et al., 1999 |
11p15 |
TSG101 |
schlechte Prognose |
Karnik et al., Lichy et al., 1999 |
11q22-qter |
ATM |
höheres Grading, schlechte Prognose |
Gentile et al., 1999; Driouch et al., 1998 |
13q12-q14 |
Rb, BRCA2 |
höheres Rezidivrisiko, ER-negativ |
Eiriksdottir et al., 1998; Schmutzler et al., 1997 |
15q |
- |
Metastasierung |
Driouch et al., 1998; Wick et al., 1996 |
16q22-q23 |
E-Cadherin |
ILC, Fernmetastasen |
Huiping et al., 1999 ; Driouch et al., 1998 |
16q23-q24 |
- |
DCIS, bessere Prognose |
Hansen et al., 1998; Chen et al., 1996 |
17p13.1-p13.3 |
TP53 |
höheres Rezidivrisiko, ER-negativ |
Hirano et al., 2001; Schmutzler et al., 1997 |
17q21-q24 |
BRCA1 |
höheres Grading, ER-negativ |
Phelan et al., 1998; Plummer et al., 1997 |
18q21-q22 |
DCC |
PR-negativ |
Huiping et al., 1998; Yokota et al., 1997 |
22q13 |
NF2 |
höheres Rezidivrisiko |
Hirano et al., 2001; Iida et al., 1998 |
|
|
|
|
Amplifikation |
Kandidatengene |
Histologie und Progression |
Literatur |
1q31-q32 |
ELF3, MDM |
- |
Tirkkonen et al., 1998 ; Benitez et al., 1997 |
8p11-p12 |
FGFR1 |
ILC, ER-positiv |
Courjal et al., 1997; Dib et al., 1995 |
8q24 |
MYC |
IDC, ER-negativ, schlechte Prognose |
Hermsen et al., 1998; Courjal et al., 1997 |
11q13 |
CCND1, FGF3 |
ILC, ER-positiv, schlechte Prognose |
Hermsen et al., 1998; Courjal et al., 1997 |
12q13-q15 |
MDM2 |
- |
Aubele et al., 1999; Bueso-Ramos et al., 1996 |
17q11-q12 |
ERBB2/ HER-2 |
IDC, ER-negativ; schlechte Prognose |
Hermsen et al., 1998; Courjal et al., 1997 |
20q13 |
- |
schlechte Prognose |
Hermsen et al., 1998; Tanner et al., 1996 |
142
Tab. 28: Auswahl an Referenzen für Aberrationen (LOH, Amplifikation) in Ovarialtumoren und endometrialen Tumoren mit Angabe von Kandidatengenen und Assoziationen bestimmter Aberrationen zur Histologie und Progression der Tumore. Referenzen dienten als Grundlage des Progressionsmodells (Kapitel A.2.2, Abb.3) und zur Gegenüberstellung von Aberrationsdaten mit den 330 kartierten in-silico Kandidatengenen (Kapitel C.2, Abb.11.1/.2).
Ovarialtumor |
|||
LOH |
Kandidatengene |
Histologie und Progression |
Literatur |
1p36 |
- |
- |
Ragnarsson et al., 1999 |
2q21-q22 |
- |
- |
Saretzki et al., 1997; Cliby et al., 1993 |
3p14 |
FHIT |
niedriges Grading |
Lounis et al., 1998; Arnold et al., 1996 |
5q21-q22 |
APC |
niedriges Grading |
Saretzki et al., 1997; Tavassoli et al., 1996 |
6p |
- |
niedriges Grading |
Link et al., 1996; Weitzel et al., 1994 |
6q22-q27 |
- |
- |
Suzuki et al., 1998; Colitti et al., 1998 |
7q21-q31 |
- |
- |
Huang et al., 1999; Kerr et al.1996 |
8p12-p23 |
- |
- |
Wright et al, 1998 |
9p21-pter |
CDKN2, p16 |
niedriges Grading |
Saretzki et al., 1997; Campbell et al., 1995 |
10q23 |
PTEN |
- |
Obata et al., 2000 |
11p15 |
HRAS |
höheres Grading |
Link et al., 1996; Weitzel et al., 1994 |
11q22-qter |
ATM |
niedriges Grading |
Launonen et al., 1998; Davis et al., 1996 |
13q |
RB |
höheres Grading |
Liu et al., 1994 ; Dodson et al., 1993 |
15q |
- |
höheres Grading |
Link et al., 1996 |
17p11-p13 |
TP53 |
niederes Grading |
Watson et al., 1996; Eccles et al., 1992 |
17q21-q24 |
BRCA1 |
höheres Grading |
Saretzki et al., 1997; Eccles et al., 1992 |
18q21-q22 |
DCC |
höheres Grading |
Saretzki et al., 1997; Arnold et al., 1996 |
22q |
NF2 |
- |
Bryan et al., 1996; Link et al., 1996 |
|
|||
Amplifikation |
Kandidatengen |
Histologie und Progression |
Literatur |
1q32 |
- |
- |
Tapper et al., 1997; Sonoda et al., 1997 |
3q26.3-qter |
PIK3CA |
höheres Grading |
Sonoda et al., 1997; Arnold et al., 1996; |
8q23-qter |
MYC |
höheres Grading |
Sonoda et al., 1997; Arnold et al., 1996 |
12p |
KRAS |
niedriges Grading |
Sonoda et al., 1997; Arnold et al., 1996 |
17q11-q12 |
ERBB2/ HER-2 |
niedriges Grading |
Lynch et al., 1998 |
19q |
- |
- |
Lynch et al., 1998; Sonoda et al., 1997 |
20q |
MYBL2 |
höheres Grading |
Arnold et al., 1996; Iwabuchi et al., 1995 |
|
|||
Endometrium-Tumor |
|||
LOH |
Kandidatengene |
Histologie und Progression |
Literatur |
1p |
- |
- |
Ragnarsson et al. 1999 |
7q11.23 |
- |
- |
Fujino et al. 1994 |
10q23-q26 |
- |
- |
Kurose et al. 1998; Nagase et al. 1996 |
16q |
E-Cadherin |
- |
Kihana et al, 1996 |
17p, 17q |
- |
Östrogen-unabhängig |
Tritz et al., 1997 |
|
|||
Amplifikation |
Kandidatengen |
Histologie und Progression |
Literatur |
1q |
- |
- |
Suzuki et al, 1997 |
8q |
- |
- |
Suzuki et al, 1998 |
143
144
A |
Ala |
Alanin |
B |
Asx |
Asparagin / Asparaginsäure |
C |
Cys |
Cystein |
D |
Asp |
Asparaginsäure |
E |
Glu |
Glutaminsäure |
F |
Phe |
Phenylalanin |
G |
Gly |
Glycin |
H |
His |
Histidin |
I |
Ile |
Isoleucin |
K |
Lys |
Lysin |
L |
Leu |
Leucin |
M |
Met |
Methionin |
N |
Asn |
Asparagin |
P |
Pro |
Prolin |
Q |
Gln |
Glutamin |
R |
Arg |
Arginin |
S |
Ser |
Serin |
T |
Thr |
Threonin |
V |
Val |
Valin |
W |
Trp |
Tryptophan |
Y |
Tyr |
Tyrosin |
Z |
Glx |
Glutamin / Glutaminsäure |
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