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2016-12-14Dissertation DOI: 10.18452/17657
The choreography of yeast mating
dc.contributor.authorGiese, Wolfgang
dc.date.accessioned2017-06-18T15:35:26Z
dc.date.available2017-06-18T15:35:26Z
dc.date.created2016-12-16
dc.date.issued2016-12-14
dc.identifier.urihttp://edoc.hu-berlin.de/18452/18309
dc.description.abstractDie Forschung an der Hefe Saccharomyces cerevisiae – auch als Bäckerhefe bekannt – hat sich für die biologische Grundlagenforschung als unentbehrlich erwiesen und führte zu wichtigen Erkenntnissen in der Erforschung von Krankheiten wie Krebs. Am Beispiel der Paarung von Hefezellen werden in dieser Arbeit wesentliche Aspekte der eukaryotischen Zellbiologie untersucht. In der Haplophase des Lebenszyklus der Hefe, treten haploide Zellen als Paarungstyp MATa oder MATα auf. Diese Paarungstypen kommunizieren über Pheromone, die in ein extrazelluläres Medium abgesondert werden und von Zelloberflächenrezeptoren des komplementären Paarungstyps erkannt werden. Hefezellen wachsen in die Richtung eines möglichen Paarungspartners, da sie sich nicht aktiv bewegen können. Die Auswertung von empirischen Daten aus der Fluoreszenzmikroskopie und Rasterkraftmikroskopie (AFM) mit mathematischen Modellen ermöglichte die Rekonstruktion wesentlicher Prozesse der Hefepaarung: (i) Interzelluläre Kommunikation über die Sezernierung und Rezeption von Pheromonen, (ii) Aufbau der Zellpolarität als Reaktion auf die Pheromonantwort, (iii) Induktion und Mechanik der Zellformänderung. Folgende Modelle wurden dazu entwickelt: (i) Die interzelluläre Kommunikation wurde unter Verwendung von zellulären Automaten mit Hilfe von Reaktions-Diffusions (RD) Gleichungen modelliert. Das Modell zeigte, dass die gegenseitige Stimulierung und erhöhte Pheromonabsonderung zu einer verbesserten Abstimmung in der Paarung in der Zellpopulation führt. (ii) Ein Turing- und ein Phasenseparations- Mechanismus wurden als Modelle zum Aufbau der Zellpolarität verwendet. Volumen-Oberflächen gekoppelte RD Gleichungen wurden analytisch und numerisch mit der Finite-Elemente-Methode (FEM) untersucht. (iii) Die Zellwandveränderung wurde mit klassischer Kontinuumsmechanik und der FEM Methode modelliert. Dies ermöglichte eine Beschreibung der reversiblen elastischen und der irreversiblen plastischen Verformungen der Zellwand.ger
dc.description.abstractResearch on the yeast Saccharomyces cerevisiae – also known as baker’s yeast – has been essential not only for fostering basic biological knowledge but even more so for contributing towards understanding diseases such as cancer. In this thesis, general biological phenomena occurring in eukaryotic cells are investigated, exemplified by the mating process of yeast. In the haploid phase of their life cycle, yeast cells occur as mating type MATa or MATα, both of which communicate via pheromones that are secreted in an extracellular medium and can be sensed by cell-surface receptors of the complementary mating type. In order to mate, yeast cells grow towards a potential mating partner, since they are not able to actively move. Mathematical models on the basis of fluorescence and atomic force microscopy (AFM) data were developed. The key aspects of the yeast mating process that I examined were (i) intercellular communication of cells via pheromones, (ii) the initial symmetry break and implementation of cell polarity, and (iii) subsequent morphogenetic changes. The methods used and findings were as follows: (i) Pheromone secretion and sensing motifs were modelled using cellular automata models based on reaction-diffusion (RD) equations. My models show that mutual stimulation and increased pheromone secretion between cells improves mating efficiency in cell populations. (ii) To explain yeast mating decisions, two possible model types for cell polarity were tested: a Turing-type and a phase-separation mechanism. Bulk-surface RD equations were investigated analytically and numerically using the finite element method (FEM). Typical cell shapes were reconstructed in 2D and 3D. (iii) The cell wall was modelled using classical continuum mechanics that allows for reversible elastic and irreversible plastic cell wall deformation. Mathematical modelling demonstrated that all three processes investigated are precisely orchestrated and interlocked during yeast mating.eng
dc.language.isoeng
dc.publisherHumboldt-Universität zu Berlin, Lebenswissenschaftliche Fakultät
dc.rightsNamensnennung
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by/3.0/de/
dc.subjectHefepaarungger
dc.subjectPheromoneger
dc.subjectZellpolaritätger
dc.subjectMorphogeneseger
dc.subjectZellwandger
dc.subjectFinite Elemente Methodeger
dc.subjectReaktions-Diffusions-Systemeger
dc.subjectMating Yeasteng
dc.subjectPheromoneseng
dc.subjectCell Polarityeng
dc.subjectMorphogenesiseng
dc.subjectCell Walleng
dc.subjectFinite Element Methodeng
dc.subjectReaction-Diffusion Modeleng
dc.subject.ddc570 Biologie
dc.titleThe choreography of yeast mating
dc.typedoctoralThesis
dc.subtitlemodelling intercellular communication, cell polarity and morphogenesis
dc.identifier.urnurn:nbn:de:kobv:11-100242576
dc.identifier.doihttp://dx.doi.org/10.18452/17657
dc.identifier.alephidBV043966981
dc.date.accepted2016-06-17
dc.contributor.refereeKlipp, Edda
dc.contributor.refereeFalcke, Martin
dc.contributor.refereeSchröder, Andreas
dc.subject.dnb32 Biologie
dc.subject.rvkWF 9500
dc.subject.rvkWF 9100
local.edoc.pages176
local.edoc.type-nameDissertation
local.edoc.institutionLebenswissenschaftliche Fakultät

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