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2014-01-16Dissertation DOI: 10.18452/16887
Untersuchungen von inter- und intramolekularen Interaktionen des globalen Regulators AbrB und dessen Antirepressors AbbA
dc.contributor.authorNeubauer, Svetlana
dc.date.accessioned2017-06-18T12:51:09Z
dc.date.available2017-06-18T12:51:09Z
dc.date.created2014-01-30
dc.date.issued2014-01-16
dc.identifier.urihttp://edoc.hu-berlin.de/18452/17539
dc.description.abstractAus den frühen Bindungsstudien des globalen Regulators AbrB mit der ausgedehnten phyC-Promotorregion von Bacillus amyloliquefaciens FZB45 konnte ein mehrstufiger kooperativer Bindungsprozess abgeleitet werden. Dabei verlangt die AbrB-vermittelte Repression von phyC nach Integrität zweier großer Bindungsstellen, ABS1 und ABS2, die 162 bp voneinander entfernt liegen. In der vorliegenden Arbeit wurden die ersten Echtzeitkinetiken zur DNA-AbrB-Interaktion mittels der Oberflächenplasmonresonanz (SPR) gemessen und analysiert. AbrB zeigte hohe Affinitäten zu den 40 bp langen Oligonukleotiden, die den beiden Bindungsstellen entstammen. Dabei verursachten alle Oligonukleotide der ABS2 und nur eine kurze Region innerhalb der ABS1 bei der Bindung von AbrB Konformationsänderungen im Protein und in der DNA (CD - Zirkulardichroismusspektroskopie) und wiesen eine Kooperativität von 2ger
dc.description.abstractIn previous binding studies it could be demonstrated that a global regulator AbrB and the extensive phyC promoter region of Bacillus amyloliquefaciens FZB45 interact in a complex manner. AbrB binding is a multistep cooperative process. The integrity of both binding sites, ABS1 and ABS2, which are separated by 162 bp, is crucial for the AbrB-mediated repression of phyC. This work presents the first real-time binding kinetics of the AbrB-DNA interaction using surface plasmon resonance (SPR). AbrB exhibited high affinities to all analyzed 40-bp oligonucleotides that were derived from the ABSs of phyC. All parts of the ABS2, but only a small region within ABS1, were bound cooperatively to AbrB with a stoichiometry of 2 DNA to 1 AbrB tetramer and with 2eng
dc.language.isoger
dc.publisherHumboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I
dc.rightsNamensnennung - Keine kommerzielle Nutzung - Keine Bearbeitung
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/de/
dc.subjectMutageneseger
dc.subjectAbrBger
dc.subjectAbbAger
dc.subjectphyC-Promotorger
dc.subjectProtein-DNA-Interaktionger
dc.subjectBacillus amyloliquefaciens FZB45ger
dc.subjectOberflächenplasmonresonanz (SPR)ger
dc.subjectEchtzeitbindungskinetikenger
dc.subjectpositive Kooperativitätger
dc.subjectnegative Kooperativitätger
dc.subjectHill-Koeffizientger
dc.subjectGleichgewichtskonstante der Dissoziationger
dc.subjectZirkulardichroismus (CD)ger
dc.subjectchemische Interferenzfootprintsger
dc.subjectRöntgenkleinwinkelstreuung (SAXS)ger
dc.subjectAlaninsubstitutionger
dc.subjectGelretardationsassays (EMSA)ger
dc.subjectin vitro Transkriptionger
dc.subjectmutagenesiseng
dc.subjectAbrBeng
dc.subjectAbbAeng
dc.subjectphyC-promotereng
dc.subjectprotein-DNA interactioneng
dc.subjectBacillus amyloliquefaciens FZB45eng
dc.subjectsurface plasmon resonance (SPR)eng
dc.subjectreal-time binding kineticseng
dc.subjectpositive cooperativityeng
dc.subjectnegative cooperativityeng
dc.subjectHill-coefficienteng
dc.subjectequilibrium dissociation constanteng
dc.subjectcircular dichroism (CD)eng
dc.subjectchemical interference footprintseng
dc.subjectsmall angle X-ray scattering (SAXS)eng
dc.subjectalanine substitutioneng
dc.subjectgel retardation assays (EMSA)eng
dc.subjectin vitro transcriptioneng
dc.subject.ddc570 Biologie
dc.titleUntersuchungen von inter- und intramolekularen Interaktionen des globalen Regulators AbrB und dessen Antirepressors AbbA
dc.typedoctoralThesis
dc.identifier.urnurn:nbn:de:kobv:11-100215266
dc.identifier.doihttp://dx.doi.org/10.18452/16887
dc.identifier.alephidBV041602318
dc.date.accepted2013-12-12
dc.contributor.refereeBorriss, Rainer
dc.contributor.refereeEitinger, Thomas
dc.contributor.refereeWilde, Annegret
dc.subject.dnb32 Biologie
dc.subject.rvkWG 4050
local.edoc.pages193
local.edoc.type-nameDissertation
local.edoc.institutionMathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I

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