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2015-01-08Dissertation DOI: 10.18452/17095
Das Dauerstadium als Präadaptation
dc.contributor.authorChang, Zisong
dc.date.accessioned2017-06-18T13:34:19Z
dc.date.available2017-06-18T13:34:19Z
dc.date.created2015-01-12
dc.date.issued2015-01-08
dc.identifier.urihttp://edoc.hu-berlin.de/18452/17747
dc.description.abstractWir fanden konservierte molekulare Signaturen der Regulation durch Δ7-DA und Ascarosid bei Dauer- und infektiösen Larven. Danach wurde die hohe Konservierung durch unsere Analyse in Dauer- und Postdauer-Stadium zwischen den zwei nah verwandten freilebenden Arten C. elegans und C. briggsae identifiziert. Das heißt, dass die relative Veränderung auf mRNA- oder Protein- Ebene zwischen zwei Arten stark korreliert ist. Aber die relative Veränderung innerhalb derselben Art zeigt keine hochgradige Korrelation zwischen mRNA- und Protein-Ebene. Unsere Ergebnisse zeigen in C. elegans Dauerlarven die signifikante Reduzierung der RNA-Mengen in 20 Stoffwechselwegen. Im Gegensatz dazu speicherten Dauerlarven reichlich RNA-Mengen in GO Termen wie Ribosome und Aminoacyl-tRNA biosynthesis. Auf Protein-Ebene sind die Stoffwechselwege von Proteinsynthese und Proteinverarbeitung im endoplasmatischen Retikulum in Dauerlarven herunterreguliert und GO Terme wie Lysosome sind hochreguliert. Durch die Zeitreihenanalyse der Proteom-Remodellierung der molekularen Signaturen beim Austritt aus dem Dauer-Stadium fand wir, dass GO Terme wie metal ion binding signifikant herunterreguliert sind und der Proteinabbau hochreguliert ist. Unsere Ergebnisse vom pSILAC Experiment deuten an, dass die Proteine für Energieerzeugung und Chaperone/Proteinfaltung beim Daueraustritt schnell verbraucht sind und wieder hergestellt werden. Zum Schluss haben wir als Erste den popomR-Assay in C. elegans etabliert und ein Screening der vermeintlichen Proteinbindestellen auf poly-A-RNA durchgeführt, um in der Zukunft die konservierten Mechanismen der post-transkriptionellen Regulation durch RBPs im Dauer-Stadium zu analysieren.ger
dc.description.abstractWe found the conservation of molecular signatures by regulating with Δ7-DA and Ascarosid in dauer larvae and infective larvae. Then by our comparative analysis, the high degree of conservation between two closely related free-living species C. elegans and C. briggsae was identified in dauer and post-dauer stages. This means that the relative changes are strongly correlated on the mRNA or the protein level between two species. But the relative changes in the same species don’t show any strong correlation between the mRNA and the protein levels. Our results showed a significantly reduced amount of RNA in 20 metabolic pathways in C. elegans dauer larvae. In contrast, dauer larvae stored a large amount of RNA in GO terms such as ribosome and aminoacyl-tRNA biosynthesis. On the protein level, the metabolic pathways of protein synthesis and protein processing in endoplasmic reticulum were downregulated in dauer larvae and the term of lysosome was up-regulated. Due to time course analysis for proteome remodeling of molecular signatures during exit process from dauer stage, we found that GO terms such as metal ion binding were significantly downregulated during dauer exit and at the same time the protein degradation was up-regulated. Our results of pSILAC experiment suggest that the proteins for energy generation and chaperone/protein folding are quickly spent and rebuilded during dauer exit. Finally, we were the first to establish the popomR assay in C. elegans and performed a screening of the putative protein binding sites on poly-A RNA to analyze the conserved mechanisms of post-transcriptional regulation by RBPs in dauer larvae in the future.eng
dc.language.isoger
dc.publisherHumboldt-Universität zu Berlin, Lebenswissenschaftliche Fakultät
dc.rightsNamensnennung - Keine kommerzielle Nutzung - Keine Bearbeitung
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/de/
dc.subjectLC-MS/MSger
dc.subjectProteomger
dc.subjectNematodeger
dc.subjectCaenorhabditisger
dc.subjectPristionchusger
dc.subjectStrongyloidesger
dc.subjectDauerlarvenger
dc.subjectinfektiöse Larvenger
dc.subjectfreilebendger
dc.subjectparasitärger
dc.subjectevolutionäre Entwicklungsbiologieger
dc.subjectDauerstadiumger
dc.subjectPostdauerger
dc.subjectDaueraustrittger
dc.subjectpost-transkriptionelle Regulationger
dc.subjectTranskriptomger
dc.subjectRNA-seqger
dc.subjectpopomRger
dc.subjectLC-MS/MSeng
dc.subjectproteomeeng
dc.subjectpost-transcriptional regulationeng
dc.subjectnematodeeng
dc.subjectCaenorhabditiseng
dc.subjectPristionchuseng
dc.subjectStrongyloideseng
dc.subjectdauer larvaeeng
dc.subjectinfective larvaeeng
dc.subjectfree-livingeng
dc.subjectparasiticeng
dc.subjectevolutionary developmental biologyeng
dc.subjectdauer stageeng
dc.subjectpostdauereng
dc.subjectdauer exiteng
dc.subjecttranscriptomeeng
dc.subjectRNA-seqeng
dc.subjectpopomReng
dc.subject.ddc570 Biologie
dc.titleDas Dauerstadium als Präadaptation
dc.typedoctoralThesis
dc.subtitleeine vergleichende systembiologische Analyse einer möglichen evolutionären Zwischenstufe in Rundwürmern
dc.identifier.urnurn:nbn:de:kobv:11-100225340
dc.identifier.doihttp://dx.doi.org/10.18452/17095
dc.identifier.alephidBV042264261
dc.date.accepted2014-10-14
dc.contributor.refereeLucius, Richard
dc.contributor.refereeSelbach, Matthias
dc.contributor.refereeStreit, Adrian
dc.subject.dnb32 Biologie
dc.subject.rvkWP 7560
local.edoc.pages147
local.edoc.type-nameDissertation
local.edoc.institutionLebenswissenschaftliche Fakultät

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