Exploring the contribution of genetic and environmental factors to cancer risk and development

Abstract

Krebs entsteht durch das Zusammenspiel von Keimbahn- und somatischen Mutationen sowie Umweltfaktoren. Für Fortschritte in Prävention, Früherkennung und Behandlung von Krebs ist es essenziell die phänotypischen Folgen dieser Mutationen und die Rolle von Umweltfaktoren bei der Steigerung des Krebsrisikos zu verstehen. In dieser Arbeit untersuche ich zunächst die Auswirkungen von Mutationen in einfachen Sequenzwiederholungsregionen (SSRs) auf das Zellwachstum in einem Hefemodell. In einem Mutationsakkumulationsexperiment in Stämmen mit defektem Mismatch-Reparatursystem zeige ich, dass die Störung von MutSβ zu einer erhöhten SSR-Mutationsrate führt, insbesondere bei SSR-Loci die länger als 8 bp sind. Meine Ergebnisse legen nahe, dass MutSβ hauptsächlich für die Reparatur an längeren Repeat-Loci verantwortlich ist. Schließlich zeige ich, dass SSR-Mutationen meist geringfügige, negative Auswirkungen auf das Zellwachstum haben. Als Nächstes untersuche ich die Auswirkungen von Zigarettenrauch auf das Transkriptom von zugänglichem Atemwegsgewebe am Beispiel des Nasenepithels von gesunden Freiwilligen und Patienten mit Verdacht auf oder diagnostiziertem Lungenkrebs. Ich stelle fest, dass Gene und biologische Funktionen, die durch das Rauchen beeinträchtigt werden, bei Patienten langsamer auf ein gesundes Ausgangsniveau zurückkehren. Zudem zeige ich, dass Patienten durch anhaltende, Rauch-assoziierte Immunveränderungen gekennzeichnet sind. Schließlich präsentiere ich einen innovativen Lungenkrebs-Klassifikator, der durch die Berücksichtigung der nasalen Genexpression von Rauch-assoziierten Genen eindeutig bessere Ergebnisse erzielt als ein Modell, das ausschließlich auf klinischen Informationen basiert. Damit belege ich das Potenzial der Genexpression des Nasenepithels zur Verbesserung der Risikostratifizierung auf Bevölkerungsebene anhand eines nicht-invasiven Tests.

Cancer is initiated and sustained by the interplay of germline and somatic mutations and environmental factors. Understanding the phenotypic consequences of mutations and the role of environmental factors in increasing cancer risk is key to improving cancer prevention, early detection, and treatment. In this thesis, I first take advantage of a yeast model to investigate the effects of mutations in simple sequence repeat regions (SSRs) on cell growth. I describe a mutation accumulation experiment conducted in strains with a deletion of the MutSβ gene, a component of the mismatch repair system (MMR). I show that abrogating MutSβ function leads to an increased SSR mutation rate, with a bias towards deletions. I also report a drastic increase in mutation rate in SSR loci longer that 8-bp, suggesting MutSβ is primarily responsible for repair at longer repeat loci. Finally, I show that many SSR mutations have small deleterious effects on cell growth. Next, I investigate the effects of cigarette smoke on the transcriptome of an accessible airway tissue, nasal epithelium, in a cohort of healthy volunteers and patients with suspected or diagnosed lung cancer. I find that smoke injury response is strikingly different in healthy individuals and clinic patients, with genes and biological functions affected by smoking showing a slower reversal to healthy baseline level in clinic patients. I find persistent smoking-associated immune alterations to be a hallmark of the clinic patients. Finally, I show that a lung cancer classifier including nasal expression of smoke-injury-associated genes performs better than a model based exclusively on clinical information, providing evidence for the potential of nasal epithelial gene expression to improve population-level risk stratification with the use of a non-invasive test.