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2018-06-21Dissertation DOI: 10.18452/19240
Analysis of diurnal gene regulation and metabolic diversity in Synechocystis sp. PCC 6803 and other phototrophic cyanobacteria
dc.contributor.authorBeck, Johannes Christian
dc.date.accessioned2018-06-21T13:15:05Z
dc.date.available2018-06-21T13:15:05Z
dc.date.issued2018-06-21
dc.identifier.urihttp://edoc.hu-berlin.de/18452/19995
dc.description.abstractCyanobakterien sind meist photoautotroph lebende Prokaryoten, welche nahezu alle Biotope der Welt besiedeln. Sie gehören zu den wichtigsten Produzenten der weltweiten Nahrungskette. Um sich auf den täglichen Wechsel von Tag und Nacht einzustellen, besitzen Cyanobakterien eine innere Uhr, bestehend aus den Proteinen KaiA, KaiB und KaiC, deren biochemische Interaktionen zu einem 24-stündigen Rhythmus von Phosphorylierung und Dephosphorylierung führen. Die circadiane Genexpression im Modellorganismus Synechocystis sp. PCC 6803 habe ich mittels drei verschiedener Zeitserienexperimente untersucht, wobei ich einen genauen Zeitplan der Genaktivierung in einer Tag-Nacht-Umgebung, aber keine selbsterhaltenden Rhythmen entdecken konnte. Allerdings beobachtete ich einen überaus starken Anstieg der ribosomalen RNA in der Dunkelheit. Aufgrund ihrer hohen Wachstumsraten und der geringen Anforderungen an die Umwelt bilden Cyanobakterien eine gute Grundlage für die nachhaltige Erzeugung von Biokraftstoffen, für einen industriellen Einsatz sind aber weitere Optimierung und ein verbessertes Verständnis des Metabolismus von Nöten. Hierfür habe ich die Orthologie von verschiedenen Cyanobakterien sowie die Konservierung von Genen und Stoffwechselwegen untersucht. Mit einer neu entwickelten Methode konnte ich gemeinsam vorkommende Gene identifizieren und zeigen, dass diese Gene häufig an einem gemeinsamen biologischen Prozess beteiligt sind, und damit bisher unbekannte Beziehungen aufdecken. Zusätzlich zu den diskutierten Modulen habe ich den SimilarityViewer entwickelt, ein grafisches Computerprogramm für die Identifizierung von gemeinsam vorkommenden Partnern für jedes beliebige Gen. Des Weiteren habe ich für alle Organismen automatische Rekonstruktionen des Stoffwechsels erstellt und konnte zeigen, dass diese die Synthese von gewünschten Stoffen gut vorhersagen, was hilfreich für zukünftige Forschung am Metabolismus von Cyanobakterien sein wird.ger
dc.description.abstractCyanobacteria are photoautotrophic prokaryotes populating virtually all habitats on the surface of the earth. They are one of the prime producers for the global food chain. To cope with the daily alternation of light and darkness, cyanobacteria harbor a circadian clock consisting of the three proteins KaiA, KaiB, and KaiC, whose biochemical interactions result in a phosphorylation cycle with a period of approximately 24 hours. I conducted three time-series experiments in the model organism Synechocystis sp. PCC 6803, which revealed a tight diurnal schedule of gene activation. However, I could not identify any self-sustained oscillations. On the contrary, I observed strong diurnal accumulation of ribosomal RNAs during dark periods, which challenges common assumptions on the amount of ribosomal RNAs. Due to their high growth rates and low demand on their environment, cyanobacteria emerged as a viable option for sustainable production of biofuels. For an industrialized production, however, optimization of growth and comprehensive knowledge of the cyanobacterial metabolism is inevitable. To address this issue, I analyzed the orthology of multiple cyanobacteria and studied the conservation of genes and metabolic pathways. Systematic analysis of genes shared by similar subsets of organisms indicates high rates of functional relationship in such co-occurring genes. I designed a novel approach to identify modules of co-occurring genes, which exhibit a high degree of functional coherence and reveal unknown functional relationships between genes. Complementing the precomputed modules, I developed the SimilarityViewer, a graphical toolbox that facilitates further analysis of co-occurrence with respect to specific cyanobacterial genes of interest. Simulations of automatically generated metabolic reconstructions revealed the biosynthetic capacities of individual cyanobacterial strains, which will assist future research addressing metabolic engineering of cyanobacteria.eng
dc.language.isoeng
dc.publisherHumboldt-Universität zu Berlin
dc.relation.haspart10.18452/19215
dc.rights(CC BY-NC-ND 3.0 DE) Namensnennung - Nicht-kommerziell - Keine Bearbeitung 3.0 Deutschlandger
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/de/
dc.subjectCyanobakterienger
dc.subjectcirkadiane Uhrenger
dc.subjectOszillation von RNAger
dc.subjectGenomvergleichger
dc.subjectMetabolische Modellierungger
dc.subjectMetabolische Netzwerkeger
dc.subjectCyanobacteriaeng
dc.subjectcircadian clockeng
dc.subjectRNA oscillationeng
dc.subjectgenome comparisoneng
dc.subjectmetabolic modelingeng
dc.subjectgenome scale metabolic networkseng
dc.subjectFBAeng
dc.subject.ddc579 Naturgeschichte von Mikroorganismen, Pilzen, Algen
dc.subject.ddc000 Informatik, Informationswissenschaft, allgemeine Werke
dc.titleAnalysis of diurnal gene regulation and metabolic diversity in Synechocystis sp. PCC 6803 and other phototrophic cyanobacteria
dc.typedoctoralThesis
dc.identifier.urnurn:nbn:de:kobv:11-110-18452/19995-9
dc.identifier.doihttp://dx.doi.org/10.18452/19240
dc.date.accepted2018-04-17
dc.contributor.refereeHerzel, Hanspeter
dc.contributor.refereeAxmann, Ilka Maria
dc.contributor.refereeSteuer, Ralf
dc.subject.rvkWL 2110
dc.subject.rvkWD 8050
dc.subject.rvkWC 7700
dc.subject.rvkWD 9200
local.edoc.pages151
local.edoc.type-nameDissertation
local.edoc.institutionLebenswissenschaftliche Fakultät

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