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2016-03-09Dissertation DOI: 10.18452/17454
Thermodynamic modeling explains the regulation of CYP1A1 expression in the liver
dc.contributor.authorSchulthess, Pascal
dc.date.accessioned2017-06-18T14:52:49Z
dc.date.available2017-06-18T14:52:49Z
dc.date.created2016-03-16
dc.date.issued2016-03-09
dc.identifier.urihttp://edoc.hu-berlin.de/18452/18106
dc.description.abstractDie vorliegende Studie präsentiert eine Analyse der Integration der AhR und Wnt/beta-catenin Signalwege in den CYP1A1 Promotor sowie den regulatorischen Einfluss der Promotorlogik auf die Genexpression. Experimentell wurde diese Analyse mithilfe 29 mutagener Reporterkonstrukte des humanen CYP1A1 Promotors durchgeführt. Ein mathematisches Modell, welches eine Repräsentation des Crosstalks der Signaltransduktionswege mit einer statistisch mechanischen Beschreibung der kombinatorischen Promotorbelegung kombiniert, komplementierte den experimentellen Ansatz. Unter zusätzlicher Zuhilfenahme von gut kontrollierbaren synthetischen Promotorkonstrukten fand ich heraus, dass nur jenes Dioxin-responsive Element das sich am nächsten am Transkriptionsstartpunkt befindet, die Promotorbelegung an die RNA Polymerase kommuniziert. Außerdem beobachtete ich, dass Transkriptionsfaktoren alleine mit Transkriptionsfaktoren interagieren die mit benachbarten Bindestellen assoziieren, d.h. Interaktionen überbrücken keine größeren Entfernungen. Der Modellierungsansatz ermöglichte zudem die erfolgreiche Vorhersage einer UND-Gatter-ähnlichen Integration der beiden Signalwege in den Promotor. Für die genomische Architektur des CYP1A1 Promotors konnte ich die Signifikanz der Zielbindestelle des Wnt/beta-catenin Signalwegs innerhalb des cis-regulatorischen Region demonstrieren. Mithilfe des Modells fand ich heraus, dass diese Bindestelle am stärksten und vielfältigsten mit den restlichen Transkriptionsfaktoren interagiert. Zusätzliche konnte, im Vergleich zu dem alles-oder-nichts UND-Gatter der synthetischen Konstrukte, eine sehr viel graduellere Antwort auf die Integration der beiden Signalwege aufgezeigt werden. Abschließend wurde das physiologisch zu beobachtende Expressionsmuster von dem Modell vorhergesagt und experimentell validiert.ger
dc.description.abstractThe study at hand presents an analysis of the integration of the AhR and the Wnt/beta-catenin signaling pathways into the CYP1A1 promoter as well as the regulatory influence of the promoter logic on gene expression. Experimentally, this analysis was conducted with the help of 29 mutant constructs of the human CYP1A1 promoter. I complemented this experimental approach with a set of mathematical models that combined a representation of the signaling crosstalk with a statistical mechanics description of the combinatorial promoter occupancy. With the help of well controllable synthetic promoter constructs I found that only the dioxin responsive element closest to the transcription start site communicates the promoter occupancy to the RNA polymerase. Furthermore, transcription factors only interact with transcription factors that associate with nearby binding sites, i.e., no long-distance binding was observed. The modeling approach subsequently enabled the successful prediction of an AND-gate-like integration of the two signaling pathways into the promoter. For the genomic architecture of the CYP1A1 promoter, I could demonstrate the importance of the Wnt/beta-catenin pathway target binding site within the cis-regulatory region. The model uncovered that this binding site is the strongest and most promiscuous interaction partner of the remaining transcription factors. In addition, a less switch-like response to the integration of the two signaling pathways as compared to the all-or-none AND-gate within the synthetic constructs could be demonstrated. And lastly, the physiological expression pattern in liver lobules could be successfully predicted by the model and experimentally verified.eng
dc.language.isoeng
dc.publisherHumboldt-Universität zu Berlin, Lebenswissenschaftliche Fakultät
dc.rightsNamensnennung - Keine kommerzielle Nutzung - Weitergabe unter gleichen Bedingungen
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/de/
dc.subjectCYP1A1ger
dc.subjectTranskriptionsfaktorger
dc.subjectKooperativitätger
dc.subjectLeberzonierungger
dc.subjectPromotorlogikger
dc.subjectThermodynamisches Modellger
dc.subjecttranscription factoreng
dc.subjectcooperativityeng
dc.subjectCYP1A1eng
dc.subjectliver zonationeng
dc.subjectpromoter logiceng
dc.subjectthermodynamic modeleng
dc.subject.ddc530 Physik
dc.titleThermodynamic modeling explains the regulation of CYP1A1 expression in the liver
dc.typedoctoralThesis
dc.identifier.urnurn:nbn:de:kobv:11-100237139
dc.identifier.doihttp://dx.doi.org/10.18452/17454
dc.identifier.alephidBV043462965
dc.date.accepted2016-03-04
dc.contributor.refereeBlüthgen, Nils
dc.contributor.refereeLegewie, Stefan
dc.contributor.refereeSchwarz, Michael
dc.subject.dnb29 Physik, Astronomie
dc.subject.rvkWD 5380
dc.subject.rvkWF 9895
local.edoc.pages143
local.edoc.type-nameDissertation
local.edoc.institutionLebenswissenschaftliche Fakultät

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