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Supplementary data for the dissertation "New insights into the molecular basis of gametogenesis of the hybridogenetic water frog Pelophylax esculentus".

#Suppl. material e_1: Sample information.

For the explanatory notes see the "Explanation" sheet.
The table contains information on 672 DNA samples of water frogs used for GT-Seq analysis, see chapter 2.3.1.

#Suppl. material e_2: Sequences of 160 gametogenic genes obtained from transcriptome libraries.

The text file containing coding sequences of 160 genes known to be involved in gametogenesis.
Sequences are given in fasta format and sorted alphabetically according to the gene name.

#Suppl. material e_3: Sequences of 160 respiratory genes obtained from transcriptome libraries.

The text file containing coding sequences of 20 nuclear genes known to be involved in the respiratory chain.
Sequences are given in fasta format and sorted alphabetically according to the gene name.

#Suppl. material e_4: Original reference sequence used to align trimmed sequencing reads with the program Geneious.

The text file contains a reference sequence based on fragments of coding sequences of selected gametogenic and respiratory genes (see chapters 2.4.1, 2.4.2, and 2.4.4). The sequence is given in fasta format, gene segments are separated by artificial TTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAAA spacers.

#Suppl. material e_5: Sequences of genes obtained from Pelophylax lessonae transcriptomes used as reference sequences.

The text file contains lessonae-specific reference sequences based on complete coding sequences of gametogenic and respiratory genes, which were manually generated on the basis of available water frog transcriptomes (see chapter 2.4.4).
Sequences are given in fasta format and sorted alphabetically according to the gene name.

#Suppl. material e_6: Sequences of genes obtained from Pelophylax ridibundus transcriptomes used as reference sequences.

The text file contains ridibundus-specific reference sequences based on complete coding sequences of gametogenic and respiratory genes, which were manually generated on the basis of available water frog transcriptomes (see chapter 2.4.4).
Sequences are given in fasta format and sorted alphabetically according to the gene name.

#Suppl. material e_7: List of single nucleotide polymorphisms (SNPs) with species-specific alleles used for genotype and ploidy determination.

The SNPs were used for ploidy and genotype analysis. For additional information see chapter 2.5.1.

#Suppl. material e_8: Master table of SNPs and individuals genotyped.

The table contains information on genotypes of all individuals and SNPs analyzed, see chapter 2.5.2 and the explanatory notes given therein.

#Suppl. material e_9: Detailed characteristics of 160 gametogenic and 20 respiratory genes obtained from transcriptome libraries.

For the explanatory notes see the "Explanation" sheet.
Table contains information on coding sequence length, number of exons, pairwise genetic divergences, and basic descriptive statistics.

----DEUTSCH----

Ergänzende Daten zur Dissertation "Neue Einblicke in die molekularen Grundlagen der Gametogenese des hybridogenen Wasserfrosches Pelophylax esculentus".

#Suppl. material e_1: Probeninformationen.

Für die Erläuterungen siehe das Blatt "Explanation".
Die Tabelle enthält Informationen zu 672 DNA-Proben von Wasserfröschen, die für die GT-Seq-Analyse verwendet wurden.

#Suppl. material e_2: Sequenzen von 160 gametogenen Genen, die aus Transkriptom-Bibliotheken gewonnen wurden.

Textdatei mit kodierenden Sequenzen von 160 Genen, von denen bekannt ist, dass sie an der Gametogenese beteiligt sind.
Die Sequenzen sind im Fasta-Format und alphabetisch nach den Namen der einzelnen Gene sortiert.

#Suppl. material e_3: Sequenzen von 160 respiratorischen Genen aus Transkriptom-Bibliotheken.

Textdatei mit den kodierenden Sequenzen von 20 Kerngenen, von denen bekannt ist, dass sie an der Atmungskette beteiligt sind.
Die Sequenzen sind im Fasta-Format und alphabetisch nach den Namen der einzelnen Gene sortiert.

#Suppl. material e_4: Original-Referenzsequenz, die verwendet wurde, um getrimmte Sequenzierungs-Reads mit dem Programm Geneious zu alignieren.

Die Textdatei enthält eine Referenzsequenz, die auf Fragmenten von kodierenden Sequenzen ausgewählter gametogener und respiratorischer Genen basiert (siehe Kapitel 2.4.1, 2.4.2 und 2.4.4). Die Sequenz ist im Fasta-Format angegeben, die Gensegmente sind durch artifizielle TTTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAA-Spacer getrennt.

#Suppl. material e_5: Sequenzen von Genen aus Pelophylax lessonae-Transkriptomen, die als Referenzsequenzen verwendet wurden.

Die Textdatei enthält lessonae-spezifische Referenzsequenzen, die auf vollständigen kodierenden Sequenzen von gametogenen und respiratorischen Genen basieren. Die sequencen wurden auf der Grundlage der verfügbaren Wasserfrosch-Transkriptome manuell erstellt (siehe Kapitel 2.4.4).
Die Sequenzen sind im fasta-Format angegeben und sind alphabetisch nach dem Namen der Gene sortiert.

#Zusatzmaterial e_6: Sequenzen von Genen aus Pelophylax ridibundus-Transkriptomen, die als Referenzsequenzen verwendet wurden.

Die Textdatei enthält ridibundus-spezifische Referenzsequenzen, die auf vollständigen kodierenden Sequenzen von gametogenen und respiratorischen Genen basieren. Die sequencen wurden auf der Grundlage der verfügbaren Wasserfrosch-Transkriptome manuell erstellt (siehe Kapitel 2.4.4).
Die Sequenzen sind im fasta-Format angegeben und sind alphabetisch nach dem Namen der Gene sortiert.

#Suppl. material e_7: Liste der Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs) mit artspezifischen Allelen, die für die Genotyp- und Ploidiebestimmung verwendet wurden.

Die SNPs wurden für die Ploidie- und Genotyp-Analyse verwendet. Für weitere Informationen siehe Kapitel 2.5.1.

#Suppl. material e_8: Master-Tabelle der SNPs und genotypisierten Individuen.

Die Tabelle enthält Informationen über die Genotypen aller Individuen und der analysierten SNPs, siehe Kapitel 2.5.2 und die darin enthaltenen Erläuterungen.

#Suppl. material e_9: Detaillierte Merkmale von 160 gametogenen und 20 respiratorischen Genen, die aus Transkriptom-Bibliotheken gewonnen wurden.

Für die Erläuterungen siehe Blatt "Explanation".
Die Tabelle enthält Informationen über die Länge der kodierenden Sequenzen, die Anzahl der Exons, paarweise genetische Divergenzen und grundlegende deskriptive Statistik.