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2006-12-11Dissertation DOI: 10.18452/15568
Strukturuntersuchungen an Proteinen der bakteriellen Stressantwort: NblA von Anabaena sp. PCC 7120 und Csp:ssDNA-Komplexe von Bacillus caldolyticus und Bacillus subtilis
dc.contributor.authorBienert, Ralf
dc.date.accessioned2017-06-18T08:00:23Z
dc.date.available2017-06-18T08:00:23Z
dc.date.created2007-01-09
dc.date.issued2006-12-11
dc.identifier.urihttp://edoc.hu-berlin.de/18452/16220
dc.description.abstractDie meisten Cyanobakterien und Chloroplasten von Rotalgen verfügen über Phycobilisomen, große lichtsammelnde Multiproteinkomplexe, die an der cytoplasmatischen Seite der Thylakoidmembran gebunden vorliegen. Unter stickstofflimitierten Bedingungen werden die Phycobilisomen proteolytisch abgebaut. Dieser Prozess schützt vor Fotoschäden unter den gegebenen Stressbedingungen und liefert gleichzeitig einen großen Vorrat an Stickstoff enthaltenden Substanzen. Das Gen nblA, welches in allen Phycobilisomen enthaltenden Organismen vorkommt, kodiert für ein Polypeptid von ungefähr 7 kDa, das eine Schlüsselrolle im Abbau der Phycobilisomen einnimmt. Die Wirkungsweise von NblA dabei wird jedoch bisher kaum verstanden. Ein Selenomethioninderivat von NblA des filamentösen Cyanobakteriums Anabaena sp. PCC 7120 wurde in Escherichia coli rekombinant hergestellt, gereinigt und kristallisiert. Die Röntgenkristallstruktur von NblA wurde mithilfe der single-wavelength anomalous dispersion-Methode bis zu einer Auflösung von 1,8 Angstrom bestimmt. Das finale Modell verfügt über einen kristallographischen R-Wert von 18,2% und einen freien R-Wert von 21,7%. Das kleine NblA-Protein von 65 Aminosäuren besteht aus zwei alpha-Helices, die in einem ca. 37°-Winkel in einer antiparallelen, V-förmigen Anordnung zueinander stehen. Zwei dieser Monomere bilden die grundlegende strukturelle Einheit von NblA, ein vier-Helix-Bündel, bei dem sich die Spitzen der "Vs" auf der gleichen Seite des Dimers überlagern und über eine nicht-kristallographische zweizählige Achse miteinander verknüpft sind. Auf der Grundlage von Bindungsstudien und der Kenntnis der NblA-Struktur konnte ein Modell für die Bindung von NblA an die Phycobilisomenstruktur postuliert werden.ger
dc.description.abstractCyanobacterial light harvesting complexes, the phycobilisomes, are proteolytically degraded when the organisms are starved for combined nitrogen, a process referred to as chlorosis or bleaching. Gene nblA, present in all phycobilisome-containing organisms, encodes a protein of about 7 kDa that plays a key role in phycobilisome degradation. To gain deeper insights into the mode of action of NblA in this degradation process the crystal structure of NblA was determined and a model of its binding to phycobilisomes was proposed. For this purpose, NblA from Anabaena sp. PCC 7120 was produced as selenomethionine NblA derivative in Escherichia coli B834 (DE3), purified and crystalized. NblA crystals grew as long, but thin rods and belong to the monoclinic space group P2(1) with cell parameters of a = 43.2 A, b = 95.9 A, c = 104.8 A and Beta = 97.0°. They contain twelve NblA monomers in the asymmetric unit. The crystal structure with a resolution of 1.8 A was determined using the single-wavelength anomalous dispersion (SAD) technique and refined to final values for Rwork and Rfree of 0.182 and 0.217, respectively. The small NblA polypeptide of 65 amino acids consists of two alpha-helices which are assembled at a ~37° angle in an antiparallel, V-shaped arrangement. Two NblA monomers form the basic structural unit of NblA, a four-helix bundle with the tips of the V superimposing on the same side of a dimer. The dimer is formed by two molecules related by a non-crystallographic dyad axis. Based on the crystal structure presented here, pull-down experiments, and peptide scan data a model of binding of NblA to phycobilisomes was proposed. Considering the entire phycobilisome structure, NblA is predicted to bind via its amino acids Leu51 and Lys53 to the trimer-trimer interface of the phycobiliprotein hexamers.eng
dc.language.isoger
dc.publisherHumboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I
dc.subjectCyanobakterienger
dc.subjectPhycobilisomger
dc.subjectProteolyseger
dc.subjectNblAger
dc.subjectChlorosisger
dc.subjectKristallger
dc.subjectStrukturger
dc.subjectKälteschockger
dc.subjectOB-Faltungstypger
dc.subjectPhycobilisomeeng
dc.subjectCyanobacteriaeng
dc.subjectProteolysiseng
dc.subjectNblAeng
dc.subjectChlorosiseng
dc.subjectCrystaleng
dc.subjectStructureeng
dc.subjectCold shockeng
dc.subjectOB-Foldeng
dc.subject.ddc570 Biowissenschaften, Biologie
dc.titleStrukturuntersuchungen an Proteinen der bakteriellen Stressantwort: NblA von Anabaena sp. PCC 7120 und Csp:ssDNA-Komplexe von Bacillus caldolyticus und Bacillus subtilis
dc.typedoctoralThesis
dc.identifier.urnurn:nbn:de:kobv:11-10073059
dc.identifier.doihttp://dx.doi.org/10.18452/15568
dc.identifier.alephidHU002082294
dc.date.accepted2006-06-20
dc.contributor.refereeBorriss, R.
dc.contributor.refereeHeinmann, U.
dc.contributor.refereeLockau, W.
dc.subject.dnb32 Biologie
dc.subject.rvkWF 5200
local.edoc.pages138
local.edoc.type-nameDissertation
local.edoc.institutionMathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I

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